HAMAP配置文件：Web视图用户手册

HAMAP家族图谱用于确定蛋白质序列的家族成员。它们是根据手动管理自动生成的使用PROSITE程序对受信任的同源蛋白质家族成员进行种子比对。配置文件可以以用户友好的方式显示Web视图，由以下两个主要部分和相关子部分组成。

• 一般配置文件信息
  • 加入
  • 条目名称
  • 条目类型
  • 日期
  • 版本
  • 描述
  • 分类范围
  • InterPro公司
  • 关联的规则
  • 链接
• 统计
  • 点击次数
  • 分类分布
  • 链接

本节以表格形式说明了家庭概况的登记号制造商xxxxx.

此部分提供族配置文件的简称。

此部分指示条目的类型。HAMAP族配置文件以PROSITE格式存储，并且始终为MATRIX类型。

此部分指示上次修改族配置文件的日期。

此部分指示族配置文件的版本。

本节提供了家族概况的描述，通常给出匹配的蛋白质家族成员的推荐蛋白质名称根据个人资料。

本节说明了家族概况的分类范围。它列出了所有主要的王国（古生菌、细菌、真核生物和病毒）包含对家庭档案的点击。

本节包含对InterPro的交叉引用，链接到此系列配置文件的InterPro记录。

本节指示与族配置文件关联的HAMAP注释规则。它提供规则加入编号（单击可访问规则）、规则简称以及每个规则的分类范围。

在“一般概况信息”部分的右侧，我们提供了以下链接：

• 实际的族分类配置文件。
• 用于从注释规则生成具有高亮显示特征的轮廓的种子对齐。

注：由于发布周期不同，HAMAP中的数据可能与UniProtKB提供的数据不同。

在本节中，显示了UniProtKB的两个部分的配置文件点击数：

• UniProtKB/Swiss-Prot中的点击数，手动注释和审查。
• UniProtKB/TrEMBL中的点击数，自动添加注释，不进行审查。

在本节中，显示了每个主要王国在UniProtKB中的个人资料点击次数。

在“统计”部分的右侧，我们提供了以下链接：

• UniProtKB中匹配蛋白质得分分布的交互式图形视图，包括那些低于可信截止。
• UniProtKB中匹配蛋白质分类分布的可扩展视图。
• UniProtKB完整蛋白质组分类树上匹配项的分布（有/无）。