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.2015年4月8日；10（4）：e0123057。
doi:10.1371/journal.pone.0123057。 2015年电子收集。

血脂和免疫介导疾病之间丰富的遗传重叠表明了共同的分子遗传机制

奥勒·安德烈亚森 1, Rahul S Desikan公司 2, 王云鹏 三, 卫斯理·K·汤普森 4, 安德鲁·肖克 5, 维伦娜·祖伯 6, Nadezhda T Doncheva公司 7, 伊娃·埃林豪斯 8, 马里奥·阿尔布雷希特 9, Morten Mattingsdal公司 10, 安德烈·弗兰克 8, 本尼迪克特谎言 11, 伊恩·米尔斯, 波尔·奥克鲁斯特 12, 琳达·K·麦克沃伊 2, 斯尔詹·朱罗维奇 13, 汤姆·H·卡尔森 14, 安德斯·M·戴尔 15
附属公司

血脂和免疫介导疾病之间丰富的遗传重叠表明了共同的分子遗传机制

奥勒·安德烈亚森等。 公共科学图书馆综合版. .

勘误表in

  • 更正：血脂和免疫介导疾病之间丰富的遗传重叠表明了共同的分子遗传机制。
    Andreassen OA、Desikan RS、Wang Y、Thompson WK、Schork AJ、Zuber V、Doncheva NT、Ellinghaus E、Albrecht M、Mattingsdal M、Franke A、Lie BA、Mills IG、Aukrust P、McEvoy LK、Djurovic S、Karlsen TH、Dale AM。 Andreassen OA等人。 公共科学图书馆一号。2015年5月15日；10（5）：e0128048。doi:10.1371/journal.pone.0128048。2015年电子收集。 公共科学图书馆一号。2015 PMID：25978331 免费PMC文章。 没有可用的摘要。

摘要

流行病学研究表明，血脂与免疫介导的疾病之间存在关系，但这些关联的性质尚不清楚。我们使用全基因组关联研究（GWAS）来研究血脂和免疫介导疾病之间的共享单核苷酸多态性（SNP）。我们分析了来自GWAS（约200000人）的数据，应用新的错误发现率（FDR）方法，调查血脂水平[甘油三酯（TG）、低密度脂蛋白（LDL）、高密度脂蛋白]之间的遗传重叠以及一些典型的免疫介导疾病（克罗恩病、溃疡性结肠炎、类风湿性关节炎、1型糖尿病、乳糜泻、牛皮癣和结节病）。我们发现血脂与所有被调查的免疫介导疾病之间存在显著的多基因多态性。我们发现免疫介导疾病与TG（n=88）、LDL（n=87）和HDL（n=22）之间存在一些共同的风险位点。三天分析区分了免疫介导疾病的多效性模式。新的多效性基因座使代表血脂基因座的功能基因网络节点数量增加了40%。通路分析揭示了免疫发病机制和脂质生物学的几种新的共享机制，包括鞘糖脂合成（如FUT2）和肠-宿主-巨噬细胞相互作用（如ATG16L1）。我们证明了独立于环境因素的血脂和免疫介导疾病的共同遗传基础。我们的发现为血脂异常和免疫介导疾病提供了新的机制性见解，并可能对降脂和抗炎药的治疗试验产生影响。

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利益冲突声明

竞争利益：提交人声明，不存在相互竞争的利益。

数字

图1
图1.”甘油三酯的连接值（FDR<0.05）的连接功能FDR-Manhattan图。
连接-日志10沿着染色体位置绘制甘油三酯（TG）和克罗恩病（CD）、溃疡性结肠炎（UC）、类风湿关节炎（RA）、1型糖尿病（T1D）、腹腔疾病（CeD）、银屑病（PSOR）和G结节病（SARC）的（FDR）值。连接FDR<0.05的SNP（即-log10FDR>1.3）显示了放大的数据点。放大的数据点周围的黑色圆圈表示每个LD块中最显著的SNP，该SNP用最接近的基因注释，该基因列在每个位点的符号上方，但染色体6上的主要组织相容性复合体（MHC）区域除外。图中显示了88个TG基因座的定位。第6号染色体外相关位点的详细信息见S1文件中的表E。
图2
图2.'低密度脂蛋白连接值（FDR<0.05）的连接FDR曼哈顿图。
连接-日志10沿着染色体位置绘制低密度脂蛋白（LDL）胆固醇和克罗恩病（CD）、溃疡性结肠炎（UC）、类风湿关节炎（RA）、1型糖尿病（T1D）、腹腔疾病（CeD）、银屑病（PSOR）和G结节病（SARC）的（FDR）值。连接FDR<0.05的SNP（即-log10FDR>1.3）显示了放大的数据点。放大的数据点周围的黑色圆圈表示每个LD块中最显著的SNP，该SNP用最接近的基因注释，该基因列在每个位点的符号上方，但染色体6上的主要组织相容性复合体（MHC）区域除外。图中显示了87个LDL基因座的定位。6号染色体以外的相关基因座的详细信息如S1文件中的表F所示。
图3
图3.'高密度脂蛋白连接值（FDR<0.05）的连接FDR曼哈顿图。
连接-日志10沿着染色体位置绘制高密度脂蛋白（HDL）胆固醇和克罗恩病（CD）、溃疡性结肠炎（UC）、类风湿关节炎（RA）、1型糖尿病（T1D）、腹腔疾病（CeD）、银屑病（PSOR）和G结节病（SARC）的（FDR）值。连接FDR<0.05的SNP（即-log10FDR>1.3）显示了放大的数据点。放大的数据点周围的黑色圆圈表示每个LD块中最显著的SNP，该SNP用最接近的基因注释，该基因列在每个位点的符号上方，但染色体6上的主要组织相容性复合体（MHC）区域除外。该图显示了52个高密度脂蛋白基因座的定位。第6号染色体外相关位点的详细信息见S1文件中的表G。
图4
图4。来自当前分析和先前证实的血脂基因座的新的多效性基因座的功能基因网络。
在多效性位点和先前确认的血脂位点中，与最相关SNP最接近的蛋白编码基因被用于构建基因的功能相似性网络（参见方法）。该网络包含158个基因节点，由509条相似边连接。先前报道的与血脂相关的基因以绿松石结（或绿松石节扇区）为代表。红结（或红结扇区）代表免疫介导疾病和甘油三酯（TG）之间的多效性位点。绿色节点（或绿色节点扇区）代表免疫介导疾病和低密度脂蛋白（LDL）胆固醇之间的多效性位点。紫色结节（或紫色结节扇区）代表免疫介导疾病和高密度脂蛋白（HDL）胆固醇之间的多效性位点。实心灰色和橙色边缘线表明，基于基因本体注释，连接的基因之间具有很强的功能相似性。橙色边缘线对应于多效性位点网络和血脂位点网络中节点之间的212个新连接。菱形节点形状表示将多效性基因座和血脂位点组合成一个网络后出现的23个新基因。丰富的KEGG途径（见S1文件中的表O-P）用粉红色虚线连接到各自的基因节点。图中省略了与网络中任何其他节点（48个基因）或注释（82个基因）没有连接的基因及其节点。
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