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指南
.2015年5月；17(5):405-24.
doi:10.1038/gim.2015.30。 Epub 2015年3月5日。

序列变异解释标准和指南：美国医学遗传学和基因组学学院与分子病理学协会的联合共识建议

苏·理查兹 1, 纳兹尼恩·阿齐兹 2, 谢里·贝尔 三, 大卫·比克 4, 索马·达斯 5, 朱莉·加斯蒂尔·福斯特 6, 韦恩·格罗迪 7, 马杜里·赫格德 8, 伊莱恩·里昂 9, 伊莱恩·斯佩克特 10, 卡尔·沃尔克丁 9, 海蒂·L·雷姆 11; ACMG实验室质量保证委员会
附属公司
指南

序列变异解释标准和指南：美国医学遗传学和基因组学学院与分子病理学协会的联合共识建议

苏·理查兹等。 遗传医学. 2015年5月.

摘要

美国医学遗传学和基因组学学院（ACMG）此前制定了序列变异解释指南。（1） 在过去十年中，随着高通量下一代测序技术的出现，测序技术迅速发展。通过采用和利用下一代测序，临床实验室现在正在进行越来越多的基因检测，包括基因分型、单基因、基因组、外显子组、基因组、转录组和遗传疾病的表观遗传学检测。由于复杂性的增加，基因检测的这种转变伴随着序列解释的新挑战。在此背景下，ACMG于2013年召集了一个工作组，由ACMG、分子病理学协会（AMP）和美国病理学家学会的代表组成，以重新审查和修订序列变体解释的标准和指南。该小组由临床实验室主任和临床医生组成。本报告代表了工作组的专家意见，并得到了ACMG、AMP和美国病理学家学院利益相关者的意见。这些建议主要适用于临床实验室中广泛使用的基因测试，包括基因分型、单基因、面板、外显子和基因组。本报告建议使用特定的标准术语——“致病性”、“可能致病性”，“不确定重要性”，“可能良性”和“良性”——来描述在导致孟德尔疾病的基因中发现的变体。此外，本建议描述了一个基于标准，使用典型类型的变量证据（例如，人口数据、计算数据、功能数据、分离数据）将变量分为这五类的过程。由于本报告中描述的临床基因检测的分析和解释越来越复杂，ACMG强烈建议临床分子基因检测应在临床实验室改进修正案批准的实验室中进行，结果由board认证的临床分子遗传学家或分子遗传病理学家或同等人员解释。

PubMed免责声明

利益冲突声明

利益冲突：所有工作组成员都是临床服务提供商。据报道，苏·理查兹、大卫·比克、索马·达斯、韦恩·格罗迪、伊莱恩·斯佩克特、朱莉·加斯蒂尔·福斯特、纳兹尼恩·阿齐兹和卡尔·沃克丁均未发生商业利益冲突。以下工作组成员存在商业利益冲突：Sherri Bale（GeneDx、BioReference（股票）、RainDance咨询委员会、Ingenuity）；Madhuri Hegde（牛津遗传技术、Tessarae、Ingenuity/Qiagen顾问）；Elaine Lyon（全基因组咨询委员会）；和Heidi Rehm（科学咨询委员会：Ingenuity/Qiagen、Complete Genomics、Knome、Focused Genomics）。

数字

图1
图1。证据框架
下表按证据类型以及良性（左侧）或致病性（右侧）判断标准的强度组织了每个标准。证据代码描述见表3和表4。缩写：BS，良性强；BP，良性支持；FH，家族史；LOF，功能丧失；MAF，微小等位基因频率；路径。，致病性；PM，致病性中等；PP，致病支持；PS，致病性强；PVS，致病性很强
请参阅PMC中的此图像和版权信息

中的注释

  • 基因检测。ACMG关于序列变异解释的指南。
    Bahcall OG公司。 巴卡尔OG。 Nat Rev基因。2015年5月；16(5):256-7. doi:10.1038/nrg3940。Epub 2015年4月9日。 Nat Rev基因。2015 PMID：25854183 没有可用的摘要。
  • 在临床背景下解释序列变异。
    塞德鲍姆S。 塞德鲍姆S。 Genet Med.2015年12月；17(12):1012. doi:10.1038/gim.2015.150。Epub 2015年11月5日。 Genet Med.2015。 PMID：26540153 没有可用的摘要。
  • 对Cederbaum的回应。
    序列变量解释工作组。 序列变量解释工作组。 《基因医学》，2015年12月；17(12):1013-4. doi:10.1038/gim.2015.151。Epub 2015年11月12日。 Genet Med.2015。 PMID：26562226 没有可用的摘要。
  • ACMG/AMP著名的序列变异解释源标准。
    Biesecker LG、Harrison SM；ClinGen序列变体解释工作组。 Biesecker LG等人。 Genet Med.2018年12月；20（12）：1687-1688。doi:10.1038/gim.2018.42。 Genet Med.2018年。 PMID：29543229 免费PMC文章。 没有可用的摘要。
  • 对Biesecker和Harrison的回应。
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  • 一项调查评估了ACMG-AMP指南在解释序列变异和确定持续改进领域方面的应用。
    Niehaus A、Azzariti DR、Harrison SM、DiStefano MT、Hemphill SE、Senol-Cosar O、Rehm HL。 Niehaus A等人。 Genet Med.2019年8月；21(8):1699-1701. doi:10.1038/s41436-018-0432-7。Epub 2019年1月23日。 Genet Med.2019.基因医学。 PMID：30670879 免费PMC文章。 没有可用的摘要。
  • 评论线粒体tRNA变体的解释标准。
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