Molecular phenotyping of laboratory mouse strains using 500 multiple reaction monitoring mass spectrometry plasma assays

doi:10.1038/s42003-018-0087-6

.2018年6月27日：78。

doi:10.1038/s42003-018-0087-6。 2018年eCollection。

使用500多反应监测质谱血浆分析法对实验室小鼠菌株进行分子表型分析

附属公司

¹维多利亚大学-不列颠哥伦比亚省基因组蛋白质组学中心，温哥华岛技术园，#3101-4464，Markham St.，Victoria，BC，V8Z 7X8，Canada。
²莱顿大学医学中心蛋白质组学和代谢组学中心，荷兰莱顿Albinusdreef 22333 ZA。
^三麦吉尔大学犹太综合医院蛋白质组学实验室，戴维斯夫人研究所，3755 Chemin de la Côte Sainte Catherine，Montréal，QC，H3T 1E2，加拿大。
⁴德国多特蒙德莱布尼茨分析研究所（Leibniz-Institut für Analytische Wissenschaften-ISAS-e.V），44139。
⁵维多利亚大学-不列颠哥伦比亚省基因组蛋白质组学中心，温哥华岛技术园，#3101-4464，Markham St.，Victoria，BC，V8Z 7X8，Canada。christoph@proteincentre.com。
⁶麦吉尔大学犹太总医院蛋白质组学实验室，戴维斯夫人研究所，3755 Chemin de la Cotte-Sainte-Catherine，Montreal，QC，H3T 1E2，Canada。christoph@proteincentre.com。
⁷维多利亚大学生物化学与微生物学系，佩奇大楼207室，3800 Finnerty Rd.，Victoria，BC，V8P 5C2，Canada。christoph@proteincentre.com。
⁸麦吉尔大学犹太总医院蛋白质组学中心肿瘤学系，加拿大魁北克省蒙特利尔市科特-斯特卡瑟林路3755号，H3T 1E2。christoph@proteincentre.com。

PMID： 30271959
预防性维修识别码： PMC6123701型
内政部： 10.1038/s42003-018-0087-6

使用500多反应监测质谱血浆分析法对实验室小鼠菌株进行分子表型分析

莎拉·米绍德等。公共生物. 2018.

.2018年6月27日：78。

doi:10.1038/s42003-018-0087-6。 2018年eCollection。

附属公司

¹维多利亚大学-不列颠哥伦比亚省基因组蛋白质组学中心，温哥华岛技术园，#3101-4464，Markham St.，Victoria，BC，V8Z 7X8，Canada。
²蛋白质组学和代谢组学中心，莱顿大学医学中心，荷兰莱顿Albinusdreef 2，2333 ZA。
^三麦吉尔大学犹太总医院蛋白质组学实验室，戴维斯夫人研究所，3755 Chemin de la Cotte-Sainte-Catherine，Montreal，QC，H3T 1E2，Canada。
⁴德国多特蒙德莱布尼茨分析研究所（Leibniz-Institut für Analytische Wissenschaften-ISAS-e.V），44139。
⁵维多利亚大学-不列颠哥伦比亚省基因组蛋白质组学中心，温哥华岛技术园，#3101-4464，Markham St.，Victoria，BC，V8Z 7X8，Canada。christoph@proteincentre.com。
⁶麦吉尔大学犹太总医院蛋白质组学实验室，戴维斯夫人研究所，3755 Chemin de la Cotte-Sainte-Catherine，Montreal，QC，H3T 1E2，Canada。christoph@proteincentre.com。
⁷维多利亚大学生物化学与微生物学系，佩奇大楼207室，3800 Finnerty Rd.，Victoria，BC，V8P 5C2，Canada。christoph@proteincentre.com。
⁸麦吉尔大学犹太总医院蛋白质组学中心肿瘤学系，加拿大魁北克省蒙特利尔市科特-斯特卡瑟林路3755号，H3T 1E2。christoph@proteincentre.com。

PMID： 30271959
预防性维修识别码： PMC6123701型
内政部： 10.1038/s42003-018-0087-6

摘要

小鼠是人类疾病研究的主要实验模型，部分原因在于系统发育关系、繁殖的便利性以及遗传操作分子工具的可用性。基因组编辑方法学的进展，如CRISPR-Cas9，能够快速生产新的转基因小鼠菌株，这就需要互补的高通量和系统表型技术。与传统的蛋白质表型分析技术相比，多反应监测（MRM）质谱可以在不放弃特异性或定量精度的情况下实现高度多重化。在此，我们提出了500种蛋白质定量的MRM分析，并随后确定了生物医学研究中通常使用的五种实验室小鼠菌株的血浆蛋白质参考浓度值，揭示了菌株间和菌株内的表型差异。这500种MRM分析将具有广泛的研究应用，包括新型转基因小鼠的高通量表型验证、候选生物标记物的鉴定，以及需要多重精确蛋白质定量的一般研究应用。

PubMed免责声明

利益冲突声明

C.H.B.是MRM蛋白质组学公司的CSO。其余作者声明没有竞争利益。

数字

图1
设计分析的重复性和动态范围（CPTAC实验2）。一根据五个独立实验中的组内和组间CoV计算的峰面积总变异性。使用Tukey方法生成方框图和晶须图；显示了平均值（+）和异常值（圆圈）。蓝色、白色和红色方框分别对应于SIS肽中掺入物在低浓度（2.5×或5×测定LLOQ）、中浓度（50×测定LLOQ）和高浓度（500×测定LLOQ）下的总变异性。虚线表示CPTAC定义的20%截止线。b设计分析的动态范围。分析LLOQ（蓝线）、分析ULOQ（红线）和各自内源性分析物的可检测浓度（黑点、，N个 = 367）在C57BL/6小鼠的混合血浆中(N个 = 30）如图所示

图2
设计分析的稳定性（CPTAC实验4）。一SIS/NAT峰面积比的组内变异性。在自动取样器（4°C）上0、6或24小时后，通过重复的LC/MRM质谱注射对样品的三分之一进行分析。在−80°C下冷冻额外的等分试样，并在解冻后（T−1×）、第二次冻融循环后（T‐2×）或在−80C下4周后（T‑4w）进行相同的分析。bSIS/NAT峰面积比的组间变异性比较了所有时间点和冻融循环中的六次注射。使用Tukey方法生成方框图和晶须图；显示了平均值（+）和异常值（圆）。虚线表示CPTAC定义的20%截止线。**c（c）**六个实验时间点20个代表性肽的SIS/NAT峰面积比。T、冻融；w、周；注射，注射

图3
五种实验室小鼠菌株的血浆蛋白谱。一热图显示了每种小鼠菌株的血浆蛋白质丰度（对数转换）（将雄性和雌性蛋白质丰度合并）。b斜率和频率分布*R（右）*²通过对所有雄性和雌性小鼠品系和群体（5个品系，7个群体，雌雄分离，得到91条不同的线性回归曲线）的血浆蛋白丰度（对数转换）的91次不同线性回归分析计算得出的值。**c（c）**来自三家不同供应商的C57BL/6小鼠血浆蛋白质丰度的序列内比较(年轴为反对数刻度）。d日来自三个不同供应商的C57BL/6小鼠中蛋白质差异百分比的频率分布。显示了肽丰度的所有差异，包括没有统计意义的差异。**e（电子）**C57BL/6小鼠血浆蛋白质丰度的脑内变异性。仅显示了至少两个C57BL/6菌株之间丰度不同的蛋白质(第页 < 双向方差分析0.05，Tukey修正多重比较）。**（f）**血浆中株特异性免疫球蛋白（Ig）丰度。对于每种小鼠菌株，仅显示在至少四只小鼠血浆中各自分析的动态范围内检测到的目标分析物的丰度；克rey染色表示在相应小鼠品系的血浆中未检测到或无法定量的分析物。N个 = 6只小鼠/品系（3只雄性和3只雌性）。显示了日志转换数据的方法；浓度为替代肽（pmol mL）的浓度⁻¹血浆）。CRL，查尔斯河实验室；J、杰克逊实验室；和BR、BioReclamationIVT

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