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.2021年10月22日；12(23):7177-7189.
doi:10.7150/jca.63029。 eCollection 2021年。

ERK相关RASGRF2的高表达预测胃腺癌患者预后不良，并与M2巨噬细胞相关

杜亚奇 1, 王正光 2, 维纳湾 三
附属公司

ERK相关RASGRF2的高表达预测胃癌患者预后不良，并与M2巨噬细胞相关

杜亚奇等。 癌症杂志. .

摘要

背景：RASGRF2在各种癌症发展中的作用已经得到证实。然而，其在胃腺癌（STAD）中的作用仍在研究中。方法：RASGRF2转录水平数据和STAD患者的相关临床信息摘自癌症基因组图谱（TCGA）。RASGRF2的诊断和预后价值通过受体-操作员特征（ROC）分析、相关性分析和生存分析以及预后模型进行分析。此外，还分析了基因表达谱、共变异表达的差异表达基因以及影响节点的差异表达的基因（DEG）蛋白质相互作用网络。为了确定RASGRF2在STAD中的分子作用，进行了基因本体（GO）术语、京都基因和基因组百科全书（KEGG）生物途径和基因集富集分析（GSEA）介导的功能模块富集分析。还研究了RASGRF2与基于基因标记的预测免疫细胞浸润模式之间的关系。为了验证生物信息学的发现，研究了RASGRF2蛋白的表达在体外采用westernblot和免疫组织化学方法。此外，分析了RASGRF2蛋白表达、临床病理特征和患者生存率之间的关系。结果：生物信息学分析显示，STAD组织中RASGRF2转录水平显著升高，这与T分期、组织学类型、组织学分级和TP53状态呈正相关。此外，RASGRF2转录水平表明STAD患者的总体生存率较差（危险比=1.47，P（P）= 0.023). 多变量Cox回归分析表明，初级治疗结果、年龄和RASGRF2转录水平是生存率的独立预后因素，列线图的C指数为0.695。此外，159个基因根据RASGRF2转录水平差异表达；15个表现为共变异表达，13个为有影响力的节点。DEG-list显著富集了几个GO术语、生物途径和功能模块，包括MAPK、RAS、ERK和免疫调节途径。RASGRF2转录水平与Tem、巨噬细胞、pDCs和NK细胞的浸润水平显著正相关。验证分析显示，两组中RASGRF2蛋白表达水平的结果相似在体外分析。结论：生物信息预测与在体外验证表明RASGRF2在STAD患者中发挥诊断和预后作用，并作为负保护性分子因子。

关键词：免疫浸润；免疫调节途径；诺模图；RASGRF2；胃腺癌。

PubMed免责声明

利益冲突声明

竞争性利益：作者已声明不存在竞争性利益。

数字

图1
图1
的诊断实用程序RASGRF2型转录水平及其与临床病理特征的相关性（基于癌症基因组图谱（TCGA）胃腺癌（STAD）数据集）。（A）的比较RASGRF2型所有肿瘤亚型（TCGA）和正常组织（TCGA+GTEx）之间的转录水平。（B）的比较RASGRF2型STAD肿瘤（TCGA）和正常（TCGA+GTEx）组织之间的转录水平。（C）的比较RASGRF2型TCGA STAD肿瘤和邻近非肿瘤组织之间的转录水平。（D）接收器-操作器特性曲线。（E-H）的相关性RASGRF2型STAD临床病理特征的转录水平，包括T期（E）、组织学类型（F）、组织分级（G）和TP53型状态（H）。(*P（P）≤0.05, **P≤0.01, ***P≤0.001).
图2
图2
的预后意义RASGRF2型转录水平。（A）胃腺癌患者高与低的Kaplan-Meier生存分析RASGRF2型转录水平(P（P）= 0.023).（B）通过多元Cox回归确定了基于预后风险因素的五年列线图。（C）诺模图校准图。
图3
图3
差异表达基因（DEG）、DEG表达的共同变异、DEG蛋白质相互作用（PPI）网络和影响网络节点。（A）火山图显示159度。（B）热图显示15个DEGs的表达水平，并具有共同变化的表达。（C）DEG PPI网络。（D）13个有影响力的网络节点（hub基因）。
图4
图4
基因本体论（GO）、京都基因和基因组百科全书（KEGG）生物途径，以及基于基因集富集分析（GSEA）的差异表达基因功能模块富集分析。（A-C）丰富的GO生物过程、细胞成分和分子功能术语。（D）丰富的KEGG途径。（E-H）富集图表明GSEA功能模块富集，包括MAPK家族、RAS、ERK和免疫调节信号通路。缩写：ES富集分数、NES归一化ES、NOMP（P）-Val标准化P（P）-值。
图5
图5
之间的相关性RASGRF2型转录水平和免疫浸润模式。（A）24种免疫亚型的预测肿瘤浸润比例不同。（B-E）之间的相关性RASGRF2型转录水平和预测免疫浸润水平。（F-I）高低免疫浸润水平的比较RASGRF2型转录水平组(P（P）< 0.001).
图6
图6
胃腺癌验证队列组织标本中RASGRF2蛋白表达水平和预后意义。（A）免疫组织化学显示STAD和邻近非肿瘤组织标本中RASGRF2蛋白表达水平和亚细胞定位。（B）STAD组织中RASGRF2的染色明显强于邻近的非肿瘤组织(P（P）= 0.0051).（C）Kaplan-Meier生存分析表明，高RASGRF2蛋白表达的STAD患者与低RASGRF1蛋白表达的患者之间的生存率存在显著差异(P（P）= 0.01).（D）Western blotting显示GES-1细胞系和三种胃癌细胞系（AGS、HGC-27和KATO III）之间RASGRF2蛋白表达存在显著差异(P（P）< 0.05).
图7
图7
概述了综合研究的基本工作流程。该研究包括两部分。（A）RASGRF2的转录物表达特征、预后和诊断价值。（B）RASGRF2在STAD中的功能价值、肿瘤免疫浸润分析、临床应用和初步验证。
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