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《水晶学报》。
(2019).
D类
75
,
342-353
https://doi.org/10.107/S2059798318017825
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接近
在分子置换中处理强平移非晶体对称性和极端各向异性
相位器
：人类Rab27a
M.Jamshidiha先生
,
I.佩雷斯-多拉多
,
J.W.穆雷
,
E.W.泰特
,
E.科塔
和
R.J.里德
通过识别低信息含量的衍射测量，帮助解决了具有严重各向异性和平移非晶体对称性的人类Rab27a结构。
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《水晶学报》。
(2007).
D类
63
,
32-41
https://doi.org/10.107/S090744906045975
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用分子置换法求解蛋白质复合物的结构
相位器
A.J.McCoy公司
项目中实施的使用最大似然分子替换的四个案例研究
相位器
描述了解决蛋白质复合物结构的方法。
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《水晶学报》。
(2013).
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69
,
2216-2225
https://doi.org/10.107/S090744913021811
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SCEDS：用于分子替换的蛋白质片段
相位器
A.J.McCoy公司
,
R.A.尼科尔斯
和
T.R.施耐德
适用于分子替换的蛋白质片段可以通过正常模式扰动、分析原始差异距离矩阵生成
与
正常模式扰动结构和SCEDS，这是一个衡量碎片球形度、连续性、均匀性和密度的分数。
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《水晶学报》。
(2011).
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67
,
338-344
https://doi.org/10.1107/S907444910051371
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在中使用SAD数据
相位器
R.J.里德
和
A.J.McCoy公司
SAD数据可用于
相位器
以解决新的结构、补充分子置换相位信息或从最终的精细模型中识别异常散射体。
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《水晶学报》。
(2020).
D类
76
,
238-247
https://doi.org/10.107/S2059798320001588
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测量和使用通过观察衍射数据获得的信息
R.J.里德
,
R.D.Oeffner先生
和
A.J.McCoy公司
通过衍射强度测量获得的信息内容是决定哪些数据有贡献以及哪些数据可以从计算中合理删除的自然标准。
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J.应用。
克里斯特。
(2007).
40
,
658-674
https://doi.org/10.107/S0021889807021206
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相位器
晶体学软件
A.J.McCoy公司
,
R.W.格罗斯·昆斯特里夫
,
P.D.亚当斯
,
M.D.Winn博士
,
L.C.斯托罗尼
和
R.J.里德
描述如下
第2.1阶段
：通过分子替换和单波长异常色散相位调整来调整高分子晶体结构相位的软件。
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《水晶学报》。
(2018).
D类
74
,
606-620
https://doi.org/10.107/S2059798318005612
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：基于低精度蛋白质模型的协同构象搜索和占有率优化的分子替换
J.J.维塔宁
和
Y.Zhang（张）
一种新算法，
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，已经被开发用于通过复制交换蒙特卡罗模拟来执行分子替换搜索。
该算法实现了协同旋转和平移搜索以及同步冲突和占用优化，提高了低精度结构模型上分子替换的成功率。
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(2020).
D类
76
,
1至8
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使用
相位器
和合奏，以提高
辛巴德
A.J.辛普金
,
F.辛科维奇
,
J.M.H.托马斯
,
M.Savko先生
,
A.列别捷夫
,
V.乌斯基
,
C.C.巴拉德
,
M.沃迪尔
,
W.谢泼德
,
D.J.里格登
和
R.M.基根
改进了在中搜索合适的分子置换搜索模型的灵敏度
辛巴德
通过使用
相位器
并报告了一个基于集成的模型数据库。
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(2013).
D类
69
,
2209-2215
https://doi.org/10.107/S090744913023512
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改进的分子替换坐标误差估计
R.D.Oeffner先生
,
G.邦科奇
,
A.J.McCoy公司
和
R.J.里德
已经开发了一个用于估计两个蛋白质之间坐标的有效根平方偏差的函数，该函数取决于蛋白质的序列身份和大小，并优化用于
相位器
.顶峰平移函数
Z轴
-研究发现，8分以上是衡量分子置换成功时间的可靠指标。
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《水晶学报》。
(2018).
D类
74
,
245-255
https://doi.org/10.107/S2059798318004357
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接近
期望对数似然增益在分子替换决策中的应用
R.D.Oeffner先生
,
P.V.Afonine公司
,
C.密兰
,
桑米托先生
,
I.乌森
,
R.J.里德
和
A.J.McCoy公司
预期的对数似然增益可用于预测分子置换的结果和优化分子置换策略。
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