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.2017;13(6):544-551.
doi:10.2174/1573406413666170419150052。

iPreny-PseAAC:通过将两层序列偶联到PseAAC中来识别蛋白质中的C末端半胱氨酸预酰化位点

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iPreny-PseAAC:通过将两层序列偶联到PseAAC中来识别蛋白质中的C末端半胱氨酸预酰化位点

严旭等。 药物化学. 2017.

摘要

背景:丙氨酸化是一种特殊的翻译后修饰(PTM),发生在蛋白质C末端的半胱氨酸残基上,可能对他汀类药物改变免疫功能起关键作用。因此,了解蛋白质中的丙烯基化位点对于药物开发以及深入了解相关的生物过程非常重要。

目标:给定一个查询蛋白,其C末端包含一些半胱氨酸残基,哪一个可以是丙烯基化的,或者它们都不能是丙烯基化的?

方法:为了解决这个问题,我们开发了一种新的预测因子,称为“iPreny-PseAAC”,将两层序列对耦合效应合并到PseAAA(伪氨基酸组成)的一般形式中。

结果:通过四种不同的交叉验证方法观察到,反映其预测质量的所有重要指标都很高,并且彼此完全一致。

结论:预计iPreny-PseAAC预测因子具有很高的潜力,可以成为一种有用的高通量工具,用于识别蛋白质C末端半胱氨酸丙烯化位点和其他相关领域。为了最大限度地方便大多数实验生物学家,新预测器的Web服务器已经在http://app.aporc.org/iPreny-PseAAC/用户无需仔细阅读本文中涉及的数学细节即可轻松获得所需结果。

关键词:自身免疫病;PseAAC;支持向量机;半胱氨酸丙酰化;蛋白C末端;web服务器。

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