为使JaCVAM活动得到妥善运营，设立运营委员会、顾问会议、评价会议、资料编纂委员会、验证执行委员会以及第三方评价委员会（设置规则第3条）。

运营委员会

运营委员会就JaCVAM应研究的新修订考试法的选拔及其评价计划，对其科学妥当性和评价实施所需的预算及人力资源进行审议并决定。另外，审议评价会议的最终报告书，关于作为行政考试法被认为妥当的考试法，添加作为JaCVAM的意见书，传达给厚生劳动省的担当部局，同时公布。并提名顾问会议委员、评价会议委员、每项试验法的资料编纂委员会委员长、验证执行委员会委员长及每项试验法的第三方评价委员会委员长（设置规则第4条）。

历届运营委员长

• 井上达平成17（2005）年11月～平成22（2010）年3月
• 西川秋佳平成22（2010）年4月～平成30（2018）年3月
• 平林容子平成30（2018）年4月～

顾问会议

顾问会议以一年一次以上的频率从运营委员会接受关于JaCVAM的运营及其计划及成果的报告，对其进行审议并提出建议（设置规则第5条）。

事务局

事务局将进行与JaCVAM运营相关的事务性工作，支持第4条至第9条规定的会议及委员会，并与我国内外有关动物实验替代法评价化学物质等安全性评价的学会及机构进行合作及应对。另外，收集整理并提供与试验法评价相关的信息。另外，根据需要，向运营委员会推荐顾问会议的委员候选人、评价会议的委员候选人、资料编纂委员会委员长候选人、验证执行委员会委员长候选人以及第三方评价委员会委员长候选人。并且，在各委员会委员的选拔时，向委员长提出建议（设置规则第10条）。

历任秘书长

• 小岛肇平成17（2005）年11月～令和3（2021）年3月
• 足利太可雄令和3（2021）年4月～

评估会议

评价会议使用资料编纂委员会的报告书及该试验法的背景信息，从该试验法的科学妥当性、其行政利用及社会可接受性的观点进行审议，制作最终报告书，供公众评论（设置规则第6条）。

资料编纂委员会

资料编纂委员会使用该试验法的验证报告书、第三方评价委员会的报告书及该试验法的背景信息，根据需要向国内外机构提出对该试验法的意见和建议汇总作为资料编纂委员会的报告书（设置规则第7条）。

利益相关者会议

为了广泛地向学会、业界团体、实验动物福利协会等相关机构通知JaCVAM向行政提出的新的或修订的试验法，由运营委员会召集。