6JKD码

四聚体PepTSo2在I4空间群中的晶体结构


实验数据快照

  • 方法:X射线衍射
  • 分辨率:3.90 Å
  • R值自由:0.283 
  • R值工作:0.252 
  • 观察到的R值:0.256 

启动型号:实验的
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文学类

原核肽转运蛋白PepTSo2低聚的结构基础。

Nagamura,R。M.福田。川本一郎。马托巴,K。多赫梅,N。R.Ishitani。J.高木。O·努雷基。

(2019)《晶体学报F结构生物通讯》75: 348-358

  • 内政部:https://doi.org/10.107/S2053230X19003546
  • 相关结构的主要引文:
    6JI1型,6JKC公司,6JKD码

  • PubMed摘要:

    质子依赖性寡肽转运蛋白(POTs)属于主要促化因子超家族(MFS),将二肽和三肽从细胞外环境转运到靶细胞。人体POTs PepT1和PepT2也参与各种口服药物的吸收。先前报道的结构显示,细菌POT具有14条螺旋,其中H1-H6和H7-H12构成典型的MFS折叠,剩余的两条螺旋参与细胞质连接子。佩普二氧化硫来自Shewanella oneidensis的是一种独特的POT,据报道其组装为200kDa的四聚体。尽管先前报道的结构表明H12对四聚体形成的重要性,但PepT的结构基础二氧化硫-由于缺乏高分辨率的四聚体结构,具体的低聚作用仍不清楚。在本研究中,四聚体PepT的表达和纯化条件二氧化硫进行了优化。单粒子冷冻电镜分析揭示了PepT的四聚体结构二氧化硫以4.1º的分辨率并入Salipro纳米粒子中。此外,脂质立方相(LCP)结晶和多个微晶的自动数据处理系统的结合使PepT的晶体结构成为可能二氧化硫以3.5和3.9欧的分辨率确定。脂质双层中的现有结构揭示了PepT四聚体组装的详细机制二氧化硫其中,一个特征性细胞外环(ECL)与H12上的两个天冬酰胺残基相互作用,据报道,这两个残基对四聚反应很重要,并在寡聚物组装中发挥重要作用。本研究对MFS型转运蛋白的寡聚机理提供了有价值的见解,这将为进一步理解其他寡聚膜蛋白铺平道路。


  • 组织附属关系

    东京大学科学研究生院生物科学系,日本东京都文京区弘国7-3-1,邮编113-0033。


大分子
通过以下方法查找类似蛋白质:(通过身份截止)|3D结构
实体ID:1
分子链条序列长度有机体细节图像
质子:寡肽转运体POT家族527欧氏Shewanella oneidensis MR-1突变: 0 
基因名称:硫酸1277
膜实体:是的 
UniProt公司
寻找蛋白质问题8EHE6 (oneidensis Shewanella(菌株ATCC 700550/JCM 31522/CIP 106686/LMG 19005/NCIMB 14063/MR-1))
探索问题8EHE6 
转到UniProtKB:问题8EHE6
实体组 
序列簇30%身份50%身份70%身份90%身份95%身份100%身份
UniProt集团问题8EHE6
序列注释
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  • 参考序列
实验数据和验证

实验数据

  • 方法:X射线衍射
  • 分辨率:3.90 Å
  • R值自由:0.283 
  • R值工作:0.252 
  • 观察到的R值:0.256 
  • 空间组:I 4类
单位单元格:
长度(Ω)角度(˚)
a=115.15α = 90
b=115.15β = 90
c=110.1γ = 90
软件包:
软件名称目的
REFMAC公司精细化
菲尼克斯精细化
XDS公司数据缩减
XSCALE公司数据缩放
相位器定相

结构验证

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进入历史和资金信息

存款数据


资金筹措组织位置授权编号
日本科学促进会日本24227004
日本科学促进会日本25291011

修订历史记录(完整详细信息和数据文件)

  • 版本1.0:2019-05-15
    类型:首次发布
  • 版本1.1:2023-11-22
    更改:数据收集、数据库引用、优化描述