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.2012年3月30日;33(8):853-60.
doi:10.1002/jcc.22917。 Epub 2012年1月25日。

分子网络:一种集成图论和数据挖掘工具,用于探索分子模拟中的溶剂组织

附属公司

MolecularRNetworks:一种用于探索分子模拟中溶剂组织的集成图论和数据挖掘工具

芭芭拉·洛根·穆尼等。 计算机化学杂志. .

摘要

这项工作讨论了使用软件包R:统计计算的语言和环境编写的处理分子模拟数据的脚本。这些被称为分子网络的脚本用于水溶质的几何和溶剂网络分析,可以扩展到其他氢键溶剂。提出并描述了一些基于图论的新算法,这些算法可以询问溶质的溶剂环境。这包括一种新的识别溶质附近溶剂所采用几何形状的方法,以及一种描述氢键的探索性方法,这两种方法都基于谷歌搜索名录的PageRank算法。分子网络代码包括一个预处理器,该预处理器将模拟轨迹提取为物理化学数据阵列,以及一个交互式分析脚本,该脚本支持统计、趋势和相关性分析以及其他数据挖掘。这些脚本的目标是增加对丰富的结构和动力学信息的访问,这些信息可以从分子模拟中获得。

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