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.2020年1月8日；48（D1）：D265-D268。
doi:10.1093/nar/gkz991。

CDD/SPARCLE：2020年的保守领域数据库

深南路 1, 王继尧 1, 法里德·奇萨兹 1, 迈拉·K·德比郡 1, 雷娜塔·基尔 1, 诺琳·R·冈萨雷斯 1, 马克·瓜兹 1, 大卫·赫维茨 1, 加布里埃尔·H·马切勒 1, 詹姆斯·S·宋 1, 纳马达·塔基 1, Roxanne A Yamashita公司 1, 杨明章 1, 张大川 1, 郑昌娟 1, 克里斯托弗·兰茨基 1, 阿伦·马什勒·鲍尔 1
附属机构

CDD/SPARCLE：2020年的保守领域数据库

深南路等。 核酸研究. .

摘要

随着NLM的保守域数据库（CDD）作为一种公开可用的资源进入其20年的运营期，CDD管理人员继续对广泛分布的蛋白质域家族进行分级分类，并记录与分子功能相关的保守位点，这样就可以将它们映射到用户查询中，以支持假设驱动的生物分子研究。CDD既提供了预计算域注释的存档，也为单个蛋白质或核苷酸查询和更大的蛋白质查询序列集提供了实时搜索服务。CDD工作人员继续通过保守的结构域来表征蛋白质家族，并建立了一个重要的精选结构域文库，以支持在RefSeq中命名细菌蛋白质。这些结构定义可通过SPARCLE获得，SPARCLE是一个蛋白质亚家族结构标记引擎。客户尽职调查可访问https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cdd.shtml。

PubMed免责声明

数字

图1。
图1。
RefSeq集合中细菌蛋白的“flatfile”（GenPept格式）视图。添加前缀为“WP”的蛋白质细菌现在已具备名称分配的证据（以红色椭圆突出显示）。证据访问是热链接的，以提供有关特定注释规则的更多信息，在本例中是在SPARCLE中管理的保守域体系结构。其他具有指向注释规则查看器的热链接的证据类型是Hidden Markov Models（HMM）和BLAST规则，它们的优先级高于域体系结构，并将推翻SPARCLE建议的名称。
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