6传真

通过控制水合作用形成人afamin正交晶型


实验数据快照

  • 方法:X射线衍射
  • 分辨率:1.90 Å
  • R值自由:0.219 
  • R值工作:0.177 
  • 观察到的R值:0.179

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配体结构质量评估 


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文学类

人血浆糖蛋白afamin中的受控脱水、结构柔韧性和钆MRI对比剂结合。

A.Naschberger。P.朱尤克斯。冯·维尔森,J。拉普,B。M.W.鲍勒。

(2019)Acta Crystallogr D Struct Biol公司75: 1071-1083

  • 内政部:https://doi.org/10.107/S2059798319013500
  • 相关结构的主要引文:
    6传真,第6季度7

  • PubMed摘要:

    Afamin是一种人体血浆糖蛋白,是一种假定的疏水性分子的多功能转运体,也是代谢综合征的标志物,它对晶体结构测定提出了多方面的挑战,无论是在实际中还是在模型分析中。对数百个晶体进行了分析,尽管与非糖基化人血清白蛋白的序列一致性为~34%,但细胞体积的异常变化和结构求解的困难表明该分子表现出可变和上下文敏感的堆积,尽管昆虫细胞表达的重组afamin中的糖基化简化了。晶体的控制脱水能够稳定正交晶型,从单斜晶型减少不对称单元中的分子数量,并改变蛋白质的构象状态。使用MASSIF-1上可用的全自动实验的迭代策略,快速确定实现相变的最佳方案,该方案应适用于多种类型的样品。该研究还强调了使用单晶体结构模型进行计算建模的缺点,因为模型之间的结合位点构象状态和结合位点中的电子密度(可能由PEG引起)差异很大。这也适用于非特异性低亲和力配体的分析,在这种分析中,通常可以对具有类似不确定性的各种片段进行建模,从而引起解释偏差。作为一种混杂的转运体,阿法明似乎也能在至少两个位点结合钆替啶(一种磁共振成像对比剂化合物)。一对钆替啶分子位于人白蛋白Sudlow位点附近,另一个钆替哚分子位于IA结构域附近的分子间位点。来自共晶的数据支持在可以从传统测量中放弃的数据集收集的信息的背景下的数据质量的现代度量。


  • 组织附属关系

    奥地利因斯布鲁克,A-6020,Schöpfstrasse 41,因斯布鲁克医科大学遗传流行病学系。


大分子
通过以下方法查找类似蛋白质:(通过身份截止)|3D结构
实体ID:1
分子链条序列长度有机体细节图像
阿法明586智人突变: 0 
基因名称:原子力显微镜ALB2型阿尔巴
UniProt&NIH共同基金数据资源
寻找蛋白质第43652页 (智人)
探索第43652页 
转到UniProtKB:第43652页
PHAROS公司:第43652页
实体组 
序列簇30%身份50%身份70%身份90%身份95%身份100%身份
UniProt集团第43652页
序列注释
展开
  • 参考序列
低聚糖

帮助

实体ID:2
分子链条长度二维示意图糖基化3D交互
2-乙酰氨基-2-脱氧-beta-D-吡喃葡萄糖-(1-4)-2-乙酰氨基-2-deoxy-beta-D-吡喃糖
B类
2N-糖基化
糖基化资源
GlyTouCan公司:G42666HT型
GlyCosmos公司:G42666HT型
GlyGen公司:G42666HT型
小分子
配体10独特
身份证件链条姓名/配方/InChI密钥二维示意图3D交互
第6G页
P6G查询

下载理想坐标CCD文件
H[认证A],
本人[授权A]
己烷乙二醇
C类12H(H)26O(运行)7
IIRDTKBZINWQAW-UHFFFAOYSA-N公司
前列腺素6
PG6查询

下载理想坐标CCD文件
R[认证A]1-(2-甲氧基-乙氧基)-2-{2-[2-(2-乙氧基-乙基]-乙烷
C类12H(H)26O(运行)6
DMDPGPKXQDIQQG-UHFFFAOYSA-N公司
抱怨
NAG查询

下载理想坐标CCD文件
C[认证A],
D[认证A]
2-乙酰氨基-2-脱氧-β-D-吡喃葡萄糖
C类8H(H)156
OVRNDRQMDRJTHS-FMDGEEDCSA-N公司
前列腺素4
PG4查询

下载理想坐标CCD文件
J[认证A],
K[认证A]
四乙二醇
C类8H(H)18O(运行)5
UWHCKJMYHZGTIT-UHFFFAOYSA-N公司
前列腺素E
PGE查询

下载理想坐标CCD文件
L[认证A],
M[认证A]
三乙烯乙二醇
C类6H(H)14O(运行)4
ZIBGPFATKBEMQZ-UHFFFAOYSA-N公司

PEG查询

下载理想坐标CCD文件
N[认证A],
O[认证A],
P[认证A],
Q[认证A]
二(羟乙基)醚
C类4H(H)10O(运行)
MTHSVFCYNBDYFN-UHFFFAOYSA-N公司
EDO公司
EDO查询

下载理想坐标CCD文件
S[认证A],
T[认证A]
1,2-乙二醇
C类2H(H)6O(运行)2
LYCAIKOWRPUZTN-UHFFFAOYSA-N公司
ACT公司
ACT查询

下载理想坐标CCD文件
G[身份验证A]醋酸盐离子
C类2H(H)O(运行)2
QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-M公司

CL查询

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E[认证A]氯离子

VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-M公司
不适用
NA查询

下载理想坐标CCD文件
F[认证A]钠离子

FKNQFGJONOIPTF-UHFFFAOYSA-N公司
实验数据与验证

实验数据

单位单元格以下为:
长度(Ω)角度(˚)
a=109.773α = 90
b=113.325β = 90
c=48.796γ = 90
软件包:
软件名称目的
REFMAC公司精炼
自动PROC数据收集
EDNA公司数据收集
XSCALE公司数据缩放
毫无意义的数据缩放
棒球阶段划分
ARP/wARP模型建筑物
XDS公司数据缩减

结构验证

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进入历史和资金信息

存款数据


资金筹措组织位置授权编号
奥地利科学基金会奥地利第28395-B26页

修订历史记录(完整详细信息和数据文件)

  • 版本1.0:2019-01-02
    类型:首次发布
  • 版本1.1:2019-01-30
    更改:数据收集、数据库引用、结构摘要
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    更改:数据收集
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    原因:碳水化合物修复
    更改:咨询、原子模型、数据收集、派生计算、细化描述、结构摘要
  • 版本2.1:2023-05-31
    更改:数据库引用,结构摘要
  • 版本2.2:2024-02-07
    更改:数据收集、细化描述