6Z1V型

CD9与纳米体4E8配合物中EC2结构域的结构


实验数据快照

  • 方法:X射线衍射
  • 分辨率:1.33 Å
  • R值自由:0.190 
  • R值工作:0.151 
  • 观察到的R值:0.153 

wwPDB验证  3D报告 完整报告


这是条目的1.2版。请参阅完整内容历史


文学类

基于带有EWI-F的CD9结构的富含四spanin的微结构域组装的含义。

威斯康星州奥斯特海特。K.T.谢纳基。V·内维亚尼。位置,W。杜尔凯里杜,S。J·曼珊德。新墨西哥州皮尔斯。Kroon-Batenburg,L.M.有限公司。M.卢茨。van Bergen En Henegouwen,下午。格罗斯,P。

(2020)生命科学联盟

  • 内政部:https://doi.org/10.26508/lsa.202000883
  • 相关结构的主要引文:
    第六跑道,6Z1V型,6Z1Z型,6Z20型

  • PubMed摘要:

    四spanins是真核细胞膜蛋白,通过在质膜中组织伙伴受体分子来参与多种信号传递过程。四spanins是如何将伙伴受体结合并聚集到富含四spanin的微结构域中的尚不清楚。在这里,我们展示了与纳米体4C8和4E8结合的CD9大细胞外环的晶体结构,以及4C8-结合CD9与其伙伴EWI-F的复合物的低温电子显微镜结构,一个通过CD9-螺旋h3和h4结合到每个EWI-F跨膜螺旋。在晶体结构中,纳米体4C8和4E8在环C和D处结合CD9,这与CD9-EWI-F复合物中的4C8构象一致。复合体从几乎双重对称(两个CD9复合体几乎反平行)到约50°弯曲排列不等。CD9-EWI-F的这种灵活排列,两端都有潜在的CD9同源二聚,为形成短的线性或圆形组装体提供了一个“串联模型”,这可以解释富集四跨蛋白的微结构域的出现。


  • 组织附属关系

    荷兰乌得勒支乌得勒支特大学科学院Bijvoet生物分子研究中心化学、晶体和结构化学系。


大分子
通过以下方法查找类似蛋白质:(通过身份截止)|3D结构
实体ID:1
分子链条序列长度有机体细节图像
CD9抗原89智人突变: 0 
基因名称:CD9(CD9)中等收入国家3TSPAN29型全球信息栅格2
UniProt&NIH共同基金数据资源
寻找蛋白质第21926页 (智人)
探索第21926页 
转到UniProtKB:第21926页
PHAROS公司:第21926页
GTEx公司:ENSG0000010278号 
实体组 
序列簇30%身份50%身份70%身份90%身份95%身份100%身份
UniProt集团第21926页
序列注释
展开
  • 参考序列
通过以下方法查找类似蛋白质:(通过身份截止)|3D结构
实体ID:2
分子链条序列长度有机体细节图像
纳米体4E8142大羊驼突变: 0 
实体组 
序列簇30%身份50%身份70%身份90%身份95%身份100%身份
序列注释
展开
  • 参考序列
小分子
配体3独特
身份证件链条名称/公式/InChI密钥二维示意图3D交互
前列腺素E
PGE查询

下载理想坐标CCD文件
C[认证A]三乙二醇
C类6H(H)14O(运行)4
ZIBGPFATKBEMQZ-UHFFFAOYSA-N公司
EDO公司
EDO查询

下载理想坐标CCD文件
D[认证B]1,2-乙二醇
C类2H(H)6O(运行)2
LYCAIKOWRPUZTN-UHFFFAOYSA-N公司
ACY公司
ACY查询

下载理想坐标CCD文件
E[授权B]乙酸
C类2H(H)4O(运行)2
QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N公司
实验数据和验证

实验数据

  • 方法:X射线衍射
  • 分辨率:1.33 Å
  • R值自由:0.190 
  • R值工作:0.151 
  • 观察到的R值:0.153 
  • 空间组:第2页1212
单位单元格:
长度(Ω)角度(˚)
a=61.521α = 90
b=89.446β = 90
c=35.684γ = 90
软件包:
软件名称目的
REFMAC公司精炼
菲尼克斯精炼
相位器阶段划分

结构验证

查看完整验证报告



进入历史和资金信息

存款数据


资金筹措组织位置授权编号
荷兰科学研究组织(NWO)荷兰731.015.201
荷兰科学研究组织(NWO)荷兰2009年2月24日

修订历史记录(完整详细信息和数据文件)

  • 版本1.0:2020-09-23
    类型:首次发布
  • 版本1.1:2020-09-30
    更改:数据库引用
  • 版本1.2:2024-05-01
    更改:数据收集、数据库引用、优化描述