利用ClustalW、RNAlifold、RNAfold和RNAforester工具，该管道可以改善结构保护RNA序列在30-60%序列一致性的曙光区内。通过以下方式构建共识结构后对齐折叠，计划AC*放弃原始序列对齐，单独重新折叠结构，但受到限制根据共识，通过纯结构对齐方法对齐结构（不考虑顺序），并导出从结构对齐到重新提交到对齐折叠等的改进序列对齐。。。

• Plan AC*的Perl实现需要在系统上安装BioPerl。
• 用法：perl Pipeline.pl<FASTA-File>[-p=（0..9）][-r=（0..2）][-sci]（请参阅README.txt）
• 请确保在使用之前自定义配置文件-Pipeline.xml。