Identification and validation of the high expression of pseudogene TCAM1P in cervical cancer via integrated bioinformatics analysis

doi:10.1186/s12935-021-02440-7

。2022年1月11日；22(1):17.

doi:10.1186/s12935-021-02440-7。

通过集成生物信息学分析鉴定和验证假基因TCAM1P在宫颈癌中的高表达

朱元航¹, 陈晨任², 李阳¹, 张振安¹, 梅园宫^三, 陈可兵¹

附属公司

¹郑州大学第三附属医院妇产科，郑州市宫颈疾病重点实验室，河南省郑州市康福前街7号，邮编：450052。
²郑州大学第三附属医院妇产科，郑州市宫颈疾病重点实验室，河南省郑州市康福前街7号，邮编：450052。renchenchen1106@126.com。
^三郑州大学药物科学院，郑州，450052，中华人民共和国。

PMID： 35016697
预防性维修识别码： PMC8753837号
内政部： 10.1186/s12935-021-02440-7

通过集成生物信息学分析鉴定和验证假基因TCAM1P在宫颈癌中的高表达

朱元航等。癌细胞Int。 2022。

。2022年1月11日；22(1):17.

doi:10.1186/s12935-021-02440-7。

作者

朱元航¹, 陈晨任², 李阳¹, 张振安¹, 梅园宫^三, 陈克兵¹

附属公司

¹郑州大学第三附属医院妇产科，中华人民共和国河南省郑州市康府前街7号郑州市宫颈疾病重点实验室，邮编450052。
²郑州大学第三附属医院妇产科，郑州市宫颈疾病重点实验室，河南省郑州市康福前街7号，邮编：450052。renchenchen1106@126.com。
^三郑州大学药物科学研究院，郑州，450052，中华人民共和国。

PMID： 35016697
预防性维修识别码： PMC8753837号
内政部： 10.1186/s12935-021-02440-7

勘误表in

更正：通过综合生物信息学分析鉴定和验证假基因TCAM1P在宫颈癌中的高表达。
朱毅、任C、杨力、张Z、龚M、陈凯。朱毅等。《癌症细胞国际》2022年2月12日；22(1):77. doi:10.1186/s12935-022-02516-y。《癌症细胞国际》2022。 PMID：35151324 免费PMC文章。没有可用的摘要。

摘要

背景：HPV作为宫颈癌的主要病因早已被揭示，但其具体机制尚未阐明。睾丸/癌抗原在宫颈癌中的作用已被揭示。然而，目前还没有关于睾丸/肿瘤特异性非编码RNA表达的报道。在本研究中，我们首先提出TCAM1P是睾丸/肿瘤特异性假基因，并利用一系列实验数据验证其与HPV的关系，并分析其对宫颈高级别病变的诊断价值及其在宫颈癌中高表达的机制。这为宫颈癌的防治提供了新的方向。

方法：假基因在各组织中的特异性表达通过“TAU”公式计算。利用ROC曲线判断TCAM1P对高级别病变的诊断价值。CCK8检测细胞增殖能力。qRT-PCR检测TCAM1P、HPV E6/E7的表达。通过starbase v2.0数据库预测了RBP与TCAM1P的结合，然后使用RIP分析进行验证。此外，还使用“clusterprofiler”R包进行了基因本体（GO）和KEGG富集分析。

结果：TCAM1P在正常睾丸组织和宫颈癌中特异性高表达。有趣的是，随着宫颈病变严重程度的增加，TCAM1P的表达增加，TCAM 1P可以有效诊断高级别宫颈病变。此外，TCAM1P的表达是HPV依赖性的，在HPV阳性的宫颈癌组织中表达最高。此外，RIP分析表明，EIF4A3通过与TCAM1P的结合调节TCAM1P的表达。结论：在本研究中，我们首次提出TCAM1P是癌/睾丸假基因，受HPV E6/E7和EIF4A3调控。TCAM1P促进宫颈癌细胞增殖，在宫颈癌中起促进作用。否则，TCAM1P通过调节细胞周期和DNA复制促进增殖，但需要提供更多证据来揭示TCAM1P在宫颈癌中的作用机制。

关键词：EIF4A3蛋白；乳头瘤病毒感染；假基因；子宫颈肿瘤。

PubMed免责声明

利益冲突声明

作者声明，他们没有相互竞争的利益。

数字

图1
宫颈癌中癌/睾丸（CT）假基因TCAM1P的鉴定。A类差异表达基因（DGE）和假基因的文氏分析共表达。B类火山图显示的上调和下调基因。C类通过文氏分析，在不同GEO数据集中共同表达DGE。D类，E类TCAM1P在正常组织和肿瘤组织中的表达

图2
CC患者TCAM1P与HPV感染的关系。A类——C类用qRT-PCR检测TCAM1P的表达。D类用qRT-PCR检测E6/E7的表达。E类WB法检测P53的表达。F类用qRT-PCR检测TCAM1P的表达。数据表示为平均值±SD，**P<0.01，***P<0.001

图3
CC患者TCAM1P与临床病理特征的相关性。A类TCAM1P在不同宫颈病变中的表达。B类ROC曲线检测TCAM1P对CIN2及以上病变的诊断价值。C类ROC曲线检测TCAM1P对CIN3及以上病变的诊断价值。D类描绘TCAM1P高表达和低表达CC患者OS的KM曲线。数据表示为平均值±SD，*P<0.05，**P<0.01，***P<0.001，***P<0.001，****P<0.0001

图4
TCAM1P促进宫颈癌细胞增殖。A类，B类CCK-8检测处理后Siha和Caski细胞的增殖能力。C类，D类通过集落形成实验检测处理后Siha和Caski细胞的增殖能力。数据表示为平均值±SD，*P<0.05，**P<0.01，***P<0.001，***P<0.001，****P<0.0001

图5
EIF4A3通过调节TCAM1P的表达促进宫颈癌细胞的增殖。A类TCAM1P在细胞核和细胞质中的表达。B类StarBase分析的与TCAM1P结合的RNA结合蛋白（RBP）。C类qRT-PCR用于检测相对于输入的转录物丰度。D、用对照或EIF4A3 siRNA转染E、Siah和Caski细胞，用qRT-PCR检测EIF4A1和TCAM1P的表达。数据以平均值±标准差表示，*P<0.05，**P<0.01，***P<0.001，***P<0.001

图6
TCAM1P相关基因的功能富集分析。A类生物过程（BP），B类分子功能（MF），C类电池组件（CC），D类KEGG途径分析。x轴表示q值（−log10），y轴表示GO项。GO项通过富集因子、q值和富集基因数进行测量。富因子越大，富集程度越高，p值越大[0,1]。红色越亮，这个词就越重要

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