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HNRNPD公司异质核核糖核蛋白D[智人（人类）]

基因ID:3184，更新日期2024年5月5日

总结

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官方符号
HNRNPD公司由提供HGNC公司
官方全名
异质核核糖核蛋白D由提供HGNC公司
主要来源
HGNC:HGNC:5036
参见相关内容
乐团：ENSG00000138668 MIM:601324； 联盟基因组：HGNC:5036
基因类型
蛋白质编码
RefSeq状态
检验过的
有机体
智人
血统
真核生物；后生动物；脊索动物；克兰亚塔；脊椎动物；真造口术；哺乳动物；Eutheria；尤阿古托格利尔斯；灵长类；Haplorhini；卡塔里尼；人科；人类
也称为
第37页；AUF1；AUF1A；HNRPD；hnRNPD0
总结
该基因属于广泛表达的异质核核糖核蛋白（hnRNP）亚家族。hnRNP是核酸结合蛋白，与异质核RNA（hnRNA）复合。这些蛋白质与细胞核中的前mRNA相关，似乎影响前mRNA的处理以及mRNA代谢和转运的其他方面。虽然所有的hnRNP都存在于细胞核中，但有些似乎在细胞核和细胞质之间穿梭。hnRNP蛋白具有独特的核酸结合特性。该基因编码的蛋白质具有两个与RNA结合的准-RRM结构域重复序列。它定位于细胞核和细胞质。该蛋白与mRNA稳定性的调节有关。该基因的选择性剪接导致四种转录变体。[由RefSeq提供，2008年7月]
表达式
在淋巴结（RPKM 80.4）、骨髓（RPKM72.5）和25个其他组织中普遍表达查看更多
直系同源
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基因组背景

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参见中的HNRNPD基因组数据查看器
位置：
第4季度21.22
外显子计数：
9
注释发布 状态 装配 Chr公司 位置
RS_2023_10号 现在的 GRCh38.p14型(GCF_000001405.40) 4 NC_000004.12（82352498..82373991，补码）
RS_2023_10号 现在的 T2T-CHM13v2.0版本(GCF_009914755.1号) 4 NC_060928.1（85681761..85703272，补码）
105.20220307 上一个程序集 GRCh37.p13型(GCF_000001405.25号) 4 NC_000004.11（83273651..83295144，补码）

染色体4-NC_000004.12描述邻近基因的基因组背景 Neighboring gene uncharacterized LOC105377308 Neighboring gene ATAC-STARR-seq lymphoblastoid silent region 15526 Neighboring gene ATAC-STARR-seq lymphoblastoid silent region 15527 Neighboring gene bridging integrator 2 pseudogene 1 Neighboring gene MPRA-validated peak5068 silencer Neighboring gene vesicle associated membrane protein 9, pseudogene Neighboring gene ATAC-STARR-seq lymphoblastoid active region 21658 Neighboring gene H3K4me1 hESC enhancer GRCh37_chr4:83287023-83287694 Neighboring gene ATAC-STARR-seq lymphoblastoid active region 21659 Neighboring gene ATAC-STARR-seq lymphoblastoid silent region 15528 Neighboring gene ATAC-STARR-seq lymphoblastoid active region 21660 Neighboring gene H3K27ac-H3K4me1 hESC enhancer GRCh37_chr4:83301399-83301972 Neighboring gene HNRNPD divergent transcript Neighboring gene IGBP1 pseudogene 4

基因组区域、转录物和产物

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表达式

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  • 项目名称：HPA RNA-seq正常组织
  • 描述：对代表27种不同组织的95名人类个体的组织样本进行RNA-seq，以确定所有蛋白编码基因的组织特异性
  • 生物项目：项目编号：4337
  • 出版物：项目管理标识号24309898
  • 分析日期：2018年4月4日星期三07:08:55

参考文献

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PubMed中的相关文章

  1. RNA-结合蛋白AUF1促进膜上的Akt磷酸化。 李ML，等生物化学杂志，2022年10月，PMID 36041631，免费PMC文章
  2. Hsa_Sirc_0000826通过靶向AUF1抑制结直肠癌的增殖。 张Z，等《基因基因组学杂志》，2023年3月，PMID 35940521
  3. 核糖体相关蛋白hnRNP D在吉西他滨耐药胰腺癌中的作用。 王C，等生物化学生物物理研究公社，2021年11月19日。PMID 34624736号
  4. AUF1在结直肠癌中的过度表达预示着预后不良，并通过激活ERK和AKT通路促进癌症进展。 田XY，等癌症医学，2020年11月PMID 33016643，免费PMC文章
  5. AUF1的选择性剪接亚型通过其YGG基序调节miRNA-mRNA相互作用。 Sänger L，等《RNA生物学》，2021年6月，PMID 32924750，免费PMC文章

查看PubMed中的所有（355）引文

GeneRIFs：功能的基因引用

什么是GeneRIF？
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  7. Hsa_Circ_0000826通过靶向AUF1抑制结直肠癌的增殖。
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  8. PUMILIO与AUF1竞争以控制DICER1 RNA水平和miRNA处理。
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  9. lncRNA THOR与hnRNPD相互作用并稳定hnRNPD，以促进乳腺癌细胞增殖和转移。
    标题：lncRNA THOR与hnRNPD相互作用并稳定hnRNPD，以促进乳腺癌细胞增殖和转移。
  10. RNA-结合蛋白AUF1促进膜上的Akt磷酸化。
    标题：RNA-结合蛋白AUF1促进膜上的Akt磷酸化。
提交： 新GenerRIF 更正 查看所有GenerRIF（113）

表型

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在NIH基因检测注册中心（GTR）查找该基因的测试

使用PheGenI回顾该区域的eQTL和表型关联数据

变更

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参见ClinVar中的变量

参见dbVar中的研究和变体

参见变体查看器（GRCh37.p13）

参见变体查看器（GRCh38）

基因型

HIV-1相互作用

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蛋白质相互作用

蛋白质 基因 互动 酒吧
包膜表面糖蛋白gp120 环境价值 串联亲和纯化和质谱分析鉴定从HIV-1表达细胞分离的staufen1 RNP复合物中并入的异质核核糖核蛋白D（HNRNPD）、HIV-1 Gag、Gag/Pol、gp120和Nef 公共医学
包膜表面糖蛋白gp160前体 环境价值 hnRNP D的耗竭降低HIV-1环境病毒的合成 公共医学
Gag极 插科打诨 串联亲和纯化和质谱分析鉴定从HIV-1表达细胞分离的staufen1 RNP复合物中并入的异质核核糖核蛋白D（HNRNPD）、HIV-1 Gag、Gag/Pol、gp120和Nef 公共医学
奈夫 nef（奈夫） 串联亲和纯化和质谱分析鉴定从HIV-1表达细胞分离的staufen1 RNP复合物中并入的异质核核糖核蛋白D（HNRNPD）、HIV-1 Gag、Gag/Pol、gp120和Nef 公共医学
Pr55（间隙） 堵住 hnRNP D的缺失减少了HIV-1未剪接和单剪接RNA的积累，并减少了HIV-1 Gag在细胞质中的合成 公共医学
堵住 hnRNP D亚型D p37和c p40的过度表达抑制HIV-1 Gag合成，而a p45和b p42亚型的过度表达增加HIV-1 Gag合成 公共医学
堵住 hnRNP D蛋白在HIV-1感染后重新定位到细胞质，并与HIV-1 Gag蛋白相关 公共医学
利润 转速 HIV-1 Rev相互作用蛋白，即异质核核糖核蛋白D（HNRNPD），通过体外结合实验（涉及HeLa细胞的胞浆或核提取物）进行鉴定。RRE增加了Rev与HNRNPD的相互作用 公共医学
Vpr（Vpr） 虚拟专用数据库 细胞培养中氨基酸的稳定同位素标记结合基于质谱的蛋白质组学确定HIV-1 Vpr在Vpr转导的巨噬细胞中下调异质核核糖核蛋白D（HNRNPD）的表达 公共医学

转到HIV-1人类交互数据库

PubChem的途径

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互动

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产品 交互作用剂 其他基因 复杂 来源 酒吧 描述

一般基因信息

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标记

同源性

基因本体论 GOA提供

功能 证据代码 酒吧
启用RNA结合 HDA公司 公共医学 
启用RNA结合 国际律师协会
从祖先的生物学角度推断
更多信息
  
启用RNA结合 国际开发协会
根据直接分析推断
更多信息
 公共医学 
启用RNA结合 北美
不可追踪的作者声明
更多信息
 公共医学 
启用染色质结合 国际能源署
从电子注释推断
更多信息
  
启用组蛋白去乙酰化酶结合 国际能源署
从电子注释推断
更多信息
  
使mRNA 3'-UTR AU-丰富区域结合 国际能源署
从电子注释推断
更多信息
  
使富含腺嘌呤-胸腺嘧啶的DNA结合形成小凹槽 国际能源署
从电子注释推断
更多信息
  
实现蛋白质结合 IPI公司
从物理相互作用推断
更多信息
 公共医学 
使端粒DNA结合 国际开发协会
根据直接分析推断
更多信息
 公共医学 
过程 证据代码 酒吧
involved_in 3'-UTR介导的mRNA失稳 国际能源署
从电子注释推断
更多信息
  
参与CRD介导的mRNA稳定 国际开发协会
根据直接分析推断
更多信息
 公共医学 
参与RNA分解代谢过程 TAS公司
可追溯作者声明
更多信息
 公共医学 
参与RNA加工 TAS公司
可追溯作者声明
更多信息
 公共医学 
参与细胞对氨基酸刺激的反应 国际能源署
从电子注释推断
更多信息
  
参与细胞对雌二醇刺激的反应 国际能源署
从电子注释推断
更多信息
  
涉及细胞对一氧化氮的反应 国际能源署
从电子注释推断
更多信息
  
参与细胞对腐胺的反应 国际能源署
从电子注释推断
更多信息
  
参与小脑发育 国际能源署
从电子注释推断
更多信息
  
翻译的昼夜节律调控 进口
根据突变表型推断
更多信息
 公共医学 
参与肝细胞脱分化 国际能源署
从电子注释推断
更多信息
  
参与肝脏发育 国际能源署
从电子注释推断
更多信息
  
参与基因表达的负调控 国际能源署
从电子注释推断
更多信息
  
参与核转录mRNA分解代谢过程的负调控，二烯基化依赖性衰变 国际开发协会
根据直接分析推断
更多信息
 公共医学 
参与DNA模板转录的正调控 北美
不可追踪的作者声明
更多信息
 公共医学 
参与细胞质翻译的正调控 国际开发协会
根据直接分析推断
更多信息
 公共医学 
参与端粒酶RNA逆转录酶活性的正调控 国际空间站
根据序列或结构相似性推断
更多信息
  
参与端粒帽盖的正调控 国际空间站
根据序列或结构相似性推断
更多信息
  
参与翻译的积极调节 进口
根据突变表型推断
更多信息
 公共医学 
参与DNA模板转录的调节 北美
不可追踪的作者声明
更多信息
 公共医学 
参与昼夜节律的调节 进口
根据突变表型推断
更多信息
 公共医学 
参与基因表达调控 国际律师协会
从祖先的生物学角度推断
更多信息
  
端粒维持的参与调控 国际空间站
根据序列或结构相似性推断
更多信息
  
钙离子参与反应 国际能源署
从电子注释推断
更多信息
  
参与对电刺激的反应 国际能源署
从电子注释推断
更多信息
  
参与雷帕霉素反应 国际能源署
从电子注释推断
更多信息
  
与磷酸钠反应有关 国际能源署
从电子注释推断
更多信息
  
组件 证据代码 酒吧
部分染色质 国际律师协会
从祖先的生物学角度推断
更多信息
  
定位于胞浆中 国际开发协会
根据直接分析推断
更多信息
 公共医学 
定位于胞浆中 TAS公司
可追溯作者声明
更多信息
  
谷氨酸能突触定位 国际能源署
从电子注释推断
更多信息
  
mCRD介导的mRNA稳定复合物的一部分 IPI公司
从物理相互作用推断
更多信息
 公共医学 
核质中的is_active_ 国际律师协会
从祖先的生物学角度推断
更多信息
  
核质定位 国际开发协会
根据直接分析推断
更多信息
  
核质定位 TAS公司
可追溯作者声明
更多信息
  
位于核内 北美
不可追踪的作者声明
更多信息
 公共医学 
定位突触后密度 国际能源署
从电子注释推断
更多信息
  
核糖核蛋白复合物的一部分 国际开发协会
根据直接分析推断
更多信息
 公共医学 

一般蛋白质信息

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首选名称
异质核核糖核蛋白D0
姓名
ARE-结合蛋白AUFI，A型
富含AU的RNA结合因子1
富含AU的元件RNA结合蛋白1，37kDa
hnRNP D0

NCBI参考序列（参考序列）

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新的 尝试新的成绩单

独立于注释维护的参考序列基因组

这些参考序列独立于基因组构建而存在。解释

这些参考序列独立于基因组进行筛选注释循环，因此其版本可能与当前的RefSeq版本不匹配基因组构建。通过比较中RefSeq的版本来确定版本不匹配本节至中报告的那一节基因组区域，成绩单和产品以上。

基因组学

  1. NG_029103.1参考序列基因

    范围
    5006..26499
    下载
    GenBank（基因银行）,美国金融服务贸易协会,序列查看器（图形）

mRNA和蛋白质

  1. NM_001003810.2号→NP_001003810.1号异质核核糖核蛋白D0亚型d

    参见NP_001003810.1的相同蛋白质及其注释位置

    状态：已审阅

    描述
    转录变体：与变体1相比，该变体（4）缺少两个交替的帧内片段。由此产生的同种型（d），也被称为p37，比同种型a短。
    源序列
    AC124016、AF039575、BC023977、BF693760、BG180865、BG180941、BG325979、BM832779
    共识CDS
    CCDS93554.1号文件
    UniProtKB/TrEMBL公司
    B4DTC3型
    相关的
    ENSP0000422615.2标准,ENST00000503822.2
    保守领域（3）总结
    cd12583
    位置：164→238
    RRM2_hnRNPD；在异质核核糖核蛋白D0（hnRNP D0）和类似蛋白质中发现的RNA识别基序2（RRM2）
    pfam08143型
    位置：60→78
    CBFNT；CBFNT（NUC161）域
    cd12756
    位置：80→153
    RRM1_hnRNPD；在异质核核糖核蛋白D0（hnRNP D0）和类似蛋白质中发现的RNA识别基序1（RRM1）

  2. NM_002138.4号→NP_002129.2号异质核核糖核蛋白D0亚型c

    参见NP_002129.2的相同蛋白质及其注释位置

    状态：已审阅

    描述
    转录变体：与变体1相比，该变体（3）缺少交替的帧内片段。生成的亚型（c），也称为p40，比亚型a短。
    源序列
    AC124016、AF039575、BC023977、BF693760、BM825808
    共识CDS
    CCDS3590.1号
    UniProtKB/TrEMBL公司
    B4DTC3型
    相关的
    ENSP00000313327.6号文件,ENST00000353341.8号
    保守领域（3）总结
    cd12583
    位置：183→257
    RRM2_hnRNPD；在异质核核糖核蛋白D0（hnRNP D0）和类似蛋白质中发现的RNA识别基序2（RRM2）
    辉瑞08143
    位置：60→78
    CBFNT；CBFNT（NUC161）域
    cd12756
    位置：99→172
    RRM1_hnRNPD；在异质核核糖核蛋白D0（hnRNP D0）和类似蛋白质中发现的RNA识别基序1（RRM1）

  3. NM_031369.3号→NP_112737.1号机组异质核核糖核蛋白D0亚型b

    参见NP_112737.1的相同蛋白质及其注释位置

    状态：已审阅

    描述
    转录变体：与变体1相比，该变体（2）缺少交替的帧内片段。生成的亚型（b），也称为p42，比亚型a短。
    源序列
    AC124016、AF039575、BC002401、BC023977、BF693760、BG180865、BG180941、BG325979、BM832779
    共识CDS
    CCDS3591.1号
    UniProtKB/TrEMBL公司
    B4DTC3型
    相关的
    ENSP00000305860.6型,ENST00000352301.8标准
    保守领域（3）总结
    cd12583
    位置：164→238
    RRM2_hnRNPD；在异质核核糖核蛋白D0（hnRNP D0）和类似蛋白质中发现的RNA识别基序2（RRM2）
    pfam08143型
    位置：60→78
    CBFNT；CBFNT（NUC161）域
    cd12756
    位置：80→153
    RRM1_hnRNPD；在异质核核糖核蛋白D0（hnRNP D0）和类似蛋白质中发现的RNA识别基序1（RRM1）

  4. NM_031370.3号→NP_112738.1号机组异质核核糖核蛋白D0亚型a

    参见NP_112738.1的相同蛋白质及其注释位置

    状态：已审阅

    描述
    转录变体：该变体（1）编码最长的亚型（a），也称为p45。
    源序列
    AC124016、AF039575、BC002401、BC023977、BF693760、BG180865、BG180941、BM825808、BM832779
    共识CDS
    CCDS3592.1公司
    UniProtKB/Swiss-Prot公司
    A8K9J2型,P07029号,Q01858问题,问题14100,问题14101,第14102季度,问题14103,Q4W5A1问题,问题9UCE8,问题9UCE9
    UniProtKB/TrEMBL公司
    B4DTC3型
    相关的
    ENSP0000313199.7号文件,ENST00000313899.12号
    保守领域（3）总结
    cd12583
    位置：183→257
    RRM2_hnRNPD；在异质核核糖核蛋白D0（hnRNP D0）和类似蛋白质中发现的RNA识别基序2（RRM2）
    pfam08143型
    位置：60→78
    CBFNT；CBFNT（NUC161）域
    cd12756型
    位置：99→172
    RRM1_hnRNPD；在异质核核糖核蛋白D0（hnRNP D0）和类似蛋白质中发现的RNA识别基序1（RRM1）

注释基因组的参考序列：GCF_000001405.40-RS_2023_10

以下部分包含属于特定的基因组构建。解释

参考GRCh38.p14一次组件

基因组学

  1. NC_000004.12参考GRCh38.p14初级组件

    范围
    82352498..82373991补码
    下载
    GenBank（基因银行）,美国金融服务贸易协会,序列查看器（图形）

备选T2T-CHM13v2.0

基因组学

  1. NC_060928.1替代T2T-CHM13v2.0

    范围
    85681761..85703272补码
    下载
    GenBank（基因银行）,美国金融服务贸易协会,序列查看器（图形）
核苷酸 蛋白质
标题 访问和版本
蛋白质接入 链接
GenPept链接 UniProtKB链接
问题14103.1 GenPept公司 UniProtKB/Swiss-Prot:Q14103

基因链接输出

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