1或8

优势蛋白精氨酸甲基转移酶PRMT1的结构


实验数据快照

  • 方法:X射线衍射
  • 分辨率:2.35 Å
  • R值自由:0.254 
  • R值工作:0.195 

wwPDB验证  3D报告 完整报告


这是条目的1.3版。查看完整信息历史


文学类

优势蛋白精氨酸甲基转移酶PRMT1的结构及其与底物肽的结合分析

X·张。X.Cheng。

(2003)结构11:509-520

  • 内政部:https://doi.org/10.1016/s0969-2126(03)00071-6
  • 相关结构的主要引文:
    1或8,1个ORH,1个ORI

  • PubMed摘要:

    PRMT1是哺乳动物中主要的I型精氨酸甲基转移酶蛋白,在所有真核生物中高度保守。这对小鼠植入后早期发育至关重要。在这里,我们描述了大鼠PRMT1与反应产物AdoHcy和含有三种精氨酸的19个残基底物肽的络合物的晶体结构。结果显示了一个双域结构——AdoMet结合域和一个桶状域,活性位点口袋位于这两个域之间。突变研究证实,两个活性位点谷氨酸对酶活性至关重要,并且PRMT1的二聚化对AdoMet结合至关重要。确定了三个肽结合通道:两个位于两个结构域之间,第三个位于垂直于形成β-桶的链的表面。


  • 组织附属关系

    美国佐治亚州亚特兰大市克利夫顿路1510号埃默里大学医学院生物化学系,邮编:30322。


大分子
通过以下方法查找类似蛋白质:(通过身份截止)|3D结构
实体ID:1
分子链条序列长度有机体细节图像
蛋白质精氨酸N-甲基转移酶1340褐家鼠突变: 0 
基因名称:HRMT1L2或PRMT1
欧盟委员会:2.1.1.125
UniProt公司
寻找蛋白质问题63009 (褐家鼠)
探索问题63009 
转到UniProtKB:问题63009
实体组 
序列簇30%身份50%身份70%身份90%身份95%身份100%身份
UniProt集团问题63009
序列注释
展开
  • 参考序列

通过序列| 3D结构查找类似蛋白质

实体ID:2
分子链条序列长度有机体细节图像
底物肽19不适用突变: 0 
实体组 
序列簇30%身份50%身份70%身份90%身份95%身份100%身份
序列注释
展开
  • 参考序列
小分子
配体3独特
身份证件链条姓名/配方/InChI密钥2D图表3D交互
撒哈拉沙漠
SAH查询

下载理想坐标CCD文件
F[认证A]S-腺苷-L-半胱氨酸
C类14H(H)20N个6O(运行)5S公司
ZJUKTDSGOFHSH-WFMPWKQPSA-N公司
高尔夫球
GOL查询

下载理想坐标CCD文件
H[认证A],
本人[授权A]
甘油
C类H(H)8O(运行)
PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N公司
UNL公司
UNL查询

下载理想坐标CCD文件
G[认证A]未知配体
PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N公司
绑定相关性批注
身份证件来源绑定相关性
SAH公司 绑定数据库: 1或8 Ki公司:400(nM),来自1次分析
IC50:3次检测中最小值:420,最大值:550(nM)
实验数据和验证

实验数据

  • 方法:X射线衍射
  • 分辨率:2.35 Å
  • R值自由:0.254 
  • R值工作:0.195 
  • 空间组:第4页12 2
单位单元格:
长度(Ω)角度(˚)
a=86.5α = 90
b=86.5β = 90
c=142.4γ = 90
软件包:
软件名称目的
DENZO公司数据缩减
电子秤组件数据缩放
AMoRE公司阶段划分
X-PLOR公司精炼

结构验证

查看完整验证报告



进入历史记录

存款数据

修订历史记录(完整详细信息和数据文件)

  • 版本1.0:2003-08-26
    类型:首次发布
  • 版本1.1:2008-04-02
    更改:版本格式符合性
  • 版本1.2:2011-07-13
    更改:派生计算,版本格式符合性
  • 版本1.3:2023-08-16
    更改:数据收集、数据库引用、派生计算、优化描述