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校准1caldesmon 1号机组[小家鼠（家鼠）]

基因ID:109624，更新于2024年5月8日

总结

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官方符号
校准1由提供MGI公司
官方全名
caldesmon 1号机组由提供MGI公司
主要来源
MGI:MGI:88250
请参阅相关
乐团：ENSMUSG00000029761 联盟基因组：MGI:88250
基因类型
蛋白质编码
RefSeq状态
已验证
有机体
小家鼠
血统
真核生物；后生动物；脊索动物；克兰亚塔；脊椎动物；真造口术；哺乳动物；Eutheria；尤阿古托格利尔斯；闪光；啮齿动物；肌形态；鼠形目；鼠科；穆里奈；穆斯；穆斯
也称为
钙盐盐；4833423D12Rik；C920027I18Rik公司
总结
预计可启用肌动蛋白结合活性和肌球蛋白结合活性。预计参与肌动蛋白纤维束组装和血管生成。预计作用于平滑肌收缩的上游或调节范围内。位于肌动蛋白帽和膜中。在早期概念中表达；肠平滑肌环层；卵母细胞；和视网膜。与人类CALD1同源（caldesmon 1）。【由基因组资源联盟提供，2022年4月】
表达式
膀胱成体（RPKM 210.7）、胎盘成体（RP KM 27.0）和5种其他组织中的偏倚表达查看更多
直系同源
人类 全部的
新款
尝试新的基因表
尝试新的成绩单

基因组背景

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参见中的Cald1基因组数据查看器
地点：
6 B1；6 15.07立方厘米
外显子计数：
18
注释发布 状态 装配 氯代甲烷 位置
RS_2024_02号 现在的 GRC立方米39(GCF_000001635.27号) 6 NC_000072.7（34575433..34752404）
108.20200622 上一个程序集 GRCm38.p6型(GCF_000001635.26号) 6 NC_000072.6（34598495..34775469）

染色体6-NC_000072.7描述邻近基因的基因组背景 Neighboring gene predicted gene, 52898 Neighboring gene STARR-seq mESC enhancer starr_15540 Neighboring gene predicted gene, 32942 Neighboring gene STARR-seq mESC enhancer starr_15541 Neighboring gene predicted gene 13861 Neighboring gene STARR-seq mESC enhancer starr_15542 Neighboring gene predicted gene, 38787 Neighboring gene ribosomal protein L7A pseudogene Neighboring gene ATP/GTP binding protein-like 3 Neighboring gene predicted gene, 46957

基因组区域、转录物和产物

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表达式

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  • 项目名称：鼠标ENCODE转录组数据
  • 描述：鼠标ENCODE项目生成的RNA分析数据集。
  • 生物项目：PRJNA66167型
  • 出版物：邮编25409824
  • 分析日期：无

参考文献

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PubMed中的相关文章

  1. 小鼠Caldesmon消融导致脐疝并改变胎儿膀胱平滑肌的收缩力。 普茨S，等《Gen Physiol杂志》，2021年7月5日。PMID 34115104，免费PMC文章
  2. 钙粒单体COOH末端功能域中的氨基酸突变增加膀胱平滑肌中的力产生。 邓M，等《美国生理肾脏生理杂志》，2013年11月15日。PMID 23986516，免费PMC文章
  3. 平滑肌钙粒的消融影响动脉肌的松弛动力学。 郭华，等Pflugers Arch，2013年2月，PMID 23149489，免费PMC文章
  4. 小鼠平滑肌钙粒蛋白表达的特异性破坏。 郭华，等《生物化学与生物物理研究通讯》，2005年5月20日。PMID 15823561
  5. TGFβ1诱导的钙粒细胞表达介导上皮-间充质转化。 Nalluri山猫，等《细胞骨架》（Hoboken），2018年5月。PMID 29466836

查看PubMed中的所有（49）引文

GeneRIFs：功能的基因引用

什么是GeneRIF？
  1. 小鼠Caldesmon消融导致脐疝并改变胎儿膀胱平滑肌的收缩力。
    标题：小鼠Caldesmon消融导致脐疝并改变胎儿膀胱平滑肌的收缩力。
  2. TGF-beta1诱导的钙粒细胞表达介导上皮-间充质转化。
    标题：TGFβ1诱导的钙粒细胞表达介导上皮-间充质转化。
  3. Sox4沉默不仅降低了CaD蛋白的合成，还降低了C2C12细胞中成肌细胞的融合和小鼠胚胎肌肉中肌原纤维的形成。Sox4-silenced C2C12细胞中CaD的过度表达挽救了分化过程。
    标题：Sox4介导的钙粒单体表达促进骨骼肌成肌细胞分化。
  4. Caldesmon缺陷小鼠动脉肌肉的松弛速度比野生型组织慢。
    标题：平滑肌钙粒的消融影响动脉肌的松弛动力学。
  5. 肌动蛋白结合蛋白钙粒在小鼠和大鼠脾脏和淋巴结中的分布
    标题：肌动蛋白结合蛋白钙粒在脾脏和淋巴结中主要由平滑肌细胞、网状细胞和滤泡树突状细胞表达。
  6. 钙调素结合并稳定肌动蛋白丝，并以钙（Ca2+）/钙调蛋白（CaM）和/或磷酸化依赖的方式调节肌动蛋白-肌球蛋白相互作用。（复习）
    标题：钙离子相关肌动蛋白细胞骨架在细胞运动中的多样性。
  7. 本研究报告了一种新的分子机制（caldesmon）和结构基础（足小体/玫瑰花结），以显示p53如何发挥抗运动/侵袭/转移剂的作用。
    标题：p53通过上调钙粒单体抑制Src诱导的足小体和花环形成以及细胞侵袭性。
  8. K-cyclin的表达调节钙粒单体的活性，并通过此调节细胞中的微丝功能
    标题：卡波西肉瘤相关疱疹病毒-环素对微丝组织的调节。钙化单体的CDK6磷酸化。
提交： 新GenerRIF 更正

变化

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等位基因

这类等位基因在《小鼠基因组信息学》上有记载（MGI）

PubChem的途径

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互动

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产品 交互作用剂 其他基因 复杂 来源 酒吧 描述

一般基因信息

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标记

同源性

克隆名称

  • MGC30319型

基因本体论 由MGI提供

功能 证据代码 酒吧
启用actin绑定 国际律师协会
从祖先的生物学角度推断
更多信息
  
启用actin绑定 国际标准化组织
从序列正畸学推断
更多信息
  
启用actin绑定 TAS公司
可追溯作者声明
更多信息
 公共医学 
启用肌球蛋白结合 国际律师协会
从祖先的生物学角度推断
更多信息
  
过程 证据代码 酒吧
牵连肌动蛋白纤维束组件 国际律师协会
从祖先的生物学角度推断
更多信息
  
牵连肌动蛋白纤维束组件 国际标准化组织
从序列正畸学推断
更多信息
  
参与血管生成 国际律师协会
从祖先的生物学角度推断
更多信息
  
acts_upstream_of_or调节平滑肌收缩 TAS公司
可追溯作者声明
更多信息
 公共医学 
未参与转化生长因子β反应 进口
根据突变表型推断
更多信息
 公共医学 
组件 证据代码 酒吧
位于肌动蛋白帽中 国际开发协会
根据直接分析推断
更多信息
 公共医学 
肌动蛋白细胞骨架中的活性 国际律师协会
从祖先的生物学角度推断
更多信息
  
位于肌动蛋白细胞骨架中 国际标准化组织
从序列正畸学推断
更多信息
  
肌动蛋白丝定位 国际标准化组织
从序列正畸学推断
更多信息
  
在枝晶中定位 国际标准化组织
从序列正畸学推断
更多信息
  
位于树突棘内 国际标准化组织
从序列正畸学推断
更多信息
  
谷氨酸能突触激活 国际标准化组织
从序列正畸学推断
更多信息
  
定位膜 国际开发协会
根据直接分析推断
更多信息
 公共医学 
定位于神经元细胞体 国际标准化组织
从序列正畸学推断
更多信息
  
定位于质膜 国际标准化组织
从序列正畸学推断
更多信息
  
突触后活动 国际标准化组织
从序列正畸学推断
更多信息
  

一般蛋白质信息

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首选名称
加德斯蒙

NCBI参考序列（RefSeq）

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新款 尝试新的成绩单

独立于注释维护的参考序列基因组

这些参考序列独立于基因组构建而存在。解释

这些参考序列与基因组无关注释循环，因此它们的版本可能与当前的RefSeq版本不匹配基因组构建。通过比较中RefSeq的版本来确定版本不匹配本节至中报告的那一节基因组区域，成绩单和产品以上。

mRNA和蛋白质

  1. NM_001347100.1→NP_001334029.1号caldesmon亚型1

    状态：已验证

    描述
    转录变体：该变体（1）代表较长的转录，编码较长的亚型（1）。
    源序列
    AC102668、AC153627
    共识CDS
    邮编85029.1
    UniProtKB/TrEMBL公司
    E9Q0M9型，E9QA16标准
    相关的
    ENSMUSP00000110678.2公司，ENSMUST00000115026.8号
    保守领域（1）总结
    pfam02029型
    地点：53→523
    加利福尼亚州

  2. NM_145575.3→NP_663550.1号caldesmon亚型2

    参见NP_663550.1的相同蛋白质及其注释位置

    状态：已验证

    描述
    转录变体：与变体1相比，该变体（2）在5’UTR中不同，并且具有多个编码区域差异。这些差异导致下游AUG开始翻译，并导致与亚型1相比，具有较短N末端的亚型（2）。
    源序列
    AC153627、AK160593、BQ769983、BY308240、CX568419
    共识CDS
    CCDS39456.1中
    UniProtKB/TrEMBL公司
    D3Z6I7，问题8VCQ8
    相关的
    ENSMUSP00000110673.2公司，ENSMUST00000115021.8号
    保守领域（1）总结
    pfam02029型
    地点：255→517
    卡尔德斯蒙；加利福尼亚州

注释基因组的参考序列：GCF_000001635.27-RS_2024_02

以下部分包含属于特定基因组构建。解释

参考GRCm39 C57BL/6J

基因组学

  1. NC_000072.7参考GRCm39 C57BL/6J

    范围
    34575433..34752404
    下载
    GenBank（基因银行），美国金融服务贸易协会，序列查看器（图形）

mRNA和蛋白质

  1. XM_006505348.5号→XP_006505411.1型钙调素异型体X7

    参见XP_006505411.1的相同蛋白质及其注释位置

    UniProtKB/TrEMBL公司
    E9QA15标准
    相关的
    ENSMUSP00000110679.2，ENSMUST00000115027.8号
    保守领域（1）总结
    pfam02029型
    地点：363→759
    加利福尼亚州

  2. XM_006505352.4号→XP_006505415.1号钙调素异型体X5

    UniProtKB/TrEMBL公司
    E9Q0M9型
    保守领域（1）总结
    pfam02029型
    地点：53→523
    加利福尼亚州

  3. XM_036165745.1号→支出_036021638.1钙调素异型体X5

    UniProtKB/TrEMBL公司
    E9Q0M9型
    保守领域（1）总结
    pfam02029型
    地点：53→523
    加利福尼亚州

  4. XM_030255093.1号→XP_030110953.1型钙调素异型体X6

    UniProtKB/TrEMBL公司
    E9Q0M9型，E9QA16标准
    保守领域（1）总结
    pfam02029型
    地点：53→523
    加利福尼亚州

  5. XM_006505345.5号→费用_006505408.3caldesmon亚型X1

    UniProtKB/TrEMBL公司
    E9QA15标准
    保守领域（1）总结
    pfam02029型
    地点：434→830
    加利福尼亚州

  6. XM_006505346.4号→XP_006505409.3型钙调素亚型X2

    UniProtKB/TrEMBL公司
    E9QA15标准
    保守领域（1）总结
    pfam02029型
    地点：434→830
    加利福尼亚州

  7. XM_030255090.2号→XP_030110950.2号caldesmon亚型X3

    UniProtKB/TrEMBL公司
    E9QA15标准
    保守领域（1）总结
    pfam02029型
    地点：434→802
    加利福尼亚州

  8. XM_006505351.4号→XP_006505414.3号钙调素异型体X4

    UniProtKB/TrEMBL公司
    D3Z6I7
    保守领域（1）总结
    pfam02029型
    地点：124→594
    加利福尼亚州

核糖核酸

  1. XR_004942901.1美元RNA序列

  2. XR_004942902.1号RNA序列

  3. XR_004942906.1号RNA序列

  4. XR_004942907.1号RNA序列

  5. XR_004942903.1号RNA序列

  6. XR_004942899.1号RNA序列

  7. XR_004942898.1号RNA序列

  8. XR_004942900.1美元RNA序列

  9. XR_004942904.1号RNA序列

  10. XR_004942905.1号RNA序列

核苷酸 蛋白质 应变
标题 访问和版本

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