为沉积结构准备PDBx/mmCIF文件

为了更好地支持提交给PDB档案馆的数据的复杂性和规模不断增加，wwPDB沉积和生物保藏系统基于PDBx/mmCIF数据字典和文件格式。系统接受、处理和分发PDBx/mmCIF数据文件。

鼓励存款人尽可能使用PDBx/mmCIF格式的坐标文件。

自动生成PDBx/mmCIF格式文件

PDBx/毫米到岸价是wwPDB用于坐标文件的正式工作格式。它具有灵活性、可扩展性，并且可以容纳任何尺寸的结构。

准备沉积的PDBx/mmCIF文件由大多数结构优化程序生成。如果无法使用优化程序生成PDBx/mmCIF文件，则pdb提取物可以使用程序。

有关PDBx/mmCIF格式的其他信息，请参阅此常见问题解答.

PDBx/mmCIF格式特别有用：

• 当PDBx/mmCIF文件是最终细化的输出时。REFMAC、Phenix和Buster的开发人员参与了PDBx/mmCIF格式的开发，这些程序将输出PDBx/mmCIF格式文件，这些文件无需额外修改即可存放。
• 当要沉积的结构较大时。在这种情况下，大结构被定义为具有99999个以上原子和/或62个以上聚合物链。这些是传统PDB格式的限制。PDBx/mmCIF没有原子数限制，实际上也没有链数限制。有关放置大型结构物的更多信息，请参阅本指南的“使用pdb_extract”部分。
• 避免通过沉积界面手动输入附加信息有用时。除了将PDB转换为PDBx/mmCIF格式外，PDB_extract还可以用于在沉积之前向坐标文件中添加序列和其他信息。

a） 优化包（首选）

鼓励存款人使用最新版本的优化软件包来输出符合mmCIF标准的最新存款文件。

最新版本的改进包Phenix、REFMAC和Buster生成PDBx/mmCIF文件以备存放：

Phenix：有关说明，请访问Phenix网站，https://www.phenix-online.org/documentation/overviews/xray-structure-deposition.html

CCP4：CCP4i2有说明(http://www.ccp4.ac.uk/deposition_ccp4i2)或

CCP4云(http://www.ccp4.ac.uk/deposition_ccp4cloud)

REFMAC（在CCP4i2或CCP4 Cloud之外使用时）：要从REFMAC输出PDBx/mmCIF文件，请添加一个读取“pdbout format mmCIF”的卡。REFMAC还可以通过将PDBx/mmCIF文件指定为HKLIN参数来读取文件。

巴斯特：巴斯特网站上有相关说明(https://www.globalphasing.com/buster/wiki/index.cgi？存款MmCif)

b） pdb提取物

对于非晶体学沉积，pdb_extract程序可用作联机界面和独立的命令行程序，用于将pdb格式文件转换为PDBx/mmcif格式。它从结构确定程序中提取并获取PDBx/mmCIF格式的数据。要准备用于PDB_extract和wwPDB沉积工具的PDB格式数据文件，请按照OneDep常见问题解答.