跳到主页内容
美国国旗

美国政府的官方网站

点政府

gov意味着它是官方的。
联邦政府网站通常以.gov或.mil结尾。之前分享敏感信息,确保你在联邦政府政府网站。

Https系统

网站是安全的。
这个https(https)://确保您连接到官方网站,并且您提供的任何信息都是加密的并安全传输。

访问密钥 NCBI主页 MyNCBI主页 主要内容 主导航
.2014年4月1日;30(7):1003-5.
doi:10.1093/bioinformatics/btt637。 Epub 2013年11月13日。

跟踪数据中心支持在UCSC基因组浏览器上可视化用户定义的全基因组注释

附属公司

跟踪数据中心支持在UCSC基因组浏览器上可视化用户定义的全基因组注释

布莱恩·雷尼等。 生物信息学. .

摘要

总结:跟踪数据中心为可视化远程托管的可访问的基因组注释互联网集合提供了一种有效的机制。中心数据集可以组织、配置并完全集成到加州大学圣克鲁斯分校(UCSC)基因组浏览器中,并通过熟悉的浏览器界面访问。个人首次可以使用完整的浏览器功能集查看自定义数据集,而无需设置和维护镜像。

可用性和实施:BigWig、BigBed和Genome Browser软件的源代码可在http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/jksrc.zip,用C实现,在Linux上受支持。BigWig和BigBed创建和解析实用程序的二进制文件可以下载在http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/。二进制对齐/映射(BAM)和变量调用格式(VCF)/tabix实用程序可从http://samtools.sourceforge.net/http://vcftools.sourceforge.net/。UCSC基因组浏览器可在http://genome.ucsc.edu。

PubMed免责声明

类似文章

  • BigWig和BigBed:支持浏览大型分布式数据集。
    Kent WJ、Zweig AS、Barber G、Hinrichs AS、Karolchik D。 Kent WJ等人。 生物信息学。2010年9月1日;26(17):2204-7. doi:10.1093/bioinformatics/btq351。Epub 2010年7月17日。 生物信息学。2010 PMID:20639541 免费PMC文章。
  • UCSC基因组浏览器和相关工具。
    Kuhn RM、Haussler D、Kent WJ。 Kuhn RM等人。 简要生物信息。2013年3月;14(2):144-61. doi:10.1093/bib/bbs038。Epub 2012年8月20日。 简要生物信息。2013 PMID:22908213 免费PMC文章。
  • UCSC基因组浏览器数据库:2014年更新。
    Karolchik D、Barber GP、Casper J、Clawson H、Cline MS、Diekhans M、Dreszer TR、Fujita PA、Guruvadoo L、Haessler M、Harte RA、Heitner S、Hinrichs AS、Learned K、Lee BT、Li CH、Raney BJ、Rhead B、Rosenbloom KR、Sloan CA、Speir ML、Zweig AS、Hausler D、Kuhn RM、Kent WJ。 Karolchik D等人。 核酸研究,2014年1月;42(数据库问题):D764-70。doi:10.1093/nar/gkt1168。Epub 2013年11月21日。 核酸研究2014。 PMID:24270787 免费PMC文章。
  • UCSC基因组浏览器教程。
    Zweig AS、Karolchik D、Kuhn RM、Haussler D、Kent WJ。 Zweig AS等人。 基因组学。2008年8月;92(2):75-84. doi:10.1016/j.ygeno.2008.02.003。Epub 2008年6月2日。 基因组学。2008 PMID:18514479 审查。
  • UCSC基因组浏览器:每个分子生物学家都应该知道的。
    Mangan ME、Williams JM、Kuhn RM、车床WC 3号。 Mangan ME等人。 当前质子分子生物学。2009年10月;第19章:单元19.9。doi:10.1002/0471142727.mb1909s88。 当前质子分子生物学。2009 PMID:19816931 免费PMC文章。 审查。

引用人

工具书类

    1. Danacek P等人。变量调用格式和VCF工具。生物信息学。2011;27:2156–2158.-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Dowell RD等人。分布式注释系统。BMC生物信息学。2001;2:7.-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Dreszer TR等人。UCSC基因组浏览器数据库:2011年的扩展和更新。《核酸研究》2012;40:D918–D923。-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Flicek P等人,2013年合奏。2013年《核酸研究》;41:D48–D55。-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Karolchik D等人。UCSC表浏览器数据检索工具。核酸研究2004;32:D493–D496。-项目管理咨询公司-公共医学

出版物类型