转录组Shotgun组装序列数据库
什么是转录组霰弹枪组件（TSA）数据库？
TSA（交通安全管理局）是来自EST和下一代测序技术等原始数据的计算组装转录序列的存档。从完整转录组读取的重叠序列通过计算方法组装成转录本，而不是通过克隆cDNA的传统克隆和测序。组件中使用的主要序列数据必须由同一提交人通过实验确定。TSA序列记录与GenBank记录不同，因为组件没有物理对应项。
TSA序列记录与其他GenBank/EMBL/DDBJ记录有何不同？
TSA序列的显示与其他国际核苷酸序列数据库协作（INSDC）记录类似，但包括以下内容：
- 每个定义行开头的标签“TSA:”。
- DBLINK（数据库链接）
- 关键词：TSA；转录组枪组件
- 装配数据
- 描述程序集的注释（如果来自多步骤流程）。
每个TSA项目都分配了一个稳定的4个字母的TSA加入前缀，该前缀不会随着项目的更新而改变。除了TSA加入前缀外，抄本标识符还具有与特定TSA项目更新相对应的版本号。最后，为每个单独的组件分配一个唯一的登录号，前缀为TSA登录前缀和版本号。例如，如果一个TSA项目的指定登录号是XXXX00000000，那么该项目的第一个成绩单版本将是XXXX010000000，该版本的第一个汇编将是XXXX1000001。（此ID的最后六位数字标识每个单独的组件）。重新组装项目时，新组件将作为TSA项目的02版本提交。新旧组件之间不应存在任何联系或关系，新组件将获得以XXXX02000001开头的新加入编号。发布02转录本时，01转录本被抑制。
TSA主记录的示例如下GAAA00000000。
核苷酸序列必须符合以下标准
- 提交的序列必须根据提交者实验确定的数据进行组合。
- 对载体污染进行筛查，并删除任何载体/链接器序列。这包括去除NextGen测序引物。
- 序列长度应大于200 bp。
- 不明确的基础不应超过总长度的10%或连续超过14n。
- 如果有足够的证据证明序列之间存在链接，则可能存在已知长度的序列间隙，并使用assembly_gap特征进行注释。请参阅TSA提交指南有关添加assemblygap功能的更多信息，请参阅。
- 间隙的长度不能未知。
要求
- 原始读取应提交给SRA公司在提交成绩单之前。TSA提交需要SRA运行登录（SRRXXXXXX）和相关的生物项目（PRJNAXXXXX）和生物样本（SAMNXXXXX）。
- 程序集数据结构化注释。此信息直接输入到提交门户对话框中。
- 如果进行了多步骤装配，则应在“备注”部分中提供装配过程的描述。
- 如果提供了注释，则产品名称应遵循国际蛋白质命名指南.
- 对于转录组数据的所有目标子集，应包括关键字“Targeted”和特征注释。请参见针对性与非针对性TSA研究了解更多信息。
- 注释必须具有生物有效性。
如何提交给TSA
所有TSA提交文件必须通过TSA提交提交门户。提交详细信息可在TSA提交指南.
如何更新现有TSA提交
请参见更新TSA记录.联系人gb-admin@ncbi.nlm.nih.gov还有其他问题。
如何搜索TSA序列
- 您可以使用以下术语搜索Entrez Nucleotide：tsa-master[prop]和“Genus Species”[orgn]
- 例如：tsa-master[prop]AND Nitella mirabilis[orgn]
- 公众意见可通过WGS/TSA浏览器.
- 序列可以从NCBI FTP GenBank站点.
不应提交给TSA
- 提交者未直接对序列进行排序的程序集。
- 基于克隆的程序集。这些文件应提交给GenBank。
- 多个有机体的单一组合。
- 转录组研究的子集，除非它是目标研究的一部分。请参阅TSA提交指南有关提交目标研究的更多信息。
