生物有趣分子参考词典（BIRD）
概述
生物相关分子参考词典（BIRD）包含PDB档案中某些生物相关分子的信息，如肽类抗生素、肽类抑制剂和常见低聚糖。
BIRD是一个外部参考文件（类似于化学成分词典），提供有关这些分子的化学、生物和结构的信息。
BIRD条目包括分子量和分子式、序列和连接性、结构特征和功能分类的描述、天然来源（如有）以及对相应UniProt或Norine条目的外部引用（如适用）。
整个BIRD资源可以从wwPDB FTP区域下载：https://files.wwpdb.org/pub/pdb/data/bird/
定期审查BIRD的一致性和准确性。随着相应的PDB条目在PDB存档中发布，词典每周都会更新新的定义。它用于统一注释包含这些分子的PDB条目。
相应的BIRD ID代码仅显示在条目的PDBx/mmCIF格式文件中。
BIRD定义详细信息
PDB条目中包含BIRD分子的所有成分都列在BIRD定义中，并带有完整的链接。例如，PDB条目1KQE中的改良的禾本科菌素a分子由两个被非聚合物残基（琥珀酸）连接的截短的禾科菌素a组成。该分子在BIRD中完全定义（BIRD ID:PRD_000154）。
BIRD分子可以表示为具有序列信息的聚合物、具有化学信息的单一配体或PDB条目中的分支实体（对于低聚糖）。首选的表示形式在BIRD文件中指定，以及具有代表性的PDB条目代码。包含相同BIRD分子的所有PDB条目将具有统一表示。BIRD的一个重要特征是提供序列和化学信息的双重表示，而不管PDB档案中的分子表示如何。
BIRD条目的内容：
- PDB实例中的分子呈现：聚合物、单分子或支链
- 化学信息，如配方和分子量
- 结构特征（类型：_pdbx_molecule_features.Type）和特定功能（类别：_pdbx _molecle_feature.Class）
- 分子组成，包括聚合物和非聚合物成分列表
- 所有表示的序列信息
- 聚合物/支链内以及聚合物/支环和非聚合物组分之间的残基连接
- 源生物和序列数据库参考（如果可用）（用于自然发生的鸟类分子）
示例：以万古霉素家族为例，显示了PDB档案中发现的BIRD分子的可用信息。下面显示的四种万古霉素分子具有相同的结构特征：糖肽（类型）和相同的功能分类：抗生素（类别）。它们都含有一个带或不带糖装饰的肽核。单击图像以查看较大的版本。
- （A） 氯东方霉素A有一个双糖和一个单糖修饰肽核（PRD_000203）。
- （B） 万古霉素有一个双糖修饰肽核（PRD_000204）。
- （C） 万古霉素苷元只有一个肽核（PRD_000206）。
- （D） 去甲万古霉素是万古霉素生物合成途径中的中间产物。它有一种糖与肽核相连（PRD_000205）。
PRD_000203的PRD定义示例：
数据_PRD_000203##_pdbx参考分子.prd_id prd_000203_pdbx_reference_molecule.name“氯orienticin A”_pdbx参考分子代表聚合物_pdbx参考分子型糖肽_pdbx_reference_molecule.type_evidance_code？_pdbx_reference_molecule.class抗生素_pdbx引用分子类引用代码？_pdbx_reference_molecule.formula“C73 H88 Cl2 N10 O26”_pdbx参考分子化学复合id？_pdbx参考分子公式重量1592.437_pdbx参考分子释放状态REL_pdbx引用分子替换？_pdbx参考分子替换人？_pdbx参考分子化合物详细信息; 氯青霉素A是一种三环糖肽，是香豆素的成员家庭。脚手架是一种配置为D-D-L-D-L-L的庚肽。这是由一个双碳胺和一个单碳胺进一步进行的糖基化，氯霉素A通过序列组合表示（序列）三个连队（HET）BGC和两个RER。;_pdbx_reference_分子描述; 氯青霉素A是一种三环糖肽，由1进行糖基化残留物4上的脱除和残留物6上的一个单糖。;_pdbx参考分子代表性_数据库_代码1gac##回路__pdbx参考实体列表prd id_pdbx参考实体列表参考实体id_pdbx参考实体列表组件id_pdbx参考实体列表类型_pdbx参考实体列表详细信息PRD_000203 1 1聚合物“类肽序列残基1至7”PRD_000203 2 2非聚合物BGCPRD_000203 3 3非聚合物RERPRD_000203 3 4非聚合物RER##回路__pdbx参考实体非poly.prd_id_pdbx参考实体非多边形参考实体id_pdbx参考实体名称_pdbx参考实体非多边形chem压缩idPRD_000203 2β-D-葡萄糖BGCPRD_000203 3凡士林RER##回路__pdbx_reference_entity_link.prd_id_pdbx参考实体链接id_pdbx引用实体链接链接类_pdbx_reference_entity_link.ref实体_id_1_pdbx参考实体链接实体eq_num_1_pdbx参考实体链接.comp_id_1_pdbx参考实体链接原子id 1_pdbx参考实体链接参考实体id 2_pdbx参考实体链接实体数量_2_pdbx参考实体链接.comp_id_2_pdbx参考实体链接原子id 2_pdbx参考实体链接值顺序_pdbx参考实体链接组件1_pdbx参考实体链接组件2_pdbx参考实体链接详细信息PRD_000203 1 PN 1 4 GHP O4 2？BGC C1唱12？PRD_000203 2 PN 1 6 OMY ODE 3？RER C1唱14？PRD_000203 3 NN 2？BGC O2 3？RER C1唱23？##回路__pdbx参考实体链接pd_id_pdbx参考实体链接参考实体id_pdbx参考实体链接id_pdbx参考实体链接原子id 1_pdbx参考实体poly_link.comp_id_1_pdbx参考实体链接实体_pdbx参考实体链接原子2_pdbx参考实体poly_link.comp_id_2_pdbx参考实体链接实体数量2_pdbx参考实体链接值顺序_pdbx引用实体链接组件idPRD_000203 1 1 C MLU 1 N OMZ 2演唱1PRD_000203 1 2 C OMZ 2 N ASN 3演唱1PRD_000203 1 OH OMZ 2 C5 GHP 4演唱1PRD_000203 1 4 C ASN 3 N GHP 4唱1PRD_000203 1 5 C GHP 4 N GHP 5单一1PRD_000203 1 6 C3 GHP 4 OCZ OMY 6演唱1PRD_000203 1 7 C3 GHP 5 CG1 3FG 7演唱1PRD_000203 1 8 C GHP 5 N OMY 6使用1PRD_000203 1 9 C OMY 6 N 3FG 7演唱1##_pdbx引用实体poly.prd_id prd_000203_pdbx引用实体poly.ref引用实体id 1_pdbx_reference_entity_poly.db_代码NOR00692_pdbx_reference_entity_poly.db_name诺琳_pdbx参考实体多肽样肽##_pdbx参考实体序列号prd_000203_pdbx参考实体顺序参考实体id 1_pdbx参考实体序列型肽样_pdbx引用实体顺序。NRP_标志Y_pdbx参考实体顺序一个字母代码LYNFFYF##环路__pdbx参考实体poly_seq.prd_id_pdbx引用实体poly_seq.ref引用实体id_pdbx参考实体poly_seq.num_pdbx参考实体poly_seq.mon_id_pdbx参考实体poly_seq家长mon_id_pdbx引用实体poly_seq.hetro_观察到的pdbx参考实体PRD_000203 1 1 MLU LEU N YPRD_000203 1 2 OMZ轮胎N YPRD_000203 1 3 ASN ASN N YPRD_000203 1 4 GHP苯乙烯PRD_000203 1 5 GHP苯乙烯PRD_000203 1 6 OMY轮胎N YPRD_000203 1 7 3FG PHE N Y系列##回路__pdbx参考实体_pdbx参考实体名称_pdbx引用实体名称序号_pdbx引用实体rc引用最大值_pdbx参考实体srcnat.organism_science_pdbx参考实体名称db代码_pdbx_reference_entity_src_nat.db名称PRD_000203 1 1 31958“Amycolatosis orientalis（之前指定的东方诺卡氏菌和东方链霉菌）”？PRD_000203 1 2 31958“东方锥虫”NOR00681诺林##回路__pdbx_prd审核.prd id_pdbx订单审核日期_pdbx_prd审核处理站点_pdbx_prd_audit.action_typePRD_000203 2012-02-08 RCSB“创建分子”PRD_000203 2012-07-09 PDBe“其他修改”PRD_000203 2012-12-12 RCSB“首次发布”##