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元分析
.2012年11月1日;491(7422):119-24.
doi:10.1038/nature11582。

宿主与微生物的相互作用形成了炎症性肠病的遗传结构

卢克·乔斯汀斯 1斯蒂芬·里普克冲洗K Weersma理查德·杜尔德莫特·麦戈文Ken Y Hui先生詹姆斯·C·李L菲利普·舒姆亚肖达·夏尔马卡尔·A·安德森乔纳·埃塞斯米贾·米特罗维奇凯达宁伊莎贝尔·克莱恩艾米莉剧院Sarah L西班牙苏米娅·雷乔杜里菲利普·戈耶特志伟克拉拉·亚伯拉罕Jean-Paul Achkar公司塔里克·艾哈迈德莱拉·阿米尼内贾德阿什温·N·阿南塔克里希南维贝克-安徒生简·M·安德鲁斯莱昂纳德·拜杜托拜厄斯·巴尔肖恩彼得·班普顿阿兰·比顿加布里埃尔·鲍彻斯蒂芬·布兰德卡斯滕·勃宁阿里拉·科亨斯文·西科恩毛罗·达马托德克·德容凯西·L·德瓦尼马拉·杜宾斯基凯瑟琳·爱德华兹大卫·埃林豪斯林妮特·弗格森丹尼斯·弗兰奇蒙特卡林·弗兰森理查德·盖里米歇尔·乔治克里斯蒂安·吉格尤根玻璃塔林哈里顿人艾尔萨·哈特克里斯·霍基马蒂亚·赫德尔胡新立汤姆·H·卡尔森利马斯·库普琴斯卡斯Subra Kugathasan公司安娜·拉蒂亚诺黛比·劳肯斯伊恩·劳伦斯查理·李斯爱德华·路易斯吉莉安·马伊法官曼斯菲尔德安哥拉R摩根克雷格·莫瓦特威廉·纽曼奥拉齐奥·帕尔米耶里Cyriel Y Ponsioen(西里埃尔·Y·庞西昂)乌洛斯·波托尼克娜塔莉·普雷斯科特米盖尔·雷奎罗杰罗姆·罗特理查德·拉塞尔杰里米·德·桑德森Miquel Sans公司杰克·萨桑吉斯特凡·施赖伯丽莎·A·西蒙斯尤尔吉塔·斯文托莱提特斯蒂芬·塔根肯特·德·泰勒马克·特梅林Hein W Verspaget公司马丁·德沃斯Cisca Wijmenga公司大卫·C·威尔逊朱利安·温克尔曼兰尼克·J·泽维尔塞巴斯蒂安·泽西格Bin Zhang(张斌)克拉伦斯·K·张赵红玉; 国际IBD遗传学联合会(IIBDGC); 马克·西尔弗伯格维托·安内塞哈科·哈科纳森史蒂文·布兰特格雷厄姆·拉德福德-史密斯克里斯托弗·马修约翰·D·里奥埃里克·沙特马克·戴利安德烈·弗兰克Miles Parkes公司Severine Vermeire公司杰弗里·巴雷特朱迪·赵
合作者,附属公司
元分析

宿主与微生物的相互作用形成了炎症性肠病的遗传结构

卢克·乔斯汀斯等。 自然. .

摘要

克罗恩病和溃疡性结肠炎是炎症性肠病(IBD)的两种常见形式,影响着250多万欧洲血统的人群,其他人群的发病率也在上升。这两种疾病作为单独的表型进行的全基因组关联研究和随后的荟萃分析表明,自噬等先前未知的机制在其发病机制中起作用,并表明一些IBD基因座与其他炎症性疾病共享。在这里,我们通过对克罗恩病和溃疡性结肠炎全基因组关联扫描进行荟萃分析来扩展相关通路的知识,随后对重要发现进行广泛验证,总共有75000多例病例和对照。我们为总共163个IBD位点确定了71个新的关联,这些关联符合全基因组显著性阈值。大多数基因座对这两种表型都有贡献,而且双向(在人类历史过程中始终倾向于一个等位基因)和平衡(有利于两个等位蛋白在群体中的保留)选择效应都很明显。许多IBD基因座也与其他免疫介导疾病有关,特别是与强直性脊柱炎和牛皮癣有关。我们还观察到IBD和分枝杆菌感染的易感性位点之间有相当大的重叠。基因共表达网络分析强调了这一关系,宿主对分枝杆菌的反应和易患IBD的反应之间有共同的途径。

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数字

图1
图1。IBD基因组
A) 163个IBD位点解释的方差。按照基因组位置排列的每个条代表一个独立的基因座。杆的宽度与CD和UC中该轨迹解释的方差成正比。如果钢筋被标识为与CD和UC相关,则将其连接在一起。如果基因座解释了该表型所有基因座解释的总方差的1%以上,则标记该基因座。B) 193个独立信号由总IBD比值比和表型特异性绘制(通过CD相对于UC的比值比测量),并根据表1中的IBD表型分类进行着色。请注意,尽管与CD和UC密切相关,但许多基因座(例如IL23R)在CD与UC中显示出非常不同的效果。C) GRAIL p<0.05的所有基因的GRAIL网络。我们之前在CD和UC中的GRAIL网络中包含的基因显示为浅蓝色,之前在深蓝色中确定的位点中新连接的基因,以及来自金中新关联位点的基因。金基因加强了之前的网络(浅蓝色),并将其扩展到包括深蓝色基因。
图2
图2。IBD生物学剖析
A) IBD基因座与其他免疫介导疾病(IMD)、麻风病和孟德尔原发性免疫缺陷(PID)重叠的数量。在PID中,我们强调了孟德尔对分枝杆菌病(MSMD)的敏感性。B) IBD SNPs的选择信号,从左侧的最强平衡到右侧的最强定向。灰色曲线显示随机选择的频率匹配SNP的95%置信区间,说明我们的总体富集度(p=5.5×10-6),而虚线表示Bonferroni显著性阈值。红色突出显示的单核苷酸多态性被注释为参与IL17产生的调节,IL17是与细菌防御相关的关键IBD功能术语,并被丰富以实现平衡选择。C) 不同免疫组织差异表达基因在IBD位点富集的证据。每个条形代表单个组织中的经验p值,颜色代表不同的细胞类型分组。虚线为Bonferroni校正的受试组织数量显著性。D) 以NOD2为中心的IBD因果子网络簇。粉红色基因位于IBD相关位点,蓝色基因则不在。箭头表示推断的表达调控的因果方向。

中的注释

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引用人

工具书类

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