KnotInFrame使用简单的伪结预测-1个移码站点。更复杂的打结结构，如三重交叉螺旋或接吻发夹，不包括在计算范围内。
该预测基于RNAfold类程序计算的最小自由能（mfe）结构与由Jens Reeder和Robert Giegerich开发的称为pknotsRG-frameshift的修改版本计算的mfe结构之间的比较。
在0.6秒内可以预测多达120个核苷酸的短序列。5MB的基因组可以在大约1小时37分钟内计算出来。
图1：BWYV-1移码器模型[ala:atk:ges:1999年].
其他材料上比较用酵母筛[jac:bel:rak:din:2007年]
