pLoc-mEuk: Predict subcellular localization of multi-label eukaryotic proteins by extracting the key GO information into general PseAAC

doi:10.1016/j.ygeno.2017.08.005

.2018年1月；110(1):50-58.

doi:10.1016/j.ygeno.2017.08.005。 Epub 2017年8月14日。

pLoc-mEuk：通过将关键GO信息提取到通用PseAAC中来预测多标记真核蛋白的亚细胞定位

项城¹, 宣晓², 郭振秋^三

附属公司

¹景德镇陶瓷学院计算机系，景德镇，中国。
²景德镇陶瓷学院计算机系，景德镇，中国；戈登生命科学研究所，美国马萨诸塞州波士顿02478，电子地址：xxiao@gordonlifescience.org。
^三戈登生命科学研究所，波士顿，马萨诸塞州02478，美国；中国电子科技大学信息生物学中心，成都610054。电子地址：kcchou@gordonlifescience.org。

PMID： 28818512
内政部： 2016年10月10日/j.ygeno.2017.08.005

免费文章

pLoc-mEuk：通过将关键GO信息提取到通用PseAAC中来预测多标记真核蛋白的亚细胞定位

项城等。基因组学. 2018年1月.

免费文章

.2018年1月；110(1):50-58.

doi:10.1016/j.ygeno.2017.08.005。 Epub 2017年8月14日。

作者

项城¹, 宣晓², 郭振秋^三

附属公司

¹景德镇陶瓷学院计算机系，景德镇，中国。
²景德镇陶瓷学院计算机系，景德镇，中国；戈登生命科学研究所，美国马萨诸塞州波士顿02478，电子地址：xxiao@gordonlifescience.org。
^三戈登生命科学研究所，波士顿，马萨诸塞州02478，美国；中国电子科技大学信息生物学中心，成都610054。电子地址：kcchou@gordonlifescience.org。

PMID： 28818512
内政部： 10.1016/j.yge2017.08.005

摘要

在预测真核蛋白质的亚细胞定位方面已经做出了许多努力，但大多数现有的方法都有以下两个局限性：（1）它们的覆盖范围小于十个位置，因此真核细胞中的许多细胞器无法被覆盖；（2）它们只能用于处理单个标记系统，其中每个组成蛋白都有一个并且只有一个位置。事实上，具有多个位置的蛋白质特别令人感兴趣，因为它们可能具有一些特殊的功能，这对于深入理解细胞中的生物过程和选择药物靶点非常重要。尽管一些预测因子（如“Euk-mPLoc”、“Euk-PLoc 2.0”和“iLoc-Euk”）可以覆盖多达22个不同的位置位点，并且它们还具有处理多标记蛋白质的功能，但仍需进一步努力提高其预测质量，尤其是在提高绝对真率和降低绝对假率方面。在这里，我们通过将关键GO（基因本体）信息提取到一般PseAAC（伪氨基酸组成）中，提出了一种新的预测因子“pLoc-mEuk”。在一个高质量和严格的基准数据集上进行的严格交叉验证表明，所提出的pLoc-mEuk预测器显著优于上述三个预测器中最好的iLoc-Euk。为了最大限度地为大多数实验科学家提供便利，已在http://www.jci-bioinfo.cn/pLoc-mEuk/用户无需经过复杂的数学运算即可轻松获得所需的结果。

关键词：周的指标；GO（执行）；ML-GKR；多标签系统；PseAAC公司。

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