蛋白质相互作用小分子抑制剂（PPI）的开发受到我们对PPI靶点药物敏感性认识不足的阻碍。在这里，我们描述了丙氨酸扫描诱变、片段筛选和FTMap计算热点映射的联合应用，以评估Kelch-like ECH-associated protein 1（KEAP1）和核因子类红细胞2（Nrf2）之间的高电荷PPI界面的能量学和药物敏感性，后者是一个重要的药物靶点。FTMap确定了活性位点的四个结合能热点。其中只有两种被Nrf2利用，这两种蛋白质的丙氨酸扫描显示主要通过E79和E82与KEAP1残基S363、R380、R415、R483和S508相互作用结合。我们通过使用一种新的晶体形式KEAP1进行晶体浸泡，识别碎片撞击并获得三个碎片的X射线复合物结构。结合这些结果，可以全面定量地描述界面结合能的来源。我们的发现还揭示了非天然相互作用，这种作用可能被用于设计非带电合成配体，以占据KEAP1上的同一位点，KEAP1进化为结合Nrf2的高电荷DEETGE结合环。这些包括与KEAP1 Y525的π堆叠，以及在FTMap识别的结合位点深处热点处的相互作用。最后，我们讨论了如何将丙氨酸扫描诱变、片段筛选和计算热点映射提供的补充信息整合起来，以更全面地评估PPI的可药性。
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