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。2018年1月4日；46（D1）：D221-D228。
doi:10.1093/nar/gkx1031。

共识编码序列（CCDS）数据库：由专家管理支持的人类和小鼠蛋白质编码区域的标准化集合

Shashikant Pujar公司 1, 努阿拉·奥利里 1, 凯瑟琳·法雷尔 1, 简·E·洛夫兰 2, 乔纳森·穆奇 2, 克雷格·沃林 1, 卡洛斯·吉隆 2, 马克·迪坎 三, 如果巴恩斯 2, 鲁斯·贝内特 2, 安德鲁·贝里 2, 埃里克·考克斯 1, 克莱尔·戴维森 2, 塔玛拉·戈德法布 1, 何塞·M·冈萨雷斯 2, 托比·亨特 2, 约翰杰克逊 1, 维尼塔·乔达尔 1, 迈克·P·凯 2, Vamsi K Kodali公司 1, 费格尔·J·马丁 2, 莫妮卡·麦克安德鲁 4, 凯利·麦卡维 1, 迈克尔·墨菲 1, 巴努·拉吉普特 1, 桑吉达·H·朗瓦拉 1, 莉莲·D·里迪克 1, Ruth L密封 5, 玛丽·马尔特·苏纳 2, 韦伯 1, 苏菲亚·朱 4, 布朗文·L·阿肯 2, Elspeth A Bruford公司 5, 卡罗尔·巴尔特 4, 亚当·弗兰基什 2, 特伦斯·墨菲 1, 金·德·普鲁特 1
附属公司

共识编码序列（CCDS）数据库：由专家管理支持的人类和小鼠蛋白质编码区域的标准化集合

Shashikant Pujar公司等。 核酸研究。 。

摘要

共识编码序列（CCDS）项目提供了一个蛋白质编码区域的数据集，这些蛋白质编码区域在NCBI和EMBL-EBI的Ensemble小组独立生成的基因组注释中，在人类和小鼠参考基因组集合上具有相同的注释。该数据集是包括NCBI、Ensembl、，HUGO基因命名委员会，小鼠基因组信息学和加州大学圣克鲁斯分校。使用自动流水线生成并通过多次质量保证检查的带相同注释的编码区域被分配一个稳定且可跟踪的标识符（CCDS ID）。此外，CCDS合作的专家策展人进行的协调手动审查有助于保持数据集的完整性和高质量。CCDS数据可通过交互式网页获得(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/CCDS/CcdsBrowse.cgi网站)和FTP站点(ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/CCDS/). 在本文中，我们概述了CCDS数据集正在进行的工作、增长和稳定性，并提供了新协作成员的更新以及添加到CCDS用户界面的新功能。我们还提出了专家管理方案，并通过具体实例强调了准确参考基因组组装的重要性以及研究团体的投入所发挥的关键作用。

PubMed免责声明

数字

图1。
图1。
人类中代表的CCDS ID和基因的数量(A类)和鼠标(B类)CCDS发布。这个X（X）-axis表示CCDS数据集公开的年份。有关CCDS版本的详细信息，请参阅CCDS版本和统计信息网页(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/CCDS/CcdsBrowse.cgi？请求=SHOW_STATISTICS).
图2。
图2。
至少由两个当前CCDS ID表示的CCDS版本中所有基因的分数。
图3。
图3。
人类的变化(A类)和鼠标(B类)每个新CCDS版本的数据集。”新建“=新增CCDS ID；”dropted“=上一版本中存在CCDS ID，但在下一版本中撤回；”updated’=与上一版本相比，加入版本增加的CCDS ID，指示编码区域中的序列更新。
图4。
图4。
从CCDS3542.1的报告页面访问的图形显示视图(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/CCDS/CcdsBrowse.cgi？REQUEST=ALLFIELDS&DATA=CCDS3542&ORGANISM=0&BUILDS=CURRENTBUILDS)使用紫色的“S”图标。(A类)NCBI Annotation Release 108的转录物和蛋白质。(B类)Ensembl Release 85的转录物和蛋白质。绿色条表示基因；转录本显示为紫色，蛋白质显示为红色。将光标定位在这些对象（基因、转录物或蛋白质）上会打开一个工具提示，其中包含其他信息和链接。CCDS集合中NCBI注释显示的蛋白质包括工具提示中CCDS ID的链接。右侧的灰色框（由垂直箭头指示）是对应于蛋白质添加NP_002514.1的工具提示。当使用键盘上的“控制”或“命令”按钮选择对象（图中的NM_002523.2和ENST00000265634）时，任何两个对象之间的差异也可以显示为垂直线（由水平箭头指示）。
图5。
图5。
数据冻结时，人和鼠CCDS ID在当前人（版本20）和鼠（版本21）CCDS版本中的“审查状态”分布。评审状态类别和子类别的详细信息见表1。已审核1=“由RefSeq和HAVANA审核”的CCDS ID，已审核2=“由CCDS协作”审核的CCDS IDs，已审核3=“由RefSeq、HAVANA和CCDS协作审查”的CCDSID。
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