limmaGUI公司

介绍

limmaGUI公司（微阵列图形用户界面的线性模型）用于双色微阵列只有。
如果您有单通道Affymetrix数据，您可能希望尝试affylmGUI.

limmaGUI网站链接

主要网页内容

1.limmaGUI引文

limmaGUI/LIMA差异表达分析背后的方法可以引用为：

Smyth，G.K.（2004）。线性模型和经验贝叶斯方法评估微阵列实验中的差异表达。统计学遗传学和分子生物学的应用 三，第1号，第3条。(完全文本)
Smyth，G.K.、Michaud，J.和Scott，H.（2005）。使用阵列内复制点评估微阵列实验中的差异表达。生物信息学 21(9), 2067-2075.

LIMMA软件包描述如下：

Smyth，G.K.（2005）。Limma：微阵列数据的线性模型。在：使用R和生物导体的生物信息学和计算生物学解决方案,R.Gentleman、V.Carey、S.Dudoit、R.Irizarry、W.Huber（编辑）、Springer、，纽约，第397-420页。（2005年8月8日出版，出版商网站,PDF格式)

limmaGUI软件包描述如下：

Wettenhall，J.M.和Smyth，G.K.（2004）。limmaGUI：微阵列数据线性建模的图形用户界面。在：生物信息学，20:3705�3706, 2004.,PDF格式)

limmaGUI使用名为“tcltk”的R包。这与R的所有标准安装一起安装。
limmaGUI依赖于利马R包。
limmaGUI建议安装以下R包：statmod、R2HTML、xtable和tkrplot。上述biocLite安装过程将自动安装所有这些R包。

limmaGUI使用Tcl/Tk。它是一种独立于R的编程语言，需要在每个平台上使用。
limmaGUI使用两个用Tcl/Tk语言编写的包，即BWidget和Tktable，这两个包也需要存在。
limmaGUI在Mac OS X和Unix平台上使用X11窗口系统。
limmaGUI使用Microsoft Windows平台上的内置窗口系统。

3.安装limmaGUI

limmaGUI作为开源软件在LGPL许可证。如果尚未完成，请从安装当前版本的RCRAN，综合R档案网络
按照上的说明安装生物导体生物导体网站
安装limmaGUI包，类似于生物导体网站
简言之，这是：

源（“http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite（“limmaGUI”，lib=.Library）

这将安装limmaGUI和limmaGUI依赖的其他R包（如果尚未安装）。

（a） ●●●●。Microsoft Windows安装。

标准的R安装包括R tcltk包。
如果R安装在C:\R\R-3.x.y中，则Tcl/Tk语言工具安装在C:\ R\R-3.x.y中。
两个Tcl/Tk包BWidget和Tktable.a安装在C:\R\R-3.x.y\Tcl\lib中。
无需进一步安装。

（b） ●●●●。Mac OS X安装。

标准的R安装包括R tcltk包。
Tcl/Tk语言工具安装在/usr/local/lib、/usr/局部/include和/usr/local/bin中。
两个Tcl/Tk包BWidget和Tktable安装在/usr/local/lib/tcl8.6中。
Mac OS X上需要X11。要保存重复指令，请参阅Rcmdr软件包的安装说明，它使用X11的方式与limmaGUI要求的方式类似。关于如何在Mac上安装X11的说明位于R指挥官安装说明。如果您遇到问题，请参阅上述Rcmdr url中的“Mac OS X故障排除”部分。如果未找到BWidget和/或Tktable，请参阅下面的故障排除部分。

（c） ●●●●。Unix安装。

标准的R安装包括R tcltk包。
它不包括Tcl/Tk语言工具。
它不包括两个Tcl/Tk包，BWidget和Tktable。
Tcl/Tk语言通常已经安装在Unix平台上。如果没有，请参阅下面的故障排除部分。
如果未找到BWidget和/或Tktable，请参阅下面的故障排除部分。

3.运行limmaGUI

启动R（或RGui），加载limmaGUI包

库（limmaGUI）

要运行limmaGUI，请在R提示符下键入：

limmaGUI（）

然后按Enter键。

在MS Windows上，limmaGUI包与单文档Rgui接口（SDI）配合使用效果最佳。
在默认的多文档界面（MDI）下，Tk对话框可能不会停留在主R窗口的顶部。这是基于tcltk包的应用程序（如limmaGUI和RCmdr）的一个常见问题。

4.故障排除。Tcl/Tk和X11问题。

R.的要求。

第一步是确定R是否有能力使用Tcl/Tk和X11。为此，请在R提示符下发出capabilities（）命令。
此函数的输出表示各种能力的TRUE或FALSE值。

微软视窗
在MS Windows上，tcltk需要一个TRUE值。X11的值与MS Windows无关。

Mac OS X:
在Mac OS X上，Tcl/Tk和X11都需要一个TRUE值。
如果任一值为FALSE，请参阅R指挥官安装说明特别是阅读“Mac OS X”标题下的注释。

Unix公司
在Unix上，Tcl/Tk和X11都需要一个TRUE值。
如果R是在本地编译的，那么它可能不是用“--with-x--with-tcltk”开关编译的。
检查config.log文件以检查编译时使用的开关。如有必要，请重新编译并重新安装。
Tcl/Tk通常与标准Unix安装一起安装。如果没有，请咨询系统管理员。X11通常与标准Unix安装一起安装。如果没有，请咨询系统管理员。

在Mac OS X和Unix上测试X11。

在运行R之前，通过运行常见的X应用程序（如“xclock”）来测试X11。例如：
xclock（xclock）
如果所选显示器上没有显示时钟，则需要解决X11设置问题。
这里有一些在不同平台上检查的指针。

在MS Windows上
测试不适用。

在Mac OS X上：
在我的Mac上，xclock位于/usr/X11/bin中。如果需要，请使用locate命令查找xclock文件。
您可能需要在Mac上启动X11应用程序，但在我的Mac上，当xclock运行时，X11会自动启动。

在Unix上：
在我的Linux机器上，xclock位于/usr/bin中。如果需要，请使用locate命令查找xclock文件。
如果您收到以下回复：
到本地主机的X连接：11.0断开（显式终止或服务器关闭）
您可能需要设置DISPLAY环境变量。例如：
export DISPLAY=yourpc.domain.com.au:0.0
如果再次运行xclock后，您现在收到如下消息：
错误：无法打开显示：yourpc.domain.com.au:0.0
你需要在你希望看到显示器的计算机上启动一个Xserver。
这可能是Unix工作站或Mac上的X11应用程序。在MS Windows上，它可以是XWin32或类似的。

测试Tcl/Tk。

在R提示符下，加载tcltk包。
>库（tcltk）如果没有错误消息，则在您的系统上找到了Tcl/Tk语言。
如果出现错误消息，例如：

在MS Windows上：
错误：未安装Tcl/Tk支持文件
重新安装R for MS Windows，因为它包含Tcl/Tk语言。

在Mac OS X上：
错误：未安装Tcl/Tk支持文件
重新安装R for Mac OS X，因为它包含Tcl/Tk语言。
请注意，Aqua-compatible（但X11-不兼容）Tcl/Tk目录
通常会在/图书馆/Tcl/.limmaGUI无法使用这些。

在Unix上：
tcl库重新定位的错误消息。
您需要在unix机器上安装Tcl/Tk。
您可能需要系统管理员权限才能执行此操作。

测试BWidget和Tktable包。

当R加载tcltk包时，它会设置一个路径，用于查找Tcl/Tk包。
此路径称为“auto_path”。要查看其值，请使用以下命令：
tcl值（“自动路径”）

在MS Windows上：
典型的输出是：
[1] “C:/R/R/3.0.2/Tcl/lib64 C:/R/R-3.0.2/Tcl/lib/tcl8.5 C:/R/R-30.2/Tcl/lib C:/R-R-3.0.2/bin/lib C:/R/R-3.00.2/Tcl.lib/tk8.5 C:-R/R-R-3.00.2/Tcl/lib/tk8.5/ttk C:/R/R-R-30.2/库/tcltk/exec”

在Mac OS X上：
典型输出为：
[1] “/usr/local/lib/tcl8.6/usr/局部/lib./lib/usr/local/lib/tk8.6/usr\local/lab/tk8.6/ttk/lib/Frameworks/R.framework/Resources/Library/tcltk/exec”

在Unix上：
典型输出为：
[1] “/usr/share/tcl8.4/usr/共享/usr/lib64/usr/share/tk8.4/usr/local/bioinfsoftware/R/R-3.0.2/lib64/R/library/tcltk/exec”

如果希望添加更多路径以搜索tcl/tk包，请使用以下命令：addTclPath（“/Users/keith/lib”）例如。

要安装Bwidget，请从下载http://sourceforge.net/projects/tcllib网址/单击Download按钮（当前版本为bwidget-1.9.7.zip），将其解压缩（示例命令为“unzip bwidget-19.7.zip”）到/usr/lib或auto_path上的其他位置。BWidget包完全是用tcl语言编写的，因此只需要放置在auto_path位置。
从安装Tktable下载http://tktable.sourceforget.net.从该站点中，选择“文件分发”，选择“tktable”链接，选择最新版本（当前为2.10），然后选择tar.gz文件（当前为“Tktable2.10.tar.gz”）。将其保存到合适的位置，解压缩并解压缩（命令示例为“tar zxf Tktable2.10.tar.gz”）。查看Tktable目录并阅读README.txt文件安装说明。如果您将Tktable安装到主目录中的某个位置，您会将该位置放入auto_path值中，如上所述。Tktable包包含C代码，需要编译和安装。
如果目录Tktable2.10和bwidget-1.9.7都位于主目录中的目录“TkExtensions”中，则auto_path只需包含“your_home_directory/TkExtensions”，即可允许tcltk函数查找Tktable和Bwidget包。

5.评论/问题

任何评论或问题。请联系沃尔特·伊丽莎·霍尔医学研究所的基思·萨特利（Keith Satterley）。.

上次修改日期：2013年11月29日

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