4个NEH

白细胞整合素aXb2的内部配体结合亚稳态


实验数据快照

  • 方法:X射线衍射
  • 分辨率:2.75 Å
  • R值自由:0.225 
  • R值工作:0.193 
  • 观察到的R值:0.194 

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文学类

白细胞整合素αXβ2的一种内部配体结合的亚稳态。

M.森。Yuki,K。T.A.施普林格。

(2013)《细胞生物学杂志》203: 629-642

  • 内政部:https://doi.org/10.1083/jcb.201308083
  • 相关结构的主要引文:
    4个NEH4NEN公司

  • PubMed摘要:

    整合素的大规模构象变化是如何在快速的时间尺度上实现的?我们报道了整合素αXβ2亚稳态假定过渡态的晶体结构。αXβ2外结构域弯曲;然而,晶格接触使其配体结合αI结构域稳定在高亲和力的开放构象中。αIα7螺旋的大部分解舒,失去与αI结构域的接触,并重塑形成内部配体,结合到β螺旋桨和βI结构域之间的界面。该平台上方αI结构域的升空使变构机器能够进行前所未有的拉伸和旋转运动。β2βI结构域中二级结构元素的运动顺序与β3整合素不同,这表明整合素β亚基可以被特化为在封闭和开放之间呈现不同的中间状态。突变表明,此处捕获的结构是亚稳的,可以在弯曲和扩展整合素构象之间实现快速平衡,并上调白细胞粘附性。


  • 组织附属关系

    马萨诸塞州波士顿哈佛医学院细胞和分子医学项目,2个医学系,3个麻醉学系,4个儿童医院,5个生物化学和分子药理学系,邮编02115。


大分子
通过以下方法查找类似蛋白质:(通过身份截止)|3D结构
实体ID:1
分子链条序列长度有机体细节图像
整合素α-X1,094智人突变: 0 
基因名称:ITGAX公司CD11C公司
UniProt&NIH共同基金数据资源
寻找蛋白质第20702页 (智人)
探索第20702页 
转到UniProtKB:第20702页
PHAROS公司:第20702页
实体组 
序列簇30%身份50%身份70%身份90%身份95%身份100%身份
UniProt集团第20702页
序列注释
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  • 参考序列
通过以下方法查找类似蛋白质:(通过身份截止)|3D结构
实体ID:2
分子链条序列长度有机体细节图像
整合素β-2686智人突变: 0 
基因名称:ITGB2标准CD18型货币金融机构7
UniProt&NIH共同基金数据资源
寻找蛋白质P05107号 (智人)
探索P05107号 
转到UniProtKB:P05107号
PHAROS公司:P05107号
实体组 
序列簇30%身份50%身份70%身份90%身份95%身份100%身份
UniProt集团P05107号
序列注释
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  • 参考序列
低聚糖

帮助

实体ID:3
分子链条长度二维示意图糖基化3D交互
2-乙酰氨基-2-脱氧-beta-D-吡喃葡萄糖-(1-4)-2-乙酰氨基-2-deoxy-beta-D-吡喃糖
C、 F、G、H
2N-糖基化
糖基化资源
GlyTouCan公司:G42666HT型
GlyCosmos公司:G42666HT型
GlyGen公司:G42666HT型
实体ID:4
分子链条长度二维示意图糖基化3D交互
β-D-甘露糖-(1-4)-2-乙酰氨基-2-脱氧-beta-D-吡喃葡萄糖-(1-5)-2-乙氨基-2-脱氧-beta-D-吡喃葡萄糖
D类
N-糖基化
糖基化资源
GlyTouCan公司:G15407YE
甘氨酸渗透:G15407YE
GlyGen基因:G15407YE
实体ID:5
分子链条长度二维示意图糖基化3D交互
α-D-甘露糖-(1-2)-α-D-吡喃糖-(1-3)-[α-D-曼露糖-
E类
7N-糖基化
糖基化资源
GlyTouCan公司:G07617FP型
GlyCosmos公司:G07617FP型
GlyGen公司:G07617FP型
小分子
配体5独特
身份证件链条姓名/配方/InChI密钥2D图表3D交互
抱怨
NAG查询

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M[认证A]2-乙酰氨基-2-脱氧-β-D-吡喃葡萄糖
C类8H(H)156
OVRNDRQMDRJTHS-FMDGEEDCSA-N公司
加利福尼亚州
CA查询

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本人【授权A】,
K[认证A],
L[认证A],
P[认证B],
Q[认证B]
钙离子

BHPQYMZQTOCNFJ-UHFFFAOYSA-N公司

CL查询

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N[认证A]氯离子

VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-M公司
MG公司
MG查询

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J[认证A],
R[认证B]
镁离子

JLVVSXFLKOJNIY-UHFFFAOYSA-N公司
不适用
NA查询

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O[认证A]钠离子

FKNQFGJONOIPTF-UHFFFAOYSA-N公司
实验数据和验证

实验数据

  • 方法:X射线衍射
  • 分辨率:2.75 Å
  • R值自由:0.225 
  • R值工作:0.193 
  • 观察到的R值:0.194 
  • 空间组:第2页12121
单位单元格:
长度(Ω)角度(˚)
a=126.967α=90
b=131.444β = 90
c=190.477γ = 90
软件包:
软件名称目的
相位器定相
菲尼克斯精炼
XDS公司数据缩减
XDS公司数据缩放

结构验证

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修订历史记录(完整详细信息和数据文件)

  • 版本1.0:2014-01-15
    类型:首次发布
  • 版本2.0:2020-06-03
    更改:原子模型、数据收集、数据库引用、派生计算
  • 版本3.0:2020-07-29
    类型:补救
    原因:碳水化合物修复
    更改:咨询、原子模型、数据收集、派生计算、结构摘要
  • 版本3.1:2021-06-02
    更改:源和分类,结构摘要
  • 版本3.2:2023-09-20
    更改:数据收集、数据库引用、优化描述