6M9B型

野生型链霉亲和素与生物素复合物由天然SAD溶解,数据采集为6 keV


实验数据快照

  • 方法:X射线衍射
  • 分辨率:1.55 Å
  • R值自由:0.183 
  • R值工作:0.154 
  • 观察到的R值:0.155 

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文学类

让常规本土SAD成为现实:从瑞士光源的光束线X06DA中吸取教训。

南巴苏。芬克,A。维拉,L。M·王。奥列里奇,V。

(2019)Acta Crystallogr D Struct Biol公司75: 262-271

  • DOI(操作界面):https://doi.org/10.107/S2059798319003103
  • 相关结构的主要引文:
    6百万9百万

  • PubMed摘要:

    自然单波长反常色散(SAD)直接利用自然晶体的固有反常散射,是高分子晶体学中最具吸引力的从头相位方法。然而,这种实验的成功取决于对反射强度的准确测量,因此也取决于仔细的数据收集协议。这里,回顾了在瑞士光源光束线X06DA(PXIII)上开发的用于本地SAD相位调整的低剂量、多方向数据采集协议,并报告了过去四年在传统晶体(>50µm)上的使用情况。由于实验非常简单和快速,该方法得到了普及,迄今为止已交付了45个全新结构(其中13个已出版)。本机SAD目前是X06DA用户实验阶段的主要选择。该方法可以解决具有挑战性的情况:在这里,用P2对链霉亲和素-生物素晶体进行天然SAD定相1突出了对称性和0.6%的低Bijvoet比率。本文还简要介绍了本征异常信号作为序列标记用于建模和离子分配的方法。


  • 组织附属关系

    瑞士光源,Paul Scherrer Institute,Villigen PSI,Switzerland。


大分子
通过以下方法查找类似蛋白质:(通过身份截止)|3D结构
实体ID:1
分子链条序列长度有机体细节图像
链霉亲和素127阿维迪尼链霉菌突变: 0 
UniProt公司
寻找蛋白质第22629页 (阿维迪尼链霉菌)
探索第22629页 
转到UniProtKB:第22629页
实体组 
序列簇30%身份50%身份70%身份90%身份95%身份100%身份
UniProt集团第22629页
序列注释
展开
  • 参考序列
小分子
绑定相关性批注
身份证件来源绑定相关性
英国电话号码 绑定数据库: 6M9B型 肯尼亚:1(nM)来自1次分析
ΔH:最小值:-1.23e+2,最大值:-6.69e+1(kJ/mol),来自12次分析
实验数据和验证

实验数据

  • 方法:X射线衍射
  • 分辨率:1.55 Å
  • R值自由:0.183 
  • R值工作:0.154 
  • 观察到的R值:0.155 
  • 空间组:第12页11
单位单元格:
长度(Ω)角度(˚)
a=50.978α = 90
b=98.322β=112.64
c=52.795γ = 90
软件包:
软件名称目的
菲尼克斯精炼
XDS公司数据缩减
XSCALE公司数据缩放
夏普阶段划分

结构验证

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配体结构质量评估


条目历史记录

存款数据

修订历史记录(完整详细信息和数据文件)

  • 版本1.0:2019-04-17
    类型:首次发布
  • 版本1.1:2019-11-13
    更改:数据库引用
  • 版本1.2:2024-03-13
    更改:数据收集、数据库引用