6DZF型

用20%木糖作为冷冻保护剂将正交胰蛋白酶冷冻冷却至100K

  • 分类:水解酶
  • 生物体:Bos金牛
  • 突变:没有

  • 存款:2018-07-03 发布时间:2018年9月19日
  • 存款作者:D.H.朱尔斯。
  • 融资组织:国立卫生研究院/国立普通医学科学研究所(NIH/NIGMS)

实验数据快照

  • 方法:X射线衍射
  • 分辨率:2.20 Å
  • R值自由:0.389 
  • R值工作:0.306 
  • 观察到的R值:0.310 

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文学类

冷冻溶液热收缩对蛋白质和蛋白质晶体的影响:体积、构象和顺序。

D.H.朱尔斯。C.A.法利。萨克斯比,首席执行官。科特,R.A。卡恩,J.K.B。R.C.霍尔顿-伯克。哈里森,K。吴,Z。

(2018)Acta Crystallogr D Struct Biol公司74: 922-938

  • 内政部:https://doi.org/10.107/S2059798318008793
  • 相关结构的主要引文:
    5UN3型5个月7日5个月8日5个UU95个UUA5个UUB5UUC公司5个UUD5个用户单位6AVL(6AVL)6B6N型6B6O型6B6P型6B6个6B6R型6B6S型6B6吨6D5N型6D5O型6D5P型6D5Q型6D5R型6D5S型6D5T型6D5U型6D6E型6D6F型6D6G型6天6小时6DZF型

  • PubMed摘要:

    在X射线衍射数据采集过程中,通常采用大分子晶体的冷冻来限制辐射损伤。然而,冷却本身会影响大分子构象,并且经常通过不太了解的过程损坏晶体。在这里,系统地研究了低温溶液热收缩对溶剂含量在32%到67%之间的晶体中大分子构象和晶体顺序的影响。结果表明,溶液热收缩影响大分子的构型和体积、单位体积、晶体堆积和晶体有序性。这些影响不仅通过热收缩发生,还通过低温溶剂和孔隙收缩不匹配引起的压力发生。溶剂含量越高的晶体受影响越大。在某些情况下,可以调整溶剂收缩以减少镶嵌性并增加衍射强度。研究发现,一些晶体中的结冰会通过单位细胞体积的减少而导致损坏,这是通过冷却过程中溶剂从单位细胞中运输出来来解释的。结果表明,通过调整冷冻溶液的组成来减少冷却时晶体中由热收缩引起的应力,可以采用更多的演绎方法来优化冷冻保护。


  • 组织附属关系

    惠特曼学院物理系,地址:美国华盛顿州瓦拉瓦拉市博伊尔大道345号,邮编:99362。


大分子
通过以下方法查找类似蛋白质:(通过身份截止)|三维结构
实体ID:1
分子链条序列长度有机体详细信息图像
阳离子胰蛋白酶223Bos金牛突变:0
欧盟委员会:3.4.21.4
UniProt公司
寻找蛋白质P00760号 (Bos金牛)
探索P00760号 
转到UniProtKB:P00760号
实体组 
序列簇30%身份50%身份70%身份90%身份95%身份100%身份
UniProt集团P00760号
序列注释
展开
  • 参考序列
小分子
配体4独特
身份证件链条姓名/配方/InChI密钥二维示意图3D交互
XYS公司
XYS查询

下载理想坐标CCD文件
E[认证A]α-D-木糖
C类5H(H)10O(运行)5
SRBFZHDQGSBBOR-LECHCGJUSA-N公司

BEN查询

下载理想坐标CCD文件
C[认证A]苯扎米丁
C类7H(H)8N个2
PXXJHWLDUBFPOL-UHFFFAOYSA-N公司
二氧化硫
SO4查询

下载理想坐标CCD文件
D[认证A]硫酸根离子
O(运行)4S公司
QAOWNCQODCNURD-UHFFFAOYSA-L公司
加利福尼亚州
CA查询

下载理想坐标CCD文件
B[授权A]钙离子

BHPQYMZQTOCNFJ-UHFFFAOYSA-N公司
实验数据和验证

实验数据

  • 方法:X射线衍射
  • 分辨率:2.20 Å
  • R值自由:0.389 
  • R值工作:0.306 
  • 观察到的R值:0.310 
  • 空间组:第2页12121
单位单元格:
长度(Ω)角度(˚)
a=54.122α = 90
b=56.841β=90
c=65.478γ = 90
软件包:
软件名称目的
菲尼克斯精炼
CrysalisPro公司数据收集
SCALA公司数据缩放

结构验证

查看完整验证报告



配体结构质量评估


进入历史和资金信息

存款数据


资金筹措组织位置授权编号
国立卫生研究院/国立普通医学科学研究所(NIH/NIGMS)美国2R15GM090248号

修订历史记录(完整详细信息和数据文件)

  • 版本1.0:2018-09-19
    类型:首次发布
  • 版本1.1:2018-10-31
    更改:数据收集、数据库引用
  • 版本1.2:2020-01-01
    变更:作者支持证据、数据收集
  • 版本1.3:2020-07-29
    类型:补救
    原因:碳水化合物修复
    更改:数据收集、派生计算、结构摘要
  • 版本1.4:2023-10-11
    更改:数据收集、数据库引用、优化描述、结构摘要