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.2010年7月;31(7):875-85.
doi:10.1002/humu.21276。

NOD2基因区两个第二代测序平台的SNP发现性能

附属公司

NOD2基因区两个第二代测序平台的SNP发现性能

Espen甜瓜等。 Hum变种. 2010年7月.

摘要

第二代测序技术的一个潜在重要应用是识别疾病相关变异。为了比较SNP检测的性能,使用两种不同的第二代测序技术对克罗恩病(CD)相关NOD2基因进行靶向重测序。根据NOD2位点的单倍型背景选择11名CD患者。使用长程PCR(LR-PCR)扩增40-kb的NOD2大基因区域,并使用Roche 454/FLX系统、Applied Biosystems SOLiD mate-pair库(2 x 25 bp)和SOLiD片段库(50 bp)进行测序。整个NOD2区域也使用传统的Sanger技术进行测序。在SOLiD mate-pair文库中发现了四四个四十二个单核苷酸多态性(SNP),在片段库中发现454个SNP,在454/FLX中发现441个SNP。对于纯合子SNP,Sanger确认98%的单核苷酸多态性为mate-pair文库,100%为片段文库,99%为454/FLX。桑格证实了SOLiD Mat-pair文库检测到的96%的杂合SNP,片段文库检测的91%,454/FLX检测的96%。在仿真中,当达到的覆盖率低于40 x时,SNP检测性能迅速下降。由于使用LR-PCR时目标区域的表示不均匀,因此需要对其他区域进行过排序。

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