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一类酶，催化两个底物分子之间形成键，与ATP或类似能量供体中焦磷酸键的水解结合。（多兰，第28版）酶代码EC6。

引入年份：羧化酶见羧化酶类&连翘属植物1964-1974年，正朝1963年进发

泛素蛋白的一个子集连接酶由SKP结构域蛋白、CULLIN结构域蛋白和F-BOX结构域蛋白结合形成。

引入年份：2004

一类与泛素结合酶和泛素特异性蛋白质底物相互作用的酶。该酶群的每个成员对底物和泛素结合酶都有其独特的特异性。泛素蛋白连接酶以单体蛋白和多蛋白复合物的形式存在。

引入年份：2004

通过形成碳-碳键来催化两个分子结合的酶。这些是羧化酶，大多是生物素蛋白。酶代码EC6.4。

引入年份：1998年

催化谷氨酰胺衍生氨与另一分子结合的酶。这种联系以碳氮键的形式存在。酶代码EC6.3.5。

引入年份：1998年

通过形成碳氮键来催化两个分子结合的酶类。酶代码EC6.3。

引入年份：1998年

通过形成碳硫键来催化两个分子结合的酶。酶代码EC6.2。

引入年份：1998年

通过形成碳-氧键来催化两个分子结合的酶类。酶代码EC6.1。

引入年份：1998年

通过琥珀酸和辅酶A可逆形成琥珀酰辅酶A，并伴随ATP裂解为ADP（酶代码EC6.2.1.5）或GTP裂解为GDP（酶代码EC 6.2.1.4）和正磷酸盐，对导致琥珀酸氧化的第一步进行催化的酶。衣康酸可以代替琥珀酸，ITP可以代替GTP。酶代码EC6.2.1.-。

引入年份：1998（1976）

在遗传过程中催化磷酸二酯键中预制核糖核苷酸或脱氧核糖核苷酸的连接。酶代码EC6.5.1。

引入年份：1998年（1974年）

聚脱氧核糖核苷酸：聚脱氧核苷酸连接酶在修复双链DNA单链断裂的遗传过程中，催化磷酸二酯键中预设脱氧核糖核苷酸连接的酶。该等级包括EC 6.5.1.1（ATP）和EC 6.5.1.2（NAD）。

引入年份：1998年（1977年）

催化酰基辅酶A衍生物形成的酶。酶代码EC6.2.1。

引入年份：1998（1973）

E3泛素连接酶由四个WW域组成。他们通过其C-末端HECT结构域接受来自E2泛素结合酶的泛素作为硫酯，并将其特异性转移到靶蛋白的第63个赖氨酸残基（Lys-63）。NEDD4靶点包括许多对细胞生长和体内平衡具有重要功能的蛋白质和受体，如VEGFR-2；FGFR1酪氨酸激酶；和ERBB-4受体。它们在这些受体的内化、溶酶体对它们的降解中发挥着关键作用，并且在病毒释放中也作为ESCRT复合物的一部分发挥作用。

引入年份：2018年（1996年）

催化氨或酰胺与另一分子结合的酶，其中以碳氮键的形式连接。酶代码EC6.3.1。

引入年份：1998年

将氨基酸特异性转移RNA与其对应的氨基酸进行氨酰化的酶的一个亚类。

引入年份：2005年（1972年）

依赖ATP的细胞酶，通过在磷酸和脱氧核糖部分之间形成核苷酸间酯键来催化DNA复制、修复和重组。脊椎动物细胞编码三种特征明确的DNA连接酶、DNA连接酶I、III和IV，它们在结构和序列上都是相关的。DNA连接酶需要ATP或NAD。然而，古细菌、病毒和一些真细菌DNA连接酶依赖于ATP。

引入年份：2018（1986）

连接酶类通过羧酸基团和胺基团之间形成碳氮键来催化相邻氨基酸的连接。

引入年份：1998（1973）