. 2016年8月19日; 44(14):6614-24.
doi:10.1093/nar/gkw569。
Epub 2016年6月24日。
NCBI原核基因组注释管道
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附属公司
1 美国国家生物技术信息中心,美国国家医学图书馆,马里兰州贝塞斯达,邮编:20894。
2 Wallace H.Coulter生物医学工程部,乔治亚理工大学,亚特兰大,佐治亚州30332,美国。
三 Wallace H.Coulter乔治亚理工大学生物医学工程系,佐治亚州亚特兰大,邮编30332 borodovsky@gatech.edu。
剪贴板中的项目
NCBI原核基因组注释管道
塔蒂亚娜·塔图索娃 等。
核酸研究 .
2016 .
. 2016年8月19日; 44(14):6614-24.
doi:10.1093/nar/gkw569。
Epub 2016年6月24日。
附属公司
1 美国国家生物技术信息中心,美国国家医学图书馆,马里兰州贝塞斯达,邮编:20894。
2 Wallace H.Coulter生物医学工程部,乔治亚理工大学,亚特兰大,佐治亚州30332,美国。
三 Wallace H.Coulter乔治亚理工大学生物医学工程系,佐治亚州亚特兰大,邮编30332 borodovsky@gatech.edu。
剪贴板中的项目
摘要
最近的技术进步为疾病暴发中致病物种种群的大规模测序和分析以及旨在扩大我们对整个原核生物领域的知识的大规模多样性研究提供了前所未有的机会。 为了应对及时解释这一庞大遗传信息的结构、功能和意义的挑战,迫切需要一种全面的基因组自动注释方法。 NCBI与佐治亚理工大学合作,开发了一种新的基因组注释方法,将基于比对的方法与直接从序列预测蛋白质编码和RNA基因及其他功能元件的方法相结合。 一种新的基因发现工具GeneMarkS+使用蛋白质和RNA同源性放置的综合证据作为注释的初始地图,生成并修改整个基因组的从头算基因预测。 因此,新NCBI的原核基因组注释管道(PGAP)在有可靠的比较数据时更依赖序列相似性,而在缺乏外部证据时更依赖统计预测。 该管道提供了一个框架,用于生成和分析原核生物分类的全部注释。 有关PGAP的更多信息,请参阅 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geneme/annotation_prok/ 和NCBI手册, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK174280/。
牛津大学出版社代表2016年核酸研究出版。 本作品由(a)美国政府雇员撰写,在美国属于公共领域。
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