Interlaboratory study to validate a STR profiling method for intraspecies identification of mouse cell lines

doi:10.1371/journal.pone.0218412

.2019年6月20日；14（6）：e0218412。

doi:10.1371/journal.pone.0218412。 2019年eCollection。

验证小鼠细胞系种内鉴定STR图谱方法的实验室间研究

附属公司

¹美国马里兰州盖瑟斯堡国家标准与技术研究所生物系统和生物材料部。
²美国弗吉尼亚州马纳萨斯标准资源中心ATCC。
^三美国宾夕法尼亚州马尔文Charles River实验室。
⁴美国北卡罗来纳州达勒姆杜克大学。
⁵弗朗西斯·克里克研究所，细胞服务，英国伦敦。
⁶Genetica Cell Line Testing-美国北卡罗来纳州伯灵顿的LabCorp品牌。
⁷IDEXX BioAnalytics，美国密苏里州哥伦比亚市。
⁸Laragen公司，美国加利福尼亚州卡尔弗市。
⁹Microsynth AG，瑞士巴尔干。
¹⁰美国马里兰州盖瑟斯堡国家标准与技术研究所统计工程部。
¹¹美国马里兰州盖瑟斯堡国家标准与技术研究所生物分子测量部。
¹²亚利桑那大学遗传学核心实验室，亚利桑那大学遗传学核心，美国亚利桑那州图森市。
¹³剑桥大学，英国癌症研究所，剑桥研究所，英国剑桥。
¹⁴马里兰大学，马里兰帕克学院。
¹⁵匹兹堡大学人类遗传学系，美国宾夕法尼亚州匹兹堡。

PMID： 31220119
预防性维修识别码： PMC6586308型
内政部： 10.1371/新闻稿0218412

验证小鼠细胞系种内鉴定STR图谱方法的实验室间研究

杰米·L·阿尔梅达等。公共科学图书馆综合版. 2019.

.2019年6月20日；14（6）：e0218412。

doi:10.1371/journal.pone.0218412。 2019年eCollection。

附属公司

¹美国马里兰州盖瑟斯堡国家标准与技术研究所生物系统和生物材料部。
²美国弗吉尼亚州马纳萨斯标准资源中心ATCC。
^三美国宾夕法尼亚州马尔文Charles River实验室。
⁴美国北卡罗来纳州达勒姆杜克大学。
⁵弗朗西斯·克里克研究所，细胞服务，英国伦敦。
⁶Genetica Cell Line Testing-美国北卡罗来纳州伯灵顿的LabCorp品牌。
⁷IDEXX BioAnalytics，美国密苏里州哥伦比亚市。
⁸美国加利福尼亚州卡尔弗市Laragen公司。
⁹Microsynth AG，瑞士巴尔干。
¹⁰美国马里兰州盖瑟斯堡国家标准与技术研究所统计工程部。
¹¹美国马里兰州盖瑟斯堡国家标准与技术研究所生物分子测量部。
¹²美国亚利桑那州图森市亚利桑那州大学遗传核心实验室。
¹³剑桥大学，英国癌症研究所，剑桥研究所，英国剑桥。
¹⁴马里兰大学，马里兰帕克学院。
¹⁵匹兹堡大学人类遗传学系，美国宾夕法尼亚州匹兹堡。

PMID： 31220119
预防性维修识别码：第586308页
内政部： 10.1371/新闻稿0218412

摘要

小鼠细胞系鉴定联合会成立的目的是验证短串联重复序列（STR）标记用于小鼠细胞系种内鉴定。STR分析方法是一种多重聚合酶链反应（PCR）分析方法，由针对19个小鼠STR标记和两个人类STR标记的引物组成（用于种间污染筛查）。该联盟的目标是进行一项实验室间研究，以：（1）验证小鼠STR标记物，以唯一识别小鼠细胞系（种内鉴定），（2）提供一个具有美国国家标准与技术研究所（NIST）验证的小鼠STR图谱的小鼠细胞系公共数据库，以及（3）公布实验室间研究的结果。实验室间研究是一项国际性研究，由代表学术界、工业界、生物资源中心和政府机构的12个参与实验室组成。该研究基于从美国类型培养物收集（ATCC）获得的50种最常用的小鼠细胞系。在50个小鼠细胞系中，18个具有独特的STR图谱，在所有联盟实验室成员中100%一致（匹配），其余32个细胞系具有不一致性，很容易解决，导致了分析的改进。这种不一致是由于低信号和解释问题，包括伪影和基因分型错误。尽管本研究中不一致STR图谱的总数相对较高，但在不一致样本中同意等位基因调用的实验室百分比高于92%。NIST验证小鼠细胞系的STR图谱，包括电泳图像，将发布在NCBI生物样本数据库上(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosample网址/). 总体而言，实验室间研究表明，使用19个小鼠STR标记中的18个的多重PCR方法能够在小鼠细胞系之间的种内水平上进行区分。进一步的研究正在进行中，以完善该分析，包括（1）开发等位基因阶梯，以提高等位基因调用的准确性，以及（2）整合口吃过滤器以识别真正的口吃。

PubMed免责声明

利益冲突声明

我阅读了该杂志的政策，本手稿的作者有以下竞争利益：NIST被美国专利局授予小鼠细胞系鉴定专利（9556482 B2）。为了充分披露，该技术被授权给IDEXX BioAnalytics和ATCC进行商业化；这两家公司都有这份手稿的作者。NIST和发明人已经收到付款，并可能会收到版税。这不会改变我们对PLOS ONE数据和材料共享政策的遵守。

数字

**图1。根据二倍体小鼠DNA样本计算出的口吃比率。**
这里绘制了每个标记与所代表的等位基因相关的口吃比率。y轴是观察到的口吃比率百分比，x轴显示等位基因数（重复次数）。

**图2。使等位基因之间的口吃正常化。**
y轴表示每个观察到的口吃比率除以相同标记和等位基因的所有口吃比率的平均值。x轴显示等位基因数（重复次数）。

**图3。仪器对标记物之间口吃比率的影响总结。**
19个STR标记和每个仪器的相对位置的组合被浓缩成一个图。每行对应一个特定的标记，其中每行上的四个点表示四种仪器在STR标记内各自的平均标准化口吃比率。

**图4。STR标记11–1的峰值形态。**
A.箭头表示取自AKR小鼠二倍体DNA的等位基因19的不规则峰值形态（Jackson Laboratories）。B.箭头表示JC癌细胞系中等位基因19的不规则峰值形态。C.来自C58小鼠二倍体DNA的等位基因20.3的正常峰值形态（Jackson Laboratories）。D.来自CMT-93癌细胞系的等位基因20.3的正常峰值形态。E.箭头表示CT26.CL25癌细胞系中等位基因19的不规则峰值形态。

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1. Nardone R.根除交叉污染细胞系：行动呼吁。细胞生物毒性。2007;23:367–72. 2007年10月10日/10565-007-9019-9-内政部-公共医学
1. Capes-Davis A、Theodosopoulos G、Atkin I、Drexler HG、Kohara A、MacLeod RA等。检查您的文化！交叉污染或错误识别的细胞系列表。国际癌症杂志。2010;127(1):1–8. 10.1002/ijc.25242-内政部-公共医学
1. Freedman LP、Gibson MC、Ethier SP、Soule HR、Neve RM、Reid YA。再现性：改变细胞系认证的政策和文化。自然方法。2015;12:493 10.1038/nmeth.3403-内政部-公共医学

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