PureCN公司
使用目标短读序列进行拷贝号码呼叫和SNV分类
生物导体版本:释放(3.19)
该软件包估计肿瘤纯度、拷贝数和杂合性丢失(LOH),并根据体细胞状态和克隆性对单核苷酸变体(SNV)进行分类。PureCN是为目标短读测序数据设计的,与标准体细胞变异检测和拷贝数管道很好地集成,并支持不匹配正常样本的肿瘤样本。
作者:马库斯·里斯特[aut,cre],安加德·辛格[aut]
维护人员:马库斯·里斯特(Markus Riester)<Markus.Riester at novartis.com>
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“PureCN”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“PureCN”)
细节
生物视图 |
副本编号变化,新闻报道,免疫肿瘤学,排序,软件,变量注释,变量检测 |
版本 |
2.10.0 |
在生物导体中 |
生物多样性3.3(R-3.3)(8.5年) |
许可证 |
艺术-2.0 |
取决于 |
R(>=3.5.0),DNA拷贝,变量注释(>= 1.14.1) |
进口 |
基因组范围(>= 1.20.3),I范围(>= 2.2.1),RColorBrewer公司,S4矢量,数据表,grDevices,图形,统计数据,实用程序,总结性实验,基因组信息Db,基因组特征,Rsamtools软件,博科生物,生物串,生物遗传学,无线电跟踪器,ggplot2,额外网格,无用的日志,VGAM公司、工具、方法、,麦克卢斯特,rhdf5型,矩阵 |
系统要求 |
|
统一资源定位地址 |
https://github.com/lima1/PureCN网址 |
查看更多
建议 |
生物并行,仿生风格,PSCBS公司,R.utils公司,TxDb(发送日期)。哈皮恩斯。UCSC.hg19.known基因,覆盖(covr),针织物,optparse(操作程序),组织Hs.eg.db,jsonlite公司,降价,rmarkdown公司,测试那个 |
链接到 |
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增强功能 |
基因组sdb(>=0.0.3) |
取决于我 |
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导入我 |
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建议我 |
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指向我的链接 |
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生成报告 |
生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。