RNA二级结构分析通常需要在大序列数据。我们提出了一个有效定位潜力的实用程序RNA碱基配对规则下的螺旋区域，包括Watson-Crick和G-U对。它接受一个目标和一组查询序列，并确定所有精确的在RNA规则下，目标序列和查询序列之间的匹配超过了指定的长度。
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