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Tulp4型TUB样蛋白4[小家鼠（家鼠）]

基因ID:68842，更新日期2024年5月9日

总结

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官方符号
塔尔4由提供管理信息
官方全名
TUB样蛋白4由提供管理信息
主要来源
MGI:MGI:1916092
参见相关内容
乐团：ENSMUSG00000034377 联盟基因组：MGI:1916092
基因类型
蛋白质编码
RefSeq状态
已验证
有机体
小家鼠
血统
真核生物；后生动物；脊索动物；克兰亚塔；脊椎动物；真造口术；哺乳动物；Eutheria；尤阿古托格利尔斯；闪光；啮齿动物；肌形态；鼠形目；鼠科；穆里奈；穆斯；穆斯
也称为
塔斯普；1110057P05Rik；2210038L17瑞克
总结
预计位于细胞质中。以门牙表示；肠平滑肌环层；神经系统；感觉器官；还有触须。与人TULP4（TUB样蛋白4）同源。【由基因组资源联盟提供，2022年4月】
表达式
在全脑E14.5（RPKM 27.4）、CNS E14（RPKM24.0）和25个其他组织中普遍表达查看更多
直系同源
人类 全部的
新的
尝试新的基因表
尝试新的成绩单

基因组背景

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请参阅中的Tulp4基因组数据查看器
位置：
17 A1；17 3.72厘米
外显子计数：
20
注释发布 状态 装配 Chr公司 位置
RS_2024_02号 现在的 GRCm39型(GCF_000001635.27号) 17 NC_000083.7（6156528..6290912）
108.20200622 上一个程序集 GRCm38.p6型(GCF_000001635.26号) 17 NC_000083.6（6106253..6240637）

17号染色体-NC_000083.7描述邻近基因的基因组背景 Neighboring gene synaptojanin 2 Neighboring gene STARR-seq mESC enhancer starr_41712 Neighboring gene serine active site containing 1 Neighboring gene STARR-positive B cell enhancer ABC_E9051 Neighboring gene STARR-positive B cell enhancer ABC_E8652 Neighboring gene general transcription factor IIH, polypeptide 5 Neighboring gene STARR-seq mESC enhancer starr_41713 Neighboring gene fibrillarin, pseudogene 2 Neighboring gene ferritin light chain 1 pseudogene Neighboring gene STARR-seq mESC enhancer starr_41714 Neighboring gene fibrillarin pseudogene Neighboring gene protein phosphatase 1, regulatory (inhibitor) subunit 2, pseudogene 6 Neighboring gene STARR-seq mESC enhancer starr_41716 Neighboring gene transmembrane protein 181A Neighboring gene dynein light chain Tctex-type 1A

基因组区域、转录物和产物

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表达式

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  • 项目名称：小鼠ENCODE转录组数据
  • 描述：鼠标ENCODE项目生成的RNA分析数据集。
  • 生物项目：PRJNA66167型
  • 出版物：PMID 25409824
  • 分析日期：无

参考文献

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PubMed中的相关文章

  1. Circ-Tulp4通过调节soat1的表达促进β细胞对脂肪毒性的适应。 吴力，等《分子内分泌杂志》，2020年11月，PMID 33064661，免费PMC文章
  2. 实验和计算方法产生了小鼠t单倍型不育因子tcs1所在区域的高分辨率1-Mb物理图。 平面图A，等《哺乳动物基因组》，2001年8月，PMID 11471064
  3. 小鼠和人类TUSP基因的分子克隆和特征分析，TUSP基因是tubby超家族的一个新成员。 李启智，等《基因》，2001年8月8日。PMID 11595174
  4. 发育中小鼠肠道内环平滑肌的转录组：刺猬靶基因cJun调控内脏平滑肌基因的证据。 Gurdziel K，等Dev Dyn，2016年5月。PMID 26930384，免费PMC文章
  5. 小鼠胰岛特异性多功能cDNA文库的构建及其在微阵列中的应用。 西村M，等DNA研究，2004年10月31日。PMID 15747579

查看PubMed中的所有（23）条引文

GeneRIFs：功能的基因引用

什么是GeneRIF？
  1. Tulp4缺乏对小鼠胚胎发育和成年表型的影响。
    标题：Tulp4缺乏对小鼠胚胎发育和成年表型的影响。
  2. Circ-Tulp4通过调节soat1的表达促进β细胞对脂肪毒性的适应。
    标题：Circ-Tulp4通过调节soat1表达促进β细胞对脂肪毒性的适应。
提交： 新GenerRIF 更正

变更

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等位基因

这类等位基因在《小鼠基因组信息学》上有记载（MGI）
  • 核酸内切酶介导（1）
  • 目标（1）

互动

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产品 交互作用剂 其他基因 复杂 来源 酒吧 描述

一般基因信息

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标记

同源性

基因本体论 由MGI提供

组件 证据代码 酒吧
位于细胞质中 国际标准化组织
从序列正畸学推断
更多信息
 公共医学 

一般蛋白质信息

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首选名称
管状相关蛋白4
姓名
管状蛋白4
tubby超家族蛋白
tubby超家族蛋白

NCBI参考序列（参考序列）

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新的 尝试新的成绩单

独立于注释维护的参考序列基因组

这些参考序列独立于基因组构建而存在。解释

这些参考序列独立于基因组进行筛选注释循环，因此其版本可能与当前的RefSeq版本不匹配基因组构建。通过比较中RefSeq的版本来确定版本不匹配本节至中报告的那一节基因组区域，成绩单和产品以上。

mRNA和蛋白质

  1. NM_001103181.1号→NP_001096651.1号tubby相关蛋白4亚型b

    参见NP_001096651.1的相同蛋白质及其注释位置

    状态：已验证

    描述
    转录变体：与变体1相比，该变体（2）有一个替代的5'末端外显子，导致下游翻译起始密码子。与亚型1相比，编码亚型（2）具有较短的N末端。
    源序列
    AK004288、AK147643、BB641651、BP764413、BU510078、BY244468、CJ071434、CN669880、CX219752
    共识CDS
    CCDS49934.1号文件
    UniProtKB/TrEMBL公司
    2013年3月
    相关的
    ENSMUSP00000123218.2号,ENSMUST00000149756.8号
    保守领域（3）总结
    PHA03247型
    位置：813→1118
    PHA03247；大表皮蛋白UL36；临时的
    pfam01167型
    位置：1277→1347
    浴缸；浴盆系列
    第02533条
    位置：180→215
    SOCS；SOCS（细胞因子信号抑制因子）框。SOCS盒位于CIS/SOCS家族蛋白的C末端区域（与SH2结构域结合）、ASBs（带有SOCS盒的锚蛋白重复序列蛋白）、SSBs（SPRY结构域蛋白。。。

  2. NM_054040.3号→NP_473381.1号tubby相关蛋白4亚型a

    参见NP_473381.1的相同蛋白质及其注释位置

    状态：已验证

    描述
    转录变体：该变体（1）编码较长的亚型（a）。
    源序列
    AF219945、AK004288、AK039439、AK173165、BP764413、BU510078、CN669880、CX219752
    共识CDS
    邮编：28370.1
    UniProtKB/Swiss-Prot公司
    B2RQP8,问题8CA75,Q922C2问题,Q9JIL5号机组
    相关的
    ENSMUSP00000049248.3,ENSMUST00000039655.3号
    保守领域（5）总结
    COG2319公司
    位置：67→217
    WD40；WD40 repeat[仅限通用功能预测]
    sd00039（美元）
    位置：85→123
    7WD40；WD40重复[结构图案]
    pfam01167型
    位置：1470→1540
    浴缸；浴盆系列
    pfam03154型
    位置：925→1334
    萎缩蛋白-1；萎缩蛋白-1家族
    第02533条
    位置：373→408
    SOCS；SOCS（细胞因子信号抑制因子）框。SOCS盒位于CIS/SOCS家族蛋白的C末端区域（与SH2结构域结合）、ASBs（带有SOCS盒的锚蛋白重复序列蛋白）、SSBs（SPRY结构域蛋白。。。

注释基因组的参考序列：GCF_000001635.27-RS_2024_02

以下部分包含属于特定的基因组构建。解释

参考GRCm39 C57BL/6J

基因组学

  1. NC_000083.7参考GRCm39 C57BL/6J

    范围
    6156528..6290912
    下载
    GenBank（基因银行）,美国金融服务贸易协会,序列查看器（图形）

mRNA和蛋白质

  1. XM_030250031.1号→XP_030105891.1号tubby相关蛋白4亚型X1

    保守领域（5）总结
    COG2319公司
    位置：67→217
    WD40；WD40 repeat[仅限通用功能预测]
    sd00039（美元）
    位置：85→123
    7WD40；WD40重复[结构图案]
    pfam01167型
    位置：1513→1583
    浴缸；浴盆系列
    pfam03154型
    位置：968→1377
    萎缩蛋白-1；萎缩蛋白-1家族
    第02533条
    位置：373→408
    SOCS；SOCS（细胞因子信号抑制因子）框。SOCS盒位于CIS/SOCS家族蛋白的C末端区域（与SH2结构域结合）、ASBs（带有SOCS盒的锚蛋白重复序列蛋白）、SSBs（SPRY结构域蛋白。。。

  2. 圣诞节_030250033.1→XP_030105893.1号管状相关蛋白4亚型X2

    UniProtKB/Swiss-Prot公司
    B2RQP8,问题8CA75,Q922C2问题,Q9JIL5号机组
    保守领域（5）总结
    COG2319公司
    位置：67→217
    WD40；WD40 repeat[仅限通用功能预测]
    sd00039（美元）
    位置：85→123
    7WD40；WD40重复[结构图案]
    pfam01167型
    位置：1470→1540
    浴缸；浴盆系列
    pfam03154型
    位置：925→1334
    萎缩蛋白-1；萎缩蛋白-1家族
    第02533条
    位置：373→408
    SOCS；SOCS（细胞因子信号抑制因子）框。SOCS盒位于CIS/SOCS家族蛋白的C末端区域（与SH2结构域结合）、ASBs（带有SOCS盒的锚蛋白重复序列蛋白）、SSBs（SPRY结构域蛋白。。。

  3. XM_030250034.1号→XP_030105894.1号管状相关蛋白4亚型X4

    保守领域（3）总结
    PHA03247型
    位置：856→1161
    PHA03247；大表皮蛋白UL36；临时的
    pfam01167型
    位置：1320→1390
    浴缸；浴盆系列
    第02533条
    位置：180→215
    SOCS；SOCS（细胞因子信号抑制因子）框。SOCS盒位于CIS/SOCS家族蛋白的C末端区域（与SH2结构域结合）、ASBs（带有SOCS盒的锚蛋白重复序列蛋白）、SSBs（SPRY结构域蛋白。。。

  4. 圣诞节_030250035.1→XP_030105895.1号tubby相关蛋白4亚型X5

    UniProtKB/TrEMBL公司
    2013年3月
    保守领域（3）总结
    PHA03247型
    位置：813→1118
    PHA03247；大表皮蛋白UL36；临时的
    pfam01167型
    位置：1277→1347
    浴缸；浴盆系列
    第02533条
    位置：180→215
    SOCS；SOCS（细胞因子信号抑制因子）框。SOCS盒位于CIS/SOCS家族蛋白的C末端区域（与SH2结构域结合）、ASBs（带有SOCS盒的锚蛋白重复序列蛋白）、SSBs（SPRY结构域蛋白。。。

  5. XM_006523248.4号→XP_006523311.1号管状相关蛋白4亚型X1

    参见XP_006523311.1的相同蛋白质及其注释位置

    保守领域（5）总结
    COG2319公司
    位置：67→217
    WD40；WD40重复[仅限一般功能预测]
    sd00039（美元）
    位置：85→123
    7WD40；WD40重复[结构基序]
    pfam01167型
    位置：1513→1583
    浴缸；浴盆系列
    pfam03154型
    位置：968→1377
    萎缩蛋白-1；萎缩蛋白-1家族
    第02533条
    位置：373→408
    SOCS；SOCS（细胞因子信号抑制因子）框。SOCS盒位于CIS/SOCS家族蛋白的C末端区域（与SH2结构域结合）、ASBs（带有SOCS盒的锚蛋白重复序列蛋白）、SSBs（SPRY结构域蛋白。。。

  6. XM_030250032.1号→XP_030105892.1号管状相关蛋白4亚型X2

    UniProtKB/Swiss-Prot公司
    B2RQP8,问题8CA75,Q922C2问题,Q9JIL5号机组
    保守领域（5）总结
    COG2319公司
    位置：67→217
    WD40；WD40 repeat[仅限通用功能预测]
    sd00039（美元）
    位置：85→123
    7WD40；WD40重复[结构图案]
    pfam01167型
    位置：1470→1540
    浴缸；浴盆系列
    pfam03154型
    位置：925→1334
    萎缩蛋白-1；Atrophin-1家族
    第02533条
    位置：373→408
    SOCS；SOCS（细胞因子信号抑制因子）框。SOCS盒位于CIS/SOCS家族蛋白的C末端区域（与SH2结构域结合）、ASBs（带有SOCS盒的锚蛋白重复序列蛋白）、SSBs（SPRY结构域蛋白。。。

  7. XM_036160775.1号→XP_036016668.1型管状相关蛋白4亚型X3

    保守领域（5）总结
    PHA03247型
    位置：995→1326
    PHA03247；大表皮蛋白UL36；临时的
    sd00039（美元）
    位置：86→121
    7WD40；WD40重复[结构图案]
    pfam01167型
    位置：1459→1529
    浴缸；浴盆系列
    第02533条
    位置：319→354
    SOCS；SOCS（细胞因子信号抑制因子）框。SOCS盒存在于CIS/SOCS家族蛋白（与SH2结构域结合）、ASBs（含有带SOCS盒的锚蛋白重复序列的蛋白）、SSBs（含有SPRY结构域的蛋白。。。
    第29593条
    位置：78→164
    WD40；WD40结构域，存在于许多真核蛋白中，涵盖了多种功能，包括信号转导、前信使核糖核酸处理和细胞骨架组装中的衔接子/调节模块；通常包含来自…的GH二肽11-24残基。。。

  8. XM_006523252.4号→XP_006523315.1型管状相关蛋白4亚型X4

    保守领域（3）总结
    PHA03247型
    位置：856→1161
    PHA03247；大表皮蛋白UL36；临时的
    pfam01167型
    位置：1320→1390
    浴缸；浴盆系列
    第02533条
    位置：180→215
    SOCS；SOCS（细胞因子信号抑制因子）框。SOCS盒位于CIS/SOCS家族蛋白的C末端区域（与SH2结构域结合）、ASBs（带有SOCS盒的锚蛋白重复序列蛋白）、SSBs（SPRY结构域蛋白。。。

  9. XM_030250028.2号→XP_030105888.1号管状相关蛋白4亚型X1

    保守领域（5）总结
    COG2319公司
    位置：67→217
    WD40；WD40 repeat[仅限通用功能预测]
    sd00039（美元）
    位置：85→123
    7WD40；WD40重复[结构图案]
    pfam01167型
    位置：1513→1583
    浴缸；浴盆系列
    pfam03154型
    位置：968→1377
    萎缩蛋白-1；萎缩蛋白-1家族
    第02533条
    位置：373→408
    SOCS；SOCS（细胞因子信号抑制因子）框。SOCS盒存在于CIS/SOCS家族蛋白（与SH2结构域结合）、ASBs（含有带SOCS盒的锚蛋白重复序列的蛋白）、SSBs（含有SPRY结构域的蛋白。。。

  10. XM_030250030.2号→XP_030105890.1型管状相关蛋白4亚型X1

    保守领域（5）总结
    COG2319公司
    位置：67→217
    WD40；WD40 repeat[仅限通用功能预测]
    sd00039（美元）
    位置：85→123
    7WD40；WD40重复[结构图案]
    pfam01167型
    位置：1513→1583
    浴缸；浴盆系列
    pfam03154型
    位置：968→1377
    萎缩蛋白-1；萎缩蛋白-1家族
    第02533条
    位置：373→408
    SOCS；SOCS（细胞因子信号抑制因子）框。SOCS盒位于CIS/SOCS家族蛋白的C末端区域（与SH2结构域结合）、ASBs（带有SOCS盒的锚蛋白重复序列蛋白）、SSBs（SPRY结构域蛋白。。。

  11. 圣诞节_030250029.2→XP_030105889.1号管状相关蛋白4亚型X1

    保守领域（5）总结
    COG2319公司
    位置：67→217
    WD40；WD40 repeat[仅限通用功能预测]
    sd00039（美元）
    位置：85→123
    7WD40；WD40重复[结构图案]
    pfam01167型
    位置：1513→1583
    浴缸；浴盆系列
    pfam03154型
    位置：968→1377
    萎缩蛋白-1；萎缩蛋白-1家族
    第02533条
    位置：373→408
    SOCS；SOCS（细胞因子信号抑制因子）框。SOCS盒位于CIS/SOCS家族蛋白的C末端区域（与SH2结构域结合）、ASBs（带有SOCS盒的锚蛋白重复序列蛋白）、SSBs（SPRY结构域蛋白。。。

  12. XM_006523249.5号→XP_006523312.1号管状相关蛋白4亚型X1

    参见XP_006523312.1的相同蛋白质及其注释位置

    保守领域（5）总结
    COG2319公司
    位置：67→217
    WD40；WD40 repeat[仅限通用功能预测]
    sd00039美元
    位置：85→123
    7WD40；WD40重复[结构图案]
    pfam01167型
    位置：1513→1583
    浴缸；浴盆系列
    pfam03154型
    位置：968→1377
    萎缩蛋白-1；萎缩蛋白-1家族
    第02533条
    位置：373→408
    SOCS；SOCS（细胞因子信号抑制因子）框。SOCS盒位于CIS/SOCS家族蛋白的C末端区域（与SH2结构域结合）、ASBs（带有SOCS盒的锚蛋白重复序列蛋白）、SSBs（SPRY结构域蛋白。。。

  13. XM_030250027.2号→XP_030105887.1号管状相关蛋白4亚型X1

    保守领域（5）总结
    COG2319公司
    位置：67→217
    WD40；WD40 repeat[仅限通用功能预测]
    sd00039（美元）
    位置：85→123
    7WD40；WD40重复[结构图案]
    pfam01167型
    位置：1513→1583
    浴缸；浴盆系列
    pfam03154型
    位置：968→1377
    萎缩蛋白-1；萎缩蛋白-1家族
    第02533条
    位置：373→408
    SOCS；SOCS（细胞因子信号抑制因子）框。SOCS盒位于CIS/SOCS家族蛋白的C末端区域（与SH2结构域结合）、ASBs（带有SOCS盒的锚蛋白重复序列蛋白）、SSBs（SPRY结构域蛋白。。。

  14. XM_006523251.5号→XP_006523314.1号管状相关蛋白4亚型X2

    参见XP_006523314.1的相同蛋白质及其注释位置

    UniProtKB/Swiss-Prot公司
    B2RQP8,问题8CA75,Q922C2问题,Q9JIL5号机组
    保守领域（5）总结
    COG2319公司
    位置：67→217
    WD40；WD40 repeat[仅限通用功能预测]
    sd00039（美元）
    位置：85→123
    7WD40；WD40重复[结构图案]
    pfam01167型
    位置：1470→1540
    浴缸；浴盆系列
    辉瑞03154
    位置：925→1334
    萎缩蛋白-1；萎缩蛋白-1家族
    第02533条
    位置：373→408
    SOCS；SOCS（细胞因子信号抑制因子）框。SOCS盒位于CIS/SOCS家族蛋白的C末端区域（与SH2结构域结合）、ASBs（带有SOCS盒的锚蛋白重复序列蛋白）、SSBs（SPRY结构域蛋白。。。

  15. XM_036160774.1号→XP_036016667.1型管状相关蛋白4亚型X3

    保守领域（5）总结
    PHA03247型
    位置：995→1326
    PHA03247；大表皮蛋白UL36；临时的
    sd00039（美元）
    位置：86→121
    7WD40；WD40重复[结构图案]
    pfam01167型
    位置：1459→1529
    浴缸；浴盆系列
    第02533条
    位置：319→354
    SOCS；SOCS（细胞因子信号抑制因子）框。SOCS盒位于CIS/SOCS家族蛋白的C末端区域（与SH2结构域结合）、ASBs（带有SOCS盒的锚蛋白重复序列蛋白）、SSBs（SPRY结构域蛋白。。。
    第29593条
    位置：78→164
    WD40；WD40结构域，存在于许多真核蛋白中，涵盖多种功能，包括信号转导、前mRNA处理和细胞骨架组装中的适配器/调节模块；通常包含来自…的GH二肽11-24残基。。。

抑制的参考序列

以下参考序列已被抑制。解释

  1. NM_001033529.1号：抑制的序列

    描述
    NM_001033529.1：此RefSeq被永久抑制，因为目前支持转录物，但不支持蛋白质。
核苷酸 蛋白质 应变
标题 访问和版本
蛋白质接入 链接
GenPept链接 UniProtKB链接
Q9JIL5.1问题 GenPept公司 UniProtKB/Swiss-Prot:Q9JIL5

基因链接输出

以下内容链接输出资源由外部提供者提供。这些提供者负责维护链接。

化学信息
分子生物学数据库
研究材料
工具
其他