IgBlast工具
美国国旗

美国政府的官方网站

访问密钥 NCBI主页 MyNCBI主页 主要内容 主导航
介绍 参考 常见问题解答 独立IgBLAST Ig生殖系基因 其他资源

输入查询序列
帮助

序列可以是原始序列、登录号或gi的形式（例如登录Y14934）。你可以选择根据FASTA格式，在顶部包含以“>”开头的定义行。您还可以加载包含在本地文件中的序列（确保它是纯文本文件）。如果序列已经在GenBank中，您可以只输入它的accession或gi#。

可以提交多个查询序列。每个序列必须有唯一的标识符，我们建议不要在标识符中使用空格，因为空格后面的任何字符都将被排除。


种系基因数据库
帮助
指定查询序列来自的有机体。这允许程序正确报告V域描述、V-J帧状态（即帧内、帧外等）和查询核苷酸序列的翻译。
♦生殖系V基因数据库非默认值 帮助

所有IMGT生殖系数据库均来自IMGT/V-QUEST参考目录集.有几个不同类别的序列，包括功能基因（F），开放阅读框基因（ORF），蛋白质翻译框完整的假基因（框内P）以及位于正常免疫球蛋白或T细胞受体基因位点之外的orphon基因。

AIRR-C V基因来自AIRR社区.

NCBI人类V基因：该数据库包括“IMGT人类V基因（F+ORF+in-frame P），包括orphons”数据库和IMGT数据库中没有包含的一些假基因。它包含与前一版本IgBLAST的“Ig生殖系V基因”数据库相同的人类序列。

NCBI人类V基因（旧）：这是在从IMGT数据库中添加人类生殖系序列之前，我们最早版本的人类Ig生殖系V基因数据库。它与以前版本的IgBLAST的“Ig生殖系V基因（旧）”数据库相同。

AIRR-C V基因来自AIRR社区.

NCBI小鼠V基因、NCBI鼠D基因和NCBI老鼠J基因：这些是NCBI独立收集的小鼠生殖系序列。

恒河猴种系V、D、J基因是猕猴种系序列收集自KIMDB公司.

请参见NCBI生殖系基因有关NCBI生殖系基因收集的详细信息。

自定义：您可以搜索自己的数据库。您的数据库应该包含FASTA格式的序列。

♦种系D基因数据库非默认值
♦种系J基因数据库非默认值
♦种系C基因数据库非默认值 帮助

C基因匹配是为了重排Ig序列，这意味着您的Ig序列需要在C区域之前有V（D）J部分。

NCBI人类C基因数据库：

这是NCBI参考基因组上注释的恒定区基因。由于这仅来自参考基因组，因此不包括其他等位基因。注意，为了与IMGT的参考C基因序列一致，在C基因序列的开头添加了一个额外的碱基（来自J基因末端），以保持C基因第一密码子的完整性，因此，IgBLAST结果通常显示J和C基因之间存在一个碱基重叠。

搜索参数
♦程序非默认值 帮助
蛋白质序列选择blastp，核苷酸序列选择blackn。
♦V基因失配惩罚非默认值 帮助
较高的失配惩罚（例如-3）有利于检测与查询序列具有较高相似性的V基因匹配，但这种匹配区域不一定长。另一方面，较低的失配惩罚（例如-1）有利于检测与查询序列不一定具有高相似性的较长V基因匹配。一般来说，如果序列中很少或没有体细胞突变，则惩罚越高效果越好。但是如果你的序列有显著的突变（>5%），那么如果你想适应突变带来的低相似性，那么应该选择较低的惩罚。

♦Min D基因核苷酸匹配非默认值 帮助
这控制了D基因检测的阈值。您可以设置所需的最小连续核苷酸匹配数根据您自己的标准，在查询序列和D基因之间进行匹配。请注意，匹配不包括V-D或D-J连接处的重叠匹配。默认值为5个核苷酸。
♦D基因失配惩罚非默认值 帮助
较高的失配惩罚（例如-4）有利于检测与查询序列具有较高相似性的D基因匹配但是这样的匹配区域不一定是长的。另一方面，较低的失配惩罚（例如-1）有利于检测与查询序列不一定具有高度相似性的较长D基因匹配。一般来说，如果你的序列很少或没有体细胞突变，那么惩罚越高效果越好。但是如果你的序列有意义突变（＞5%），那么如果你想适应突变引入的低相似性，就应该选择较低的惩罚。
♦5'端对齐非默认值 帮助

如果您的序列与V基因5'末端的生殖系序列有太多差异（由于突变或其他原因），那么IgBLAST结果可能不会显示V基因的部分，因为IgBLAS使用局部对齐算法。然而，如果您想查看那些缺失的碱基/残基，您可以启用此选项来引导IgBLAST向该区域执行简单的无间隙对齐扩展（最多30个碱基/残留物）。请注意，此扩展不是BLAST对齐，不应用于推断查询和主题序列之间的任何同源性。这只是为了方便在生殖系序列的上下文中显示缺失的部分。如果希望看到真正的BLAST对齐以尽可能覆盖序列，请确保选择最低的不匹配惩罚（即-1）。

♦在3'末端延伸对齐非默认值 帮助

这与“在5'端延伸对齐”相同，只是它将J基因3'端的对齐延伸到了15个基点。

♦允许V（D）J基因重叠 帮助

启用此选项允许V（D）J基因在重新排列的接合处重叠（即，V（D。默认情况下，当分配V、D、J基因匹配时，程序不允许V、D和J基因重叠。虽然在某些情况下，此选项可能会更改D基因匹配的结果，但它对V基因匹配结果（以及相关匹配统计数据）没有影响。它对J基因匹配的影响很小，仅在极少数情况下发生。注意，只有当D和J基因失配惩罚分别设置为-4和-3时，此选项才有效。

♦最小所需V基因长度非默认值 帮助

仅当查询序列与生殖系V基因至少匹配指定的最小长度（即碱基或氨基酸的数量）时才显示结果。否则，会报告“未找到点击”。

♦最小所需J基因长度非默认值 帮助

仅当查询序列与生殖系J基因至少匹配指定的最小长度（即碱基数）时才显示结果。否则，报告“未找到命中数”。

♦J基因失配惩罚非默认值 帮助
较高的失配惩罚（例如-3）有利于检测与查询序列具有较高相似性的J基因匹配但是这样的匹配区域不一定是长的。另一方面，较低的失配惩罚（例如-1）有利于检测与查询序列不一定具有高相似性的较长匹配。一般来说，如果序列中很少或没有体细胞突变，则惩罚越高效果越好。但是如果你的序列有意义突变（>5%），如果你想适应突变带来的低相似性，那么应该选择较低的惩罚。
注：与默认值不同的参数值以黄色突出显示，并用标记♦
格式选项
♦种系V基因数非默认值 ♦种系D基因数非默认值 ♦种系J基因数非默认值 ♦种系C基因数非默认值
♦氨基酸翻译非默认值 帮助
这将转换您的查询以及顶部生殖系序列，并将氨基酸与密码子的第二个碱基对齐。种系序列中不匹配的氨基酸将被着色。
♦V域划分系统非默认值 帮助
可以使用IMGT系统描绘V域（Lefranc等人2003年）或Kabat系统（Kabat等人，1991年，《免疫相关蛋白质序列》，美国国立卫生研究院第91-3242号出版物，第5版，美国卫生与公共服务部，马里兰州贝塞斯达）。查询序列的域注释基于预先注释的域信息，以获得最佳匹配的芽线命中。
♦要显示非默认值的克隆类型数 帮助

要显示的顶级克隆型的数量。请注意，此选项仅适用于多个查询。

♦对齐格式非默认值 帮助
AIRR重排表：
这是一种选项卡分隔格式AIRR社区已开发用于描述Ig/TCR序列。本质上，这种格式包括一个标题行，指示字段名称，并且每个后续行包含每个查询序列的选项卡分隔字段。所有序列位置现在都是基于1的（以前的AIRR规范使用基于0的开始和基于1的结束序列坐标系。但从2018年11月27日开始，所有序列位置都根据新的AIRR-规范更改为基于1的坐标系）。
其他数据库
♦其他数据库非默认值 帮助
编号：GenBank+EMBL+DDBJ+PDB+RefSeq序列，但不包括EST、STS、GSS、WGS、TSA、专利序列以及0、1和2期HTGS序列。

refseq_genomes:NCBI refseq基因组序列。

pdb：来自蛋白质数据库（pdb）的序列。

专利：源自GenBank专利部门的核苷酸序列。

哺乳动物基因组：NCBI哺乳动物基因组。

输入生物体通用名、二项式或税号。只显示20个顶级分类群。 帮助

开始在文本框中键入，然后选择您的出租车。搜索将限于数据库中与有限子集对应的序列。

♦仅搜索V基因非默认值 帮助

这允许用户在额外的非种系数据库中找到查询序列中V基因的最佳匹配（即nr、基因组等）。该选项对种系基因数据库的搜索没有影响（见下文解释）。

典型的重排查询序列包括一个先导、V、D、J基因（有时还包括C区域）。当提交一个序列进行blast搜索时，将对整个查询序列执行相似性匹配。与只包含V基因序列的生殖系V基因数据库不同，其他数据库（如nr）包含许多重新排列的序列还包括一个先导基因，即V、D、J和C基因。因此，这些数据库不一定与查询V基因最匹配；相反，它有整个查询序列的最佳匹配（例如，它可能与查询序列中的先导、D、J或C基因，但仅与V基因低匹配）。如果目标是试图找到与查询序列的最佳总体匹配，则这不是问题。然而，如果目标是找到与查询序列的V基因的最佳匹配，则需要从查询序列中手动分离V基因部分，然后使用它进行搜索。

启用此选项后，查询序列中的V基因部分将自动隔离（基于与生殖系V基因数据库中的点击数的比较），然后用于搜索其他数据库，如nr。但是，如果搜索目的是查找最佳点击，则应禁用此选项基于整体匹配。

♦路线数非默认值
♦应为非默认值 帮助
这是报告与数据库序列匹配的统计显著性阈值。较低的EXPECT阈值更严格，只报告高相似性匹配。如果预期查询序列和目标之间的标识较低，请选择较高的EXPECT值（例如1或更多）。请注意，此选项仅用于额外的数据库搜索（它对生殖系基因数据库搜索没有影响）。