NCBI病原体检测集成细菌和真菌病原菌基因组序列来自许多正在进行的监测和研究工作，其来源包括食品、水或生产设施等环境来源，以及患者样本。包括食源性、医院获得性和其他临床传染性病原体。
该系统提供了两个主要的自动实时分析：1）它快速聚类相关病原体基因组序列，以确定潜在的传播链，帮助公共卫生科学家调查疾病暴发情况，2）作为国家抗生素耐药生物数据库（NDARO）的一部分，NCBI使用AMRFinderPlus筛选基因组序列，以确定细菌基因组序列中发现的抗微生物耐药性、应激反应和毒力基因，这使科学家能够跟踪耐药基因的传播，并了解抗菌耐药性、应激响应和毒力之间的关系。
