6YBX型

从聚脂薄膜微芯片中生长的晶体中获得的Thaumatin RT结构的分辨率为1.14 A。


实验数据快照

  • 方法:X射线衍射
  • 分辨率:1.14 Å
  • R值自由:0.157 
  • R值工作:0.135 
  • 观察到的R值:0.136 

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文学

使用基于反向扩散的低成本微芯片,在室温下通过原位数据采集获得原子分辨率。

加维拉,J.A。罗德里格斯-鲁伊斯,I。马丁内斯·罗德里格斯。南巴苏。塞舌尼,S。A.A.麦卡锡。Mueller Dieckman,C。

(2020)Acta Crystallogr D结构生物76: 751-758

  • 内政部:https://doi.org/10.107/S2059798320008475
  • 相关结构的主要引文:
    6年前,6YBI公司,6YBO年,6年,6YBX型,6YC5年

  • PubMed摘要:

    样品处理和冷冻保护操作目前仍是X射线结构测定的关键因素。虽然在过去二十年中提出了几种用于大分子结晶的微芯片,以部分克服晶体操作问题,但由于芯片制造材料的散射而产生的背景噪声增加,迄今为止限制了衍射数据的可实现分辨率。本文介绍了低成本X射线透明微芯片的概念和用途,用于原位结晶和直接数据采集,以及原子分辨率接近1.0º时的结构测定。芯片由OSTEMER和Kapton或OSTEMER与Mylar材料组合而成,用于实施反扩散结晶实验。这两种材料都能产生足够低的散射背景,以允许在室温下收集原子分辨率衍射数据,并生成被测模型蛋白质溶菌酶、索姆丁和葡萄糖异构酶的3D结构模型。虽然三种模型蛋白质晶体的高度对称性产生了几乎完整的高分辨率数据集,但也提出并讨论了沿微流控通道生长的多晶体的在线数据合并和缩放的潜力。


  • 组织附属关系

    西班牙阿米拉市拉斯帕尔梅拉斯大道18100号CSIC-格拉纳达大学IACT Cristalográficos实验室。


大分子
通过以下方法查找类似蛋白质:(通过身份截止)|3D结构
实体ID:1
分子链条序列长度有机体细节图像
索默丁-1207达涅利嗜热球菌突变: 0 
UniProt公司
寻找蛋白质P02883号 (丹麦Thaumatococcus daniellii)
探索P02883号 
转到UniProtKB:P02883号
实体组 
序列簇30%身份50%身份70%身份90%身份95%身份100%身份
UniProt集团P02883号
序列注释
展开
  • 参考序列
小分子
配体2独特
身份证件链条姓名/配方/InChI密钥2D图表3D交互
TLA公司
TLA查询

下载理想坐标CCD文件
B[认证A]L(+)-酒石酸
C4H(H)6O(运行)6
FEWJPZIEWOKRBE-JCYAYHJZSA-N公司
不适用
NA查询

下载理想坐标CCD文件
C[认证A]钠离子

FKNQFGJONOIPTF-UHFFFAOYSA-N公司
实验数据和验证

实验数据

  • 方法:X射线衍射
  • 分辨率:1.14 Å
  • R值自由:0.157 
  • R值工作:0.135 
  • 观察到的R值:0.136 
  • 空间组:第4页1212
单位单元格:
长度(Ω)角度(˚)
a=58.57α = 90
b=58.57β = 90
c=151.52γ=90
软件包:
软件名称目的
菲尼克斯精炼
Mx CuBE公司数据收集
XDS公司数据缩减
相位器阶段划分
库特模型建筑物
无目标的数据缩放

结构验证

查看完整验证报告



进入历史和资金信息

存款数据


资金筹措组织位置授权编号
经济与竞争力部(MINECO)西班牙生物信息2016-74875-P

修订历史记录(完整详细信息和数据文件)

  • 版本1.0:2020-08-12
    类型:首次发布
  • 版本1.1:2020-08-19
    更改:数据库引用
  • 版本1.2:2024-01-24
    更改:数据收集、数据库引用、优化描述