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批处理查询 |
- •批量查询
- 输入ID或基因符号列表,检索其他数据库ID和基因属性(例如表型、GO、表达数据)。
- •基因表达批量搜索
- 输入ID或基因符号列表并检索相关的基因表达分析数据。搜索结果包括逐个基因的组织矩阵视图,以便能够比较基因之间的表达模式。
- •鼠标地雷
- 在InterMine的支持下,MouseMine提供了灵活的查询、大量预定义的查询模板、结果的迭代优化以及与其他模型生物Mine的链接。鼠标地雷:
- 提供了许多有用的“屏蔽”查询,以及点击式查询编辑
- 支持上传和操作对象列表
- 允许下载任何查询结果(文本、xml、json)或转发到Galaxy
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用于下载的数据文件 |
通过FTP发布公共报告
通过FTP转储数据库
- 数据库备份可从我们的ftp站点获得,网址为:http://www.informatics.jax.org/downloads/database_backups/
- MySQL 5.0.67和PostgreSQL 9.3.5提供了备份。
- 这些备份假设您安装了兼容版本的MySQL或PostgreSQL,您已经创建了一个数据库,并且您有足够的用户权限加载该数据库。
- 备份在美国东部时间星期一上午12:30到1:30之间更新,因此请避免在这段时间下载文件,否则您的文件可能无法成功下载。
- 要加载MySQL备份,请执行以下操作:
- 首先,解压缩它:gunzip mgd.mysql.dump.gz
- 然后加载:mysql-e“mgd.mysql.dump”数据库名称
- 要加载PostgreSQL备份,请执行以下操作:
- 加载它:pg_restore-c-d数据库名称-j jobCount-O-h host-U用户mgd.postgres.dump-Fc
- jobCount应该是一个整数,表示子流程的数量。如果您有一台多处理器计算机,使用介于2和4之间的jobCount可能会大大加快恢复速度。
Web界面的制表符分隔输出
- 参考、基因和SNP数据的用户定义结果以制表符分隔格式提供。
- 您可以从中修改查询表单上的输出格式网状物到制表符分隔.
- 快速搜索以及这些查询表单提供以制表符分隔的输出:
来自Web界面的FASTA输出
- FASTA格式可用于返回特定基因序列或查询序列的报告。
- 单击每个序列旁边的复选框以选择FASTA下载,然后单击GO。
- 从基因详细信息页面,FASTA可用于:
- 代表性基因组、转录物和多肽序列
- 所有鼠标序列
- 人类、大鼠和斑马鱼同源物的RefSeq转录序列
- 人类、大鼠和斑马鱼同源物的蛋白质序列。
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MGI Web服务 |
- 这个鼠标地雷web服务API提供了对MGI数据的健壮且全面的编程访问。有关使用MouseMine web服务的帮助,请参阅:
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直接SQL帐户 |
- MGI Public Ad Hoc SQL Server可用于针对MGI数据库运行自定义SQL查询。
- MGI使用PostgreSQL关系数据库存储信息。
- 为了查询数据库,必须安装可以连接到PostgreSQL服务器的客户端软件。您可以使用免费客户端,如JDBC(Java)、ODBC(Windows)或SQuirreL SQL(https://squirrel-sql.sourceforge.io网址)。
- 请参阅我们的示例JDBC客户端。您也可以使用它来验证您的SQL帐户是否处于活动状态。
架构浏览器
- 为了编写自己的自定义SQL查询,您必须熟悉SQL和MGI数据库模式。
- 有关数据库架构的帮助,请使用架构浏览器在Web界面中可用。
登录和配置
- 联系用户支持请求SQL帐户。您将收到登录名、密码和连接参数。
来自MGI的自定义SQL报告
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