clustermole简介

概述

clustermole R包旨在简化未知细胞群的细胞类型标签，如scRNA-seq集群。它提供了查询来源单元格标识标记的方法来自各种数据库。该包包括三个主要特征：

安装程序

您可以从安装clustermoleCRAN（起重机）.

安装.包(“集群洞”)

加载clustermole。

图书馆（集群）

细胞类型标记

您可以将clustermole用作一个简单的数据库，并获得所有细胞类型标记。

标记<- 群集ole_标记(物种= “hs”)
标记
#>#A桥：422292×8
#>细胞类型_完整db物种器官细胞类型n基因基因_原始…¹基因
#><chr><chr>
#>1 1-细胞期细胞（B…细胞…人类胚胎…1-细胞…32 ACCSL ACCSL
#>2 1-细胞期细胞（B…细胞…人类胚胎…1-细胞…32 ACVR1B ACVR…
#>3 1-细胞期细胞（B…细胞…人类胚胎…1-细胞…32 ASF1B ASF1B
#>4 1-细胞期细胞（B…细胞…人类胚胎…1-细胞…32 BCL2L10 BCL2…
#>5 1-细胞期细胞（B…细胞…人类胚胎…1-细胞…32 BLCAP BLCAP
#>6单细胞期细胞（B…细胞…人胚胎干细胞…单细胞…32 CASC3 CASC3
#>7 1-细胞期细胞（B…细胞…人类胚胎…1-细胞…32 CLEC10A CLEC…
#>8 1-细胞期细胞（B…细胞…人类胚胎…1-细胞…32 CNOT11 CNOT…
#>9 1-细胞期细胞（B…细胞…人类胚胎…1-细胞…32 DCLK2 DCLK3
#>10 1-细胞期细胞（B…细胞…人类胚胎…1-细胞…32 DHCR7 DHCR7
#> # ℹ 422282多行
#> # ℹ 缩写名称：​基因_原始

每行包含一个基因和与其相关的细胞类型基因列是基因符号单元格类型_满列包含完整的单元格类型字符串，包括物种和原始数据库。人版或鼠标版可以检索。

许多使用基因集的工具都需要以列表的形式输入。收件人将标记从数据框转换为列表，可以使用基因作为价值观和单元格类型_满作为分组变量。

标记列表<- 分裂(x个=标记$基因，（f）=标记$单元格类型_完整）

基于标记基因的细胞类型

如果你有基因的特征载体，比如簇标记，你可以将它们与已知的细胞类型标记进行比较，以查看它们是否重叠已知细胞类型标记（过度表达分析）。

我的重叠（_O）<- 群集ole_overlaps(基因=我的基因vec，物种= “hs”)

基于表达式矩阵的单元类型

如果您有表达式值，例如每个表达式的平均表达式集群，您可以基于完整基因执行细胞类型富集表达式矩阵（对数转换的CPM/TPM/FPKM值）。矩阵应该将基因作为行，将簇/样本作为列。这个可以使用方法参数。

我的扩展（_E）<- 集群ole_enrichment(表达式（_M）=我的expr_ mat，物种= “hs”)