Integrated genomic analyses of ovarian carcinoma

doi:10.1038/nature10166

.2011年6月29日；474(7353):609-15.

doi:10.1038/nature10166。

卵巢癌的综合基因组分析

癌症基因组图谱研究网络

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癌症基因组图谱研究网络:
D潜水钟, 一只Berchuck, M Birrer先生, J Chien先生, D W克拉默, F刀, R迪尔, P迪赛亚, H加布里, P格伦, A K戈德温, J总量, L哈特曼, M Huang先生, D G亨茨曼, 麦考卡, M伊米林斯基, S Kalloger公司, B Y卡伦, D A莱文, G B磨机, C莫里森, D割草机, N Olvera公司, S奥苏利克, K公园, N彼得雷利, B拉贝诺, J S雷达, B I锡克语, K Smith-McCune公司, 阿克·苏德, D鲍特尔, R便士, J R测试, K Chang公司, H H Dinh餐厅, J A德拉蒙德, G福勒, P Gunaratne公司, A C霍斯, C L科瓦尔, L R刘易斯, M B摩根, I F纽瑟姆, J桑蒂巴内斯, J G里德, 左R特雷维诺, Y-Q Wu先生, M Wang先生, D M穆兹尼, D A惠勒, R A吉布斯, G盖兹, M S劳伦斯, K西布尔斯基, A Y西瓦琴科, C Sougnez公司, D Voet公司, 约翰·威尔金森, T Bloom公司, K阿德利, T芬内尔, J鲍德温, S加布里埃尔, E S着陆器, 路易斯·L·丁, R S富尔顿, D C科波尔特, M D麦克莱伦, T怀利, J沃克, M O’Laughlin先生, D J杜林, L富尔顿, R雅培, N D Dees公司, Q张, C坎多斯, M Wendl先生, W席尔丁, D沈, C C哈里斯, H施密特, J卡利基, K D Delehaunty公司, C C弗罗尼克, R德米特, L厨师, J W Wallis（J W沃利斯）, L林, V J马格里尼, J S霍奇斯, J M埃尔德雷德, S M史密斯, C S波尔, F范丁, B J拉斐尔, G M温斯托克, E R马尔迪斯, R K威尔逊, M Meyerson先生, W Winckler公司, G盖兹, R G W Verhaak公司, S L卡特, C H梅梅尔, G萨克塞纳, H Nguyen先生, R C奥诺弗里奥, M S劳伦斯, D哈伯德, S古普塔, 克伦肖, A H拉莫斯, K阿德利, L Chin（左琴）, 普罗托波波夫, 张娟华, T M Kim先生, I佩纳, Y Xiao（Y肖）, H张, G Ren公司, N Sathiamoorthy号, 西北公园, E Lee公司, P J公园, R Kucherlapati先生, M Absher先生, L韦特, G夏洛克, J D布鲁克斯, J Z Li公司, 徐军（J Xu）, R M迈尔斯, 普瓦莱尔德, L Cope公司, J G赫尔曼, H Shen先生, D J魏森伯格, H努什梅尔, F平移, 小T特里奇, B P伯曼, D J范登伯格, J巴克利, S B巴林, P T斯佩尔曼, E目的, P中性, H本特森, L R贾库拉, S Durinck公司, 韩先生, S多顿, H马尔, Y G Choi先生, V王, N J王, 恩盖, J G Conboy公司, B帕文, H S费勒, T P速度, J W灰色, A莱文, N D索契, Y Liang（Y梁）, B S泰勒, N舒尔茨, L Borsu公司, A E睫毛, C布伦南, A小瓶, C砂光机, 拉达尼, K A霍德利, S孟, Y Du公司, Y Shi先生, L李, Y J Turman先生, D臧, E B头盔, S巴鲁, X周, J Wu先生, M D Topal公司, D N海耶斯, C M Perou公司, G盖兹, D Voet公司, G萨克塞纳, Junihua Zhang（张俊华）, H张, C J Wu先生, S Shukla公司, K西布尔斯基, M S劳伦斯, 西瓦琴科, R静, 西北公园, Y刘, P J公园, M诺贝尔, L Chin（左琴）, H卡特, D金, R卡钦, P T斯佩尔曼, E目的, P中性, H本特森, S Durinck公司, 韩先生, J E科尔科拉, L M继承人, R J Cho先生, Z Hu先生, B帕文, T P速度, J W灰色, N舒尔茨, E塞拉米, B S泰勒, 奥尔申, B版次, Y防夹, R Shen（R沈）, P Mankoo先生, R谢里丹, G西里略, W K Chang公司, J A伯南克, L Borsu公司, D A莱文, 拉达尼, C砂光机, D豪斯勒, C C奔驰, J M斯图尔特, S C奔驰, J Z桑伯恩, C J瓦斯克, 朱军（J Zhu）, C塞托, G K斯科特, C姚, K A霍德利, Y Du公司, S巴鲁, D N海耶斯, C M Perou公司, M D Wilkerson先生, N张, R阿克巴尼, K A巴格利, W K Yung先生, G B磨机, J N Weinstein（J N温斯坦）, R便士, T谢尔顿, D格林, M哈特菲尔德, S莫里斯, P耶纳, P罗兹, M谢尔曼, J保卢斯基, S米利斯, 阿卡恩, J M格林, R斯菲尔, M A Jensen女士, J Chen（陈）, J惠特摩尔, S阿隆索, J乔丹, 阿楚, 张晶慧, 巴克, C康普顿, G Eley公司, M Ferguson先生, P现场, D S格哈德, R迈尔斯, C谢弗, K R Mills Shaw公司, J沃, J B沃克利, P J好, M S盖耶, B Ozenberger公司, J彼得森, E汤姆森

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卵巢癌的综合基因组分析

癌症基因组图谱研究网络. 自然. 2011.

.2011年6月29日；474(7353):609-15.

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勘误表in

自然。2012年10月11日；490(7419):298

摘要

导致卵巢癌的分子畸变目录对于开发和部署改善患者生活的疗法至关重要。癌症基因组图谱项目分析了489例高级别浆液性卵巢腺癌的信使RNA表达、microRNA表达、启动子甲基化和DNA拷贝数，以及其中316例肿瘤编码基因外显子的DNA序列。在这里，我们报告了几乎所有肿瘤（96%）中TP53突变是高级别浆液性卵巢癌的特征；其他九个基因（包括NF1、BRCA1、BRCA 2、RB1和CDK12）的体细胞突变发生率低，但在统计上重复发生；113个显著的局部DNA拷贝数畸变；启动子甲基化事件涉及168个基因。分析揭示了四种卵巢癌转录亚型、三种microRNA亚型、四种启动子甲基化亚型和一种与生存期相关的转录特征，并揭示了BRCA1/2（BRCA1或BRCA2）和CCNE1异常的肿瘤对生存期的影响。通路分析表明，在所分析的大约一半肿瘤中同源重组有缺陷，NOTCH和FOXM1信号与浆液性卵巢癌病理生理学有关。

PubMed免责声明

数字

**图1。基因组拷贝数异常**
（a） 489例HGS-OvCa与197例多形性胶质母细胞瘤（GBM）肿瘤的拷贝数比较。拷贝数的增加（红色）和减少（蓝色）是沿着正常基因组的距离的函数。（b）沿gnome绘制了重要的、聚焦放大的（红色）和删除的（蓝色）区域。注释包括20个最显著的扩增和缺失区域，具有8个或更少基因的良好定位区域，以及具有已知癌症基因或通过全基因组功能丧失筛查鉴定的基因的区域。括号中给出了每个区域中包含的基因数量。（c）显著扩增（红色）和删除（蓝色）染色体臂。

**图2。HGS-OvCa分子亚型的基因和miRNA表达模式及预后预测**
（a） TCGA和Tothill的肿瘤等根据基因表达分为四个簇。（b）使用训练数据集，定义预后基因特征并应用于测试数据集。（c）四个独立表达谱数据集的Kaplan-Meier分析，比较预测高风险患者与低风险患者的生存率。包括风险指数的单变量Cox p值。（d）根据miRNA表达，肿瘤分为三个簇，如图所示，与基因簇重叠。（e）三个基于miRNA的簇之间患者生存率的差异。

**图3。HGS-OvCa中的改变路径**
（a） RB和PI3K/RAS途径（通过精选分析确定）和（b）NOTCH途径（通过HotNet分析确定）通常发生改变。改变由体细胞突变、DNA拷贝数变化或在某些情况下与二倍体肿瘤的表达相比显著上调或下调来定义。改变频率以百分比表示；激活的基因是红色的，失活的基因是蓝色的。（c） HR途径中的基因在高达49%的病例中发生改变。对BRCA状态的生存分析表明，BRCA突变病例（表现出更好的总体生存率）的结果与BRCA野生型不同，并且*巴西航空公司1*表观遗传沉默的病例生存率较差。（d） FOXM1转录因子网络在87%的病例中被激活。每个基因被描绘成一个多环圈，其中绘制了其拷贝数（外环）和基因表达（内环），使得环中的每个“辐条”代表一个患者样本，样本按以下递增顺序排序*FOXM1型*表达式。兴奋性（红色箭头）和抑制性相互作用（蓝色线）取自NCI通路相互作用数据库。虚线表示转录调控。

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1. Koonings PP，Campbell K，Mishell DR，Jr.，Grimes DA。原发性卵巢肿瘤的相对频率：一项10年回顾。妇产科学。1989;74:921–926.-公共医学
1. Seidman JD等。表面上皮性卵巢癌的组织学类型和分期分布。国际妇科病理学杂志。2004;23:41–44.-公共医学
1. Miller DS等人，培美曲塞治疗复发或持续耐药的卵巢癌或原发性腹膜癌的II期评估：妇科肿瘤组的一项研究。临床肿瘤学杂志。2009;27:2686–2691.-项目管理咨询公司-公共医学
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[3] Koonings PP，Campbell K，Mishell DR，Jr.，Grimes DA。原发性卵巢肿瘤的相对频率：一项10年回顾。妇产科学。1989;74:921–926.-公共医学

[4] Koonings PP，Campbell K，Mishell DR，Jr.，Grimes DA。原发性卵巢肿瘤的相对频率：一项10年回顾。妇产科学。1989;74:921–926.-公共医学

[5] Seidman JD等。表面上皮性卵巢癌的组织学类型和分期分布。国际妇科病理学杂志。2004;23:41–44.-公共医学

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[7] Miller DS等人，培美曲塞治疗复发或持续耐药的卵巢癌或原发性腹膜癌的II期评估：妇科肿瘤组的一项研究。临床肿瘤学杂志。2009;27:2686–2691.-项目管理咨询公司-公共医学

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[9] Jemal A等人，《癌症统计》，2009年。CA癌症临床杂志。2009;59:225–249.-公共医学

[10] Jemal A等人，《癌症统计》，2009年。CA癌症临床杂志。2009;59:225–249.-公共医学

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