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ROS_Cfam_1.0型

生物体名称：
犬狼疮（犬）
具体名称：
品种：拉布拉多寻回犬
隔离：
SID07034号机组
性别：
男性的
生物样品：
SAMN14478636号
生物项目：
PRJNA615959型
提交人：
罗斯林研究所
日期：
2020/09/03
装配级别：
染色体
基因组表示：
满的
GenBank组件加入：
GCA_014441545.1（最新）
RefSeq程序集加入：
GCF_014441545.1（最新）
RefSeq组件和GenBank组件相同：
没有(隐藏详细信息)
  • 仅在GenBank中：染色体MT
  • 为RefSeq版本显示的数据
WGS项目：
JAAUVH01号机组
装配方法：
核能：FALCON-Unzip v.1.2.4；生物纳米解决方案v.3.3；燕尾型HiRise v.2.1.6-072ca03871cc；Racon诉1.3.2；PBJelly诉PBSuite 15.8.24；米托：Flye v.2.7b-b1526
预期最终版本：
对
基因组覆盖率：
56.5倍
测序技术：
PacBio Sequel；Illumina公司

身份证号码：8030911【UID】21981068[基因银行]23482308[参考序列]

请参见基因组的信息灰狼

病原体检测资源

这个有机体有29个集合

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历史（显示修订历史）

注释

拉布拉多集合中使用的DNA来自一只雄性拉布拉多猎犬。Novogene使用Pacific Biosciences（PacBio）Sequel仪器生成了DNA长读数。18个SMRT单元产生135个子读取（56.5倍估计原始覆盖率，N50...平均值=19332）。长阅读数据由英国爱丁堡大学罗斯林研究所处理。使用Falcon-unzip捕获1439个Contig中2.4 Gbp长的基因组（Contig N50为9Mbp）生成Contig水平组装。首先，通过使用Bionano Solve软件，利用诺丁汉大学Deep Seq分校Bionano-Saphyr仪器上产生的光学绘图数据，完成支架搭建。然后是基于邻近结扎法的支架。Hi-C库是使用鸽子尾巴的Hi-C库制备套件创建的。使用燕尾型HiRise管道对脚手架进行精炼。使用PacBio与Racon的长读数据进行错误纠正，然后使用由同一条狗生成的Illumina短读库与Pilon进行抛光。使用PBJelly和PacBio长读取数据集进行间隙填充。使用Flye汇编程序从过滤的MT特异性PacBio长读数据中汇编线粒体（MT）序列，并使用Pilon用Illumina短读数据进行纠错。资金来源：The Dogs Trust（Jeffrey Schoenebeck、Emily Clark和Alan Archibald获资深研究员奖）、BBSRC ISP1（BBS/E/D/10002070）和BBSRC Responsive Mode（BB/S02008X/Alan Archabald）。长阅读DNA测序：香港新基因短读DNA测序：Novogene，香港；爱丁堡基因组学（英国爱丁堡大学）光学制图：Deep Seq，英国诺丁汉大学近距离结扎支架：燕尾基因组学，美国加利福尼亚州斯科茨谷，邮编：95066序列组装和数据集成-英国爱丁堡大学罗斯林研究所和皇家（迪克）兽医学院 更多

全球统计数据

序列总长度2,396,858,295
总未映射长度2384195665
脚手架之间的间隙0
脚手架数量376
脚手架N5064,037,277
脚手架L5015
连续数951
康蒂格N5012,024,593
轮廓L5054
染色体和质粒总数40
组件序列数（WGS或克隆）376

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全局程序集定义

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装配单元名称
主要组件
装配单元：初级装配（GCF_014441875.1）
分子名称GenBank序列RefSeq序列未本地化
序列计数
染色体1CM025100.1型=NC_051805.1号0
染色体2CM025101.1型=NC_051806.1号0
染色体3CM025102.1型=NC_051807.1号0
染色体4CM025103.1型=NC_051808.1号0
染色体5CM025104.1型=NC_051809.1号0
染色体6厘米025105.1=NC_051810.1号0
7号染色体CM025106.1型=NC_051811.1号0
第8号染色体CM025107.1型=NC_051812.1号0
9号染色体CM025108.1号=NC_051813.1号0
第10号染色体CM025109.1号=新冠肺炎0 51814.10
11号染色体CM025110.1型=NC_051815.1号0
12号染色体CM025111.1型=NC_051816.1号0
13号染色体CM025112.1号=NC_051817.1号0
第14号染色体CM025113.1型=NC_051818.1号0
第15号染色体CM025114.1型=NC_051819.1号0
16号染色体CM025115.1型=NC_051820.1号0
17号染色体CM025116.1型=NC_051821.1号0
18号染色体CM025117.1号机组=NC_051822.1号0
19号染色体厘米025118.1=NC_051823.1号0
20号染色体CM025119.1型=NC_051824.1号0
21号染色体CM025120.1型=NC_051825.1号0
22号染色体CM025121.1号=NC_051826.1号0
23号染色体厘米025122.1=NC_051827.1号0
24号染色体CM025123.1号=NC_051828.1号0
25号染色体CM025124.1号=NC_051829.1号0
26号染色体CM025125.1号=NC_051830.1号0
第27号染色体CM025126.1号=NC_051831.1号0
第28号染色体CM025127.1号=NC_051832.1号0
29号染色体CM025128.1号=NC_051833.1号0
染色体30CM025129.1号=NC_051834.1号0
31号染色体CM025130.1型=新冠肺炎0 51835.10
32号染色体CM025131.1号机组=NC_051836.1号0
33号染色体CM025132.1号机组=NC_051837.1号0
34号染色体厘米025133.1=NC_051838.1号0
35号染色体CM025134.1号机组=新冠肺炎0 51839.10
36号染色体CM025135.1号机组=NC_051840.1号0
37号染色体CM025136.1号机组=NC_051841.1号0
第38号染色体CM025137.1号机组=NC_051842.1号0
X染色体CM025138.1号机组=NC_051843.1号0
染色体YCM025139.1号=NC_051844.1号2
未放置的不适用不适用不适用334

程序集统计

分子序列角色总计
长度		脚手架
计数		无间隙
长度		脚手架
50新元		跨越（Spanned）
差距		未平移
缺口
全部组装分子2,396,858,2953762,384,195,66564,037,2775750
染色体1组装分子123,313,9391123,307,686123313939个120
染色体2组装分子86,187,81118595769886,187,811220
染色体3组装分子92,870,237192,870,10092,870,237110
染色体4组装分子89,007,665189,007,53989,007,66590
染色体5组装分子89,573,405189,515,37689,573,405100
染色体6组装分子78,268,176178,204,52278,268,176140
7号染色体组装分子81,039,452181,039,34281039452个70
第8号染色体组装分子75,260,524173,921,39675,260,52450
9号染色体组装分子62002293年161,929,63362,002,293130
第10号染色体组装分子7036.1万170,359,14170,361,00050
11号染色体组装分子75,541,347175,386,81475,541,347180
12号染色体组装分子73,497,294173,497,10473,497,294130
13号染色体组装分子64,037,277163,838,30564,037,27790
第14号染色体组装分子61,043,064161,042,99061,043,06450
第15号染色体组装分子65200600165,194,53765,200,600140
16号染色体组装分子62,021,213161,696,56362,021,213220
17号染色体组装分子65,471,548165,440,19165471548210
18号染色体组装分子56,883,407156,594,49156,883,407180
第19号染色体组装分子55,265,241155,256,70855,265,241100
20号染色体组装分子58,896,461158,896,35758,896,46180
21号染色体组装分子52,140,716151,922,88352,140,716100
22号染色体组装分子62,106,979162,084,72762106979年130
23号染色体组装分子53,282,923153,282,75953,282,92350
24号染色体组装分子48838997148,802,61748,838,99790
25号染色体组装分子51,941,001151,924,58351,941,00140
26号染色体组装分子40,674,351139,293,70040,674,351150
第27号染色体组装分子46,248,802146,247,08046,248,80260
第28号染色体组装分子41,862,212141,862,03441,862,21270
29号染色体组装分子42,049,852142,046,80542,049,85250
染色体30组装分子40,414,903140,411,01040,414,903三0
31号染色体组装分子39,518,933139,518,89739518933三0
32号染色体组装分子39,023,732139023683个39,023,73240
33号染色体组装分子31,649,084131,647,25031,649,084三0
34号染色体组装分子42,263,871142,257,75042,263,87150
35号染色体组装分子26,942,268126,942,19126,942,26850
36号染色体组装分子31,065,185131,065,12431,065,18540
37号染色体组装分子30,932,408130932345美元30,932,408三0
第38号染色体组装分子24,102,048124,101,99724,102,048三0
X染色体组装分子127,069,6191122,508,213127,069,6191770
Y染色体全部组装分子未定位脚手架6,728,6063,937,6232,790,983三126,271,6573,937,4772,334,1803,937,6233,937,6231,569,52215510000
未放置的组装分子32,259,85133429,091,867117,757300