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狭缝3SLIT和NTRK-like家族，成员3[小家鼠（家鼠）]

基因ID:386750，更新日期2024年4月28日

总结

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官方符号
狭缝3由提供管理信息
官方全名
SLIT和NTRK-like家族，成员3由提供管理信息
主要来源
MGI:MGI:2679447
参见相关内容
乐团：ENSMUSG00000048304 联盟基因组：MGI:2679447
基因类型
蛋白质编码
RefSeq状态
已验证
有机体
小家鼠
血统
真核生物；后生动物；脊索动物；克兰亚塔；脊椎动物；真造口术；哺乳动物；Eutheria；尤阿古托格利尔斯；闪光；啮齿动物；肌形态；鼠形目；鼠科；穆里奈；穆斯；穆斯
也称为
ST3型
总结
参与突触前组装的调节。作用于多个过程的上游或内部，包括GABA能突触传递；突触组装的正调控；和突触组织。位于GABA能突触和细胞表面。是突触后膜的组成部分。在消化系统中表达；膀胱；中枢神经系统；神经视网膜；和周围神经系统。与人类SLITRK3同源（SLIT和NTRK样家族成员3）。【由基因组资源联盟提供，2022年4月】
表达式
额叶成人（RPKM 4.8）、皮质成人（RPKM 4.0）和8个其他组织中的偏倚表达查看更多
直系同源
人类 全部的
新的
尝试新的基因表
尝试新的成绩单

基因组背景

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请参阅中的Slitrk3基因组数据查看器
位置：
3 E3；3 32.59立方厘米
外显子计数：
4
注释发布 状态 装配 Chr公司 位置
RS_2024_02号 现在的 GRCm39型(GCF_000001635.27号) 三 NC_000069.7（72954399..72965298，补码）
108.20200622 上一个程序集 GRCm38.p6型(GCF_000001635.26号) 三 NC_000069.6（73047066.73057953，补充）

染色体3-NC_000069.7描述邻近基因的基因组背景 Neighboring gene predicted gene, 22451 Neighboring gene STARR-seq mESC enhancer starr_07949 Neighboring gene STARR-seq mESC enhancer starr_07951 Neighboring gene STARR-seq mESC enhancer starr_07952 Neighboring gene STARR-seq mESC enhancer starr_07953 Neighboring gene sucrase isomaltase Neighboring gene predicted gene, 20754 Neighboring gene STARR-seq mESC enhancer starr_07954 Neighboring gene STARR-seq mESC enhancer starr_07955 Neighboring gene STARR-seq mESC enhancer starr_07956 Neighboring gene RIKEN cDNA 4930509J09 gene Neighboring gene STARR-seq mESC enhancer starr_07957 Neighboring gene STARR-seq mESC enhancer starr_07958 Neighboring gene STARR-seq mESC enhancer starr_07959 Neighboring gene STARR-seq mESC enhancer starr_07960 Neighboring gene STARR-seq mESC enhancer starr_07961 Neighboring gene butyrylcholinesterase

基因组区域、转录物和产物

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表达式

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  • 项目名称：小鼠ENCODE转录组数据
  • 描述：鼠标ENCODE项目生成的RNA分析数据集。
  • 生物项目：PRJNA66167型
  • 出版物：PMID 25409824
  • 分析日期：无

参考文献

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PubMed中的相关文章

  1. 通过Slitrk3-PTPδ跨突触相互作用选择性控制抑制性突触发育。 高桥H，等《Nat Neurosci》，2012年1月29日。PMID 22286174，免费PMC文章
  2. Slitrk家族成员在小鼠神经系统中的差异表达。 博宾F，等Dev Dyn，2009年12月，PMID 19924824
  3. 神经脂蛋白2和Slitrk3的分子解剖揭示了GABA能突触发育的基本框架。 李杰，等《神经元》，2017年11月15日。PMID 29107521，免费PMC文章
  4. 卵泡抑素调节哺乳动物负责低频听力的顶耳蜗的规格。 Koo HY、，等美国国家科学院院刊，2023年1月3日。PMID 36577057，免费PMC文章
  5. 人类SLITRK家族基因：正常大脑和脑肿瘤组织的基因组组织和表达谱。 阿鲁加J，等Gene，2003年10月2日。PMID 14557068号

查看PubMed中的所有（23）条引文

GeneRIFs：功能的基因引用

变更

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等位基因

这类等位基因在《小鼠基因组信息学》上有记载（MGI）

一般基因信息

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同源性

基因本体论 由MGI提供

功能 证据代码 酒吧
实现蛋白质结合 IPI公司
从物理相互作用推断
更多信息
 公共医学 
过程 证据代码 酒吧
参与轴突发生 国际律师协会
从祖先的生物学角度推断
更多信息
  
actits_upstream_of_or轴突发生内 国际开发协会
根据直接分析推断
更多信息
 公共医学 
acts_upstream_of-of或gephyrin簇内参与突触后密度组装 IGI公司
从遗传相互作用推断
更多信息
 公共医学 
acts_upstream_of-of或gephyrin簇内参与突触后密度组装 进口
根据突变表型推断
更多信息
 公共医学 
acts上游或神经递质门控离子通道内聚集 国际开发协会
根据直接分析推断
更多信息
 公共医学 
acts上游或神经递质门控离子通道内聚集 IGI公司
从遗传相互作用推断
更多信息
 公共医学 
acts上游或神经递质门控离子通道内聚集 进口
根据突变表型推断
更多信息
 公共医学 
参与突触组装的正调控 国际律师协会
从祖先的生物学角度推断
更多信息
  
acts_upstream_of_or内突触组装的正调控 国际开发协会
根据直接分析推断
更多信息
 公共医学 
acts_upstream_of_or突触后密度集合内 进口
根据突变表型推断
更多信息
 公共医学 
突触前组件的参与调节 国际开发协会
根据直接分析推断
更多信息
 公共医学 
突触前组件的参与调节 进口
根据突变表型推断
更多信息
 公共医学 
突触前组件的参与调节 国际标准化组织
从序列正畸学推断
更多信息
  
参与突触膜粘连 国际标准化组织
从序列正畸学推断
更多信息
  
acts_upstream_of_or_突触传递内，GABA能 国际开发协会
根据直接分析推断
更多信息
 公共医学 
acts_upstream_of_or_突触传递内，GABA能 IGI公司
从遗传相互作用推断
更多信息
 公共医学 
acts_upstream_of_or_突触传递内，GABA能 进口
根据突变表型推断
更多信息
 公共医学 
acts_upstream_of_or在终端按钮组织内 进口
根据突变表型推断
更多信息
 公共医学 
组件 证据代码 酒吧
GABA能突触中的活动 国际律师协会
从祖先的生物学角度推断
更多信息
  
GABA能突触中的活动 国际开发协会
根据直接分析推断
更多信息
 公共医学 
定位于GABA能突触 国际开发协会
根据直接分析推断
更多信息
 公共医学 
GABA能突触中的活动 进口
根据突变表型推断
更多信息
 公共医学 
GABA能突触中的活动 国际标准化组织
从序列正畸学推断
更多信息
  
位于单元格表面 国际开发协会
根据直接分析推断
更多信息
 公共医学 
定位膜 国际空间站
根据序列或结构相似性推断
更多信息
 公共医学 
突触后密度膜is_active 国际律师协会
从祖先的生物学角度推断
更多信息
  
突触后密度膜is_active 国际标准化组织
从序列正畸学推断
更多信息
  
突触后膜中的is_active 国际开发协会
根据直接分析推断
更多信息
 公共医学 
突触后膜中的is_active 进口
根据突变表型推断
更多信息
 公共医学 
突触后特化膜中的is_active 国际标准化组织
从序列正畸学推断
更多信息
  

一般蛋白质信息

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首选名称
SLIT和NTRK样蛋白3
姓名
slit和trk样基因3

NCBI参考序列（参考序列）

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新的 尝试新的成绩单

独立于注释维护的参考序列基因组

这些参考序列独立于基因组构建而存在。解释

这些参考序列独立于基因组进行筛选注释循环，因此其版本可能与当前的RefSeq版本不匹配基因组构建。通过比较中RefSeq的版本来确定版本不匹配本节至中报告的那一节基因组区域，成绩单和产品以上。

mRNA和蛋白质

  1. NM_001357851.1号→NP_001344780.1SLIT和NTRK样蛋白3前体

    状态：已验证

    源序列
    AC102396，AK139438
    共识CDS
    CCDS17410.1中
    UniProtKB/Swiss-Prot公司
    Q6NZM5型,问题810B9
    相关的
    ENSMUSP00000088561.5,ENSMUST00000059407.9
    保守领域（3）总结
    智能00082
    位置：563→598
    轻轨交通；富含亮氨酸的重复C-末端结构域
    sd00033（美元）
    位置：82→103
    LRR_RI；富含亮氨酸的重复序列[结构基序]
    pfam13855型
    位置：106→162
    LRR_8；富含亮氨酸重复序列

  2. NM_198864.3→NP_942564.2号SLIT和NTRK样蛋白3前体

    参见NP_942564.2的相同蛋白质及其注释位置

    状态：已验证

    源序列
    AC102396、AK139378、BC066059、BE945544
    共识CDS
    CCDS17410.1中
    UniProtKB/Swiss-Prot公司
    Q6NZM5型,问题810B9
    相关的
    ENSMUSP00000141236.2公司,恩斯穆斯特00000192477.2
    保守领域（3）总结
    智能00082
    位置：563→598
    轻轨交通；富含亮氨酸的重复C-末端结构域
    sd00033（美元）
    位置：82→103
    LRR_RI；富含亮氨酸的重复序列[结构基序]
    pfam13855型
    位置：106→162
    LRR_8；富含亮氨酸重复序列

注释基因组的参考序列：GCF_000001635.27-RS_2024_02

以下部分包含属于特定的基因组构建。解释

参考GRCm39 C57BL/6J

基因组学

  1. NC_000069.7参考GRCm39 C57BL/6J

    范围
    72954399..72965298补码
    下载
    GenBank（基因银行）,美国金融服务贸易协会,序列查看器（图形）

mRNA和蛋白质

  1. XM_006501638.3号→XP_006501701.1号SLIT和NTRK样蛋白3亚型X1

    参见XP_006501701.1的相同蛋白质及其注释位置

    UniProtKB/Swiss-Prot公司
    Q6NZM5型,问题810B9
    保守领域（3）总结
    智能00082
    位置：563→598
    轻轨交通；富含亮氨酸的重复C-末端结构域
    sd00033（美元）
    位置：82→103
    LRR_RI；富含亮氨酸的重复序列[结构基序]
    pfam13855型
    位置：106→162
    LRR_8；富含亮氨酸重复序列

  2. XM_006501641.3号→XP_006501704.1号SLIT和NTRK样蛋白3亚型X1

    参见XP_006501704.1的相同蛋白质及其注释位置

    UniProtKB/Swiss-Prot公司
    Q6NZM5型,问题810B9
    保守领域（3）总结
    智能00082
    位置：563→598
    轻轨交通；富含亮氨酸的重复C-末端结构域
    sd00033（美元）
    位置：82→103
    LRR_RI；富含亮氨酸的重复序列[结构基序]
    pfam13855型
    位置：106→162
    LRR_8；富含亮氨酸重复序列

  3. XM_006501640.3号→XP_006501703.1号SLIT和NTRK样蛋白3亚型X1

    参见XP_006501703.1的相同蛋白质及其注释位置

    UniProtKB/Swiss-Prot公司
    Q6NZM5型,问题810B9
    保守领域（3）总结
    智能00082
    位置：563→598
    轻轨交通；富含亮氨酸的重复C-末端结构域
    sd00033（美元）
    位置：82→103
    LRR_RI；富含亮氨酸的重复序列[结构基序]
    pfam13855型
    位置：106→162
    LRR_8；富含亮氨酸重复序列

  4. XM_006501639.3号→XP_006501702.1号SLIT和NTRK样蛋白3亚型X1

    参见XP_006501702.1的相同蛋白质及其注释位置

    UniProtKB/Swiss-Prot公司
    Q6NZM5型,问题810B9
    保守领域（3）总结
    智能00082
    位置：563→598
    轻轨交通；富含亮氨酸的重复C-末端结构域
    sd00033（美元）
    位置：82→103
    LRR_RI；富含亮氨酸的重复序列[结构基序]
    pfam13855型
    位置：106→162
    LRR_8；富含亮氨酸重复序列
核苷酸 蛋白质 应变
标题 访问和版本
蛋白质接入 链接
GenPept链接 UniProtKB链接
问题810B9.2 GenPept公司 UniProtKB/Swiss-Prot:Q810B9

基因链接输出

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