鹿西尼亚斯®分子流行病学分析POT试剂盒（用于不动杆菌）
不动杆菌属菌是包括医疗环境在内，在自然环境中广泛存在的日和见感染菌。同时，对抗菌药显示高度耐药性的酸杆菌属菌也包含监视的事，在寻求医疗关联感染对策上被认为重要。
名古屋大学的荒川老师以及藤田医科大学的铃木老师开发的PCR-based ORF Typing（POT法）中，使用多重PCR，扩增了阿氏杆菌属菌所持有的多个特定基因区域通过对通过琼脂糖凝胶电泳法分离出的谱带模式进行数值化，可以进行菌种的简易鉴定和A.baumannii中描述的场景，使用下列步骤创建明细表，以便在概念设计中分析体量的周长。
＊本试验法是由厚生劳动科学研究费补助金对新兴、复兴感染症的革新性医药品等开发推进事业（H24-新兴-一般-010）开发的。
特征
- 菌种的简易鉴定（A.baumannii，A.pittii，A.nosocomialis，A.sp.close to 13TU）
- A.baumannii菌株识别
- A.baumannii国际流行克隆Ⅰ和Ⅱ
- 与Multilocus Sequence Typing（MLST）法基本相同的识别能力
套件配置
| |
个别名称 |
容量 |
数量 |
| 试剂A |
AptaTaq DNA Master（5×Conc.）* |
240μL |
一根 |
| 试剂B |
PCR补充剂 |
240μL |
一根 |
| 试剂C |
底漆α |
120μL |
一根 |
| 试剂D |
引物混合β |
120μL |
一根 |
| 试剂E |
正控制 |
240μL |
一根 |
| 试剂F |
6个加载缓冲区 |
240μL |
一根 |
*AptaTaq DNA Master（5×Conc.）Roche诊断K.K.的产品。
操作步骤
- 分离的菌株纯培养
- 进行DNA提取，制备模板DNA
- 2种多路PCR
- 琼脂糖凝胶电泳
- 读取带模式
- POT值的计算
- 各检体的POT值的比较分析
分析方法
电泳模式
50:50bp DNA梯度
PC：积极控制
1,2：A.baumannii（ST2）从同一事例得到的临床分离株
3：A.baumannii（ST2）
4：A.baumannii（ST2）耐多药性A.baumannii
5：A.baumannii（ST1）ATCC®BAA1605
6：A.baumannii（ST1）
7：A.baumannii（ST152）
8：A.baumannii（ST34）
9：A.pittii
10：A.nosocomialis
11:A。sp.close toA.nosocomialis
根据名古屋大学的荒川宜亲老师和藤田医科大学铃木匡弘老师的厚意，提供了电泳图案的实例数据。
检测ORF的种类（目标区域）及其PCR扩增产物尺寸
| |
POT No。 |
放大尺寸（bp） |
目标区域 |
读取，读取
mixture1 |
PCR PC |
553 |
atpA |
| A.baumannii |
465 |
OXA-51 |
| A.pittii |
401 |
特定gene |
| A.nosocomialis |
362 |
特定gene |
| A.sp.close to 13TU |
321 |
特定gene |
| POT1-1 |
271 |
Genomic Islet-1 |
| POT1-2 |
234 |
Genomic Islet-2 |
| POT1-3 |
189 |
Genomic Islet-3 |
| POT1-4 |
151 |
Genomic Islet-4 |
| POT1-5 |
122 |
Genomic Islet-5 |
| POT1-6 |
102 |
Genomic Islet-6 |
| POT1-7 |
81 |
Genomic Islet-7 |
读取，读取
mixture2 |
PCR PC |
565 |
OXA-51 |
| POT2-1 |
457 |
Genomic Island-1 |
| POT2-2 |
388 |
Genomic Island-2 |
| POT2-3 |
329 |
Genomic Island-3 |
| POT2-4 |
280 |
Genomic Island-4 |
| POT2-5 |
237 |
Genomic Island-5 |
| POT2-6 |
209 |
Genomic Island-6 |
| POT3-1 |
185 |
Genomic Island-7 |
| POT3-2 |
160 |
Genomic Island-8 |
| POT3-3 |
139 |
Genomic Island-9 |
| POT3-4 |
120 |
Genomic Island-10 |
| POT3-5 |
101 |
Genomic Island-11 |
| POT3-6 |
81 |
Genomic Island-12 |
- 从两个多路PCR的电泳结果读取带模式。
- 使用该电泳带有无的结果在POT值解析用Excel表中用二进制输入，计算3个类别的POT值。
- 如果PCR PC呈阳性，则可以确认其检体为无酸杆菌属菌。
- 如果POT值1小于1000A.baumannii、1000以上且不足2000时A.pittii。要使
如果2000以上不到3000A.nosocomialis、3000以上且不到4000时A。sp.close to 13TU
如果是4000以上的话，虽然是不动杆菌属菌，但菌种被判定为不明。
- 通过比较检体间POT值A.baumannii的菌体间的同源性可以客观地推测。
- 从集体感染得到的菌体POT1～3的POT值全部变得相同。
分析结果
| 分类 |
样本编号 |
| 1个 |
2 |
3 |
4个 |
5 |
6个 |
7 |
8个 |
9 |
10 |
11 |
| POT1 |
122 |
122 |
122 |
122 |
69 |
69 |
72 |
104 |
1078 |
2105 |
3105 |
| POT2 |
59 |
59 |
26 |
53 |
46 |
42 |
0 |
8个 |
0 |
0 |
0 |
| POT3 |
54 |
54 |
54 |
41 |
59 |
27 |
8个 |
0 |
0 |
0 |
0 |
产品列表
| 产品编号 |
产品名称 |
保存温度 |
标准 |
包装 |
详细信息 |
| 08062-96 |
鹿西尼亚斯分子流行病学分析POT试剂盒（用于不动杆菌） |
冷冻 |
分子生物学用 |
1次（30次） |
 |
| 08178-96 |
鹿西尼亚斯DNA提取试剂 |
冷藏 |
分子生物学用 |
1次（120次） |
|
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小册子
鹿西尼亚斯®分子流行病学分析POT试剂盒（用于不动杆菌）
使用说明书
鹿西尼亚斯®分子流行病学分析POT试剂盒（用于不动杆菌）
计算表（ZIP文件、Excel）
POT值解析用Excel表（ZIP文件、730KB）
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