跳到主页内容
美国国旗

美国政府的官方网站

Dot政府

gov意味着它是官方的。
联邦政府网站通常以.gov或.mil结尾。之前分享敏感信息,确保你在联邦政府政府网站。

Https系统

该站点是安全的。
这个https(https)://确保您连接到官方网站,并且您提供的任何信息都是加密的并安全传输。

访问密钥 NCBI主页 MyNCBI主页 主要内容 主导航
.2014年10月3日;15(1):847.
doi:10.1186/1471-2164-15-847。

小鼠细胞系的SNP阵列分析可确定其来源菌株,并揭示交叉污染和广泛的非整倍体

附属公司

小鼠细胞系的SNP阵列分析可确定其来源菌株,并揭示交叉污染和广泛的非整倍体

约翰·P·迪迪翁等。 BMC基因组学. .

摘要

背景:几十年来,错误识别和污染细胞系的危机一直困扰着生物研究界。一些知识库和期刊已经响应了对人类细胞系进行强制性认证的呼吁,然而,尽管小鼠细胞系在赞助研究中很重要,但对其的错误识别却很少得到宣传。短串联重复序列(STR)分析是标准验证方法,但它可能无法区分来自同一近交系小鼠的细胞系。此外,STR分析并没有揭示某些高攻击株系中发生的核型变化,可能会产生功能性后果。单核苷酸多态性(SNP)分析被认为是STR分析的更准确和通用的替代方法;然而,尚未描述基于SNP的小鼠细胞系高通量认证方法。

结果:我们开发了基于经济高效的SNP阵列的细胞系鉴定和拷贝数分析的计算方法(SNP轮廓细胞系鉴定,CLASP),并提供了常用小鼠菌株和细胞系的参考数据库。我们表明,CLASP很容易区分不同分类起源的细胞系,包括来自单个近交系、杂交或野生捕获小鼠的多个细胞系。CLASP还能够检测浓度低至5%的污染物。在我们测试的99个细胞系中,有15个与报告的遗传背景有很大差异。在所有情况下,我们都能够区分身份验证失败是否是由于错误识别(一个细胞系,Ba/F3)、存在多个菌株背景(五个细胞系)、被其他细胞污染和/或存在非整倍体染色体(九个细胞株)。

结论:小鼠细胞系的错误识别和污染可能和人类细胞培养中一样普遍。这可能对依赖于细胞培养的预期背景的研究产生重大影响。实验室可以通过定期验证其细胞培养物来降低这些风险。我们的结果表明,SNP阵列剖析是一种有效的对抗细胞系错误识别的方法。

PubMed免责声明

数字

图1
图1
基因型可唯一识别小鼠菌株和细胞系。A)参考样品之间(紫色)和细胞系之间(绿色)所有成对比较的对齐分数密度图,以及与所有参考样品相比每个细胞系的最大对齐分数(橙色)。比对分数范围从0.0(无共同基因型)到1.0(基因相同)。在一些两两细胞系比较中,高度一致性是由于包含重复。B)单元格行(列)和参考样本(行)之间所有比较的热图。根据基因型的细胞系聚类对列进行排序,如图顶部的树状图所示(分支长度是任意的)。
图2
图2
小鼠细胞系具有污染和广泛的非整倍体。基于3552个SNP标记基因型的117个细胞系样本的邻接树。节点颜色根据100次重采样显示每个分支的支持(浅蓝色=较低支持,深蓝色=较高支持)。标记为红色的样本来自Ba/F3细胞系,据报道该细胞系起源于BALB,但实际上来自C3H。星号表示已知来源于癌组织的(*)细胞系和未知来源的(**)细胞系。四个圆形轨迹(从内到外)显示了排列分数(蓝色)、次级遗传背景(橙色)、交叉污染水平(紫色)和染色体数量,以及拷贝数变化的证据(红色=丢失,绿色=增加)。标签识别来自经典近交系(129,A,BALB,C3H,C57BL,DBA)、杂交(C57BL-Hybr=C57BL-与另一背景的杂交,CCF1=两个合作杂交(CC)创始株之间的杂交)、瑞士小鼠(包括商业远交种)、小肌M.MM.M.锥体原产地(M.M.mus,中国科学院),野生老鼠在非-小M起源(其他物种)和其他背景(Ma/MyJ和PL/J是经典的近交系,IL6211是CC系,JR4来源于129xCAST杂交种)。
图3
图3
CLASP识别细胞系中的污染和拷贝数畸变。全基因组强度分布的可视化A)交叉污染样品(W4/129S6);B)初级组织的正常样本(CAST/EiJ x a/J);C)非整倍体样本(OB1xB3)。热门曲目:B等位基因频率。每个数据点代表一个标记,并按基因型命名、AA(蓝色)、AB(紫色)或BB(红色)着色。中间轨迹:对数R比率。红线是平滑的平均LRR,上下波段分别表示大于和小于平均值的一个标准偏差。红色标记的值超出范围[-2,2]。下部轨迹:由genoCNA确定的拷贝数间隔。颜色代表不同的HMM状态(参见Sun等人[24])。
图4
图4
非整倍体在细胞培养中普遍存在。基因CNA将每条染色体分类为染色体丢失阈值以下(平均拷贝数1.5,深灰色)或染色体增加阈值以上(2.1,浅灰色)的频率。

类似文章

  • 通过下一代测序进行短串联重复分析以进行细胞系鉴定。
    Chen YH、Connelly JP、Florian C、Cui X、Pruett-Miller SM。 Chen YH等。 Dis模型机械。2023年10月1日;16(10):dmm050150。doi:10.1242/dmm.05150。Epub 2023年10月23日。 Dis模型机械。2023 PMID:37712227 免费PMC文章。
  • 使用短串联重复序列(STR)分析法鉴定新建立的人食管鳞癌细胞系(YM-1)。
    Ayyoob K、Masoud K、Vahideh K、Jahanbakhsh A。 Ayyoob K等人。 肿瘤生物学。2016年3月;37(3):3197-204. doi:10.1007/s13277-015-4133-4。Epub 2015年10月2日。 肿瘤生物学。2016 PMID:26432330
  • 用短串联重复序列(STR)DNA基因型分析鉴定人和小鼠细胞系。
    阿尔梅达JL,科赫CT。 Almeida JL等人。 2023年1月17日。在:Markossian S、Grossman A、Arkin M、Auld D、Austin C、Baell J、Brimacombe K、Chung TDY、Coussens NP、Dahlin JL、Devanarayan V、Foley TL、Glicksman M、Gorshkov K、Haas JV、Hall MD、Hoare S、Inglese J、Iversen PW、Lal Nag M、Li Z、Manro JR、McGee J、McManus O、Pearson M、Riss T、Saradjian P、Sittampalam GS、Tarselli M、Trask OJ JR、Weidner JR,Wildey MJ、Wilson K、Xia M、Xu X,编辑。分析指导手册[互联网]。贝塞斯达(医学博士):礼来公司和国家翻译科学促进中心;2004–. 2023年1月17日。联系人:Markossian S、Grossman A、Arkin M、Auld D、Austin C、Baell J、Brimacombe K、Chung TDY、Coussens NP、Dahlin JL、Devanarayan V、Foley TL、Glicksman M、Gorshkov K、Haas JV、Hall MD、Hoare S、Inglese J、Iversen PW、Lal-Nag M、Li Z、Manro JR、McGee J、McManus O、Pearson M、Riss T、Saradjian P、Sittampalam GS、Tarselli M、Trask OJ JR、Weidner JR、,Wildey MJ、Wilson K、Xia M、Xu X,编辑。分析指导手册[互联网]。贝塞斯达(医学博士):礼来公司和国家翻译科学促进中心;2004–. PMID:23805434 免费书籍和文件。 审查。
  • 短串联重复序列分析:降低细胞错误识别频率的整体策略的一部分。
    Nims RW、Sykes G、Cottrill K、Ikonomi P、Elmore E。 Nims RW等人。 体外细胞开发生物动画。2010年12月;46(10):811-9. doi:10.1007/s11626-010-9352-9。Epub 2010年10月7日。 体外细胞开发生物动画。2010 PMID:20927602 免费PMC文章。 审查。
  • 基因剖析分析在人类细胞系鉴定中的重要作用。
    吉野K、Iimura E、Saijo K、Iwase S、Fukami K、Ohno T、Obata Y、Nakamura Y。 Yoshino K等人。 Hum细胞。2006年2月;19(1):43-8. doi:10.1111/j.1749-0747.2005.0007.x。 Hum细胞。2006 PMID:16643607

引用人

工具书类

    1. 自然身份危机。自然。2009;457:935–936.-公共医学
    1. 美国典型培养物收集标准开发组织工作组ASN-0002细胞系误认:结束的开始。Nat Rev癌症。2010;10:441–448. doi:10.1038/nrc2852。-DOI程序-公共医学
    1. Podolak E:《通过切断研究人员来结束细胞系污染》,《生物技术在线新闻》(2010年)。
    1. Capes-Davis A、Theodosopoulos G、Atkin I、Drexler HG、Kohara A、MacLeod RAF、Masters JR、Nakamura Y、Reid YA、Reddel RR、Freshney RI。检查您的文化!交叉污染或错误识别的细胞系列表。国际癌症杂志。2010;127:1–8. doi:10.1002/ijc.25242。-DOI程序-公共医学
    1. Yoshino K,Saijo K,Noro C,Nakamura Y。开发一种简单的方法来确定培养细胞系来源的小鼠菌株。跨学科生物中心。2010;2:1–9. doi:10.4051/ibc.2010.2.4.0014。-DOI程序

出版物类型