ROCOCO重建祖先基因簇。给定系统发育树的拓扑结构以及叶节点的基因顺序，它计算了内部节点。优化标准结合了两个属性：简约性，即基因簇的得失数量必须最小，并且一致性，即每个祖先节点必须至少存在一个包含所有重建的簇。

下面介绍了基本模型、标记问题和方法【STO:工作时间：2009年】由Stoye和Wittler。有关更新的详细说明，请参阅【工作时间：2010年】

在当前版本（2.0）中，包括两个基于序列的基因簇模型。这意味着，模型中包含了基因序列中的Paralog。ROCOCO公司提供了一个图形用户界面（ROCOCO-Compare）来比较和探索重建结果。您可以加载来自不同内部节点的结果或从不同的基因簇模型中寻找相似性或搜索特定基因。您可以从下载页面下载Rococo-Compare作为jar存档或使用Java WebStart技术执行。