5Z6J型

220MPa下M20闭环DHFR的高压晶体结构分析


实验数据快照

  • 方法:X射线衍射
  • 分辨率:1.80Å
  • R值自由:0.203 
  • R值工作:0.167 
  • 观察到的R值:0.169 

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文学类

大肠杆菌二氢叶酸还原酶与叶酸和NADP复合物的高压蛋白晶体结构分析。

Nagae,T。H.山田。北岛渡边。

(2018)Acta Crystallogr D Struct Biol公司74: 895-905

  • 内政部:https://doi.org/10.107/S2059798318009397
  • 相关结构的主要引文:
    4X5F型,4X5G型,4X5H型,4X5I型,4X5J型,5Z6F型,5Z6J型,5兹6公里,5Z6L型,5Z6M型

  • PubMed摘要:

    对大肠杆菌二氢叶酸还原酶(ecDHFR)与叶酸和NADP的络合物进行了高压晶体学研究+在高达800 MPa的高压条件下,晶体形式包含M20回路的开放和闭合构象。在270至500 MPa的压力下,含有开放构象的晶体形态从P2发生相变1至C2。在高压下观察到ecDHFR的几个结构变化,同时伴随着NADP的结构变化+辅因子和水合结构。在具有闭合构象的晶体形式中,M20环随着压力的变化而移动,活性部位周围伴随着构象变化,包括NADP+和叶酸。这些运动与所提出的假设一致,即M20环的运动对于ecDHFR催化反应是必要的。NADP的烟酰胺环以开放构象的晶体形式存在+尽管辅酶处于结晶状态,但作为反应的中间步骤,它会经历一次大的翻转。此外,对Arg57和叶酸之间的水分子的观察阐明了底物结合途径的早期步骤。这些结果证明了使用高压蛋白质晶体学作为捕获与蛋白质反应循环相关的高能亚态或瞬态结构的方法的可能性。


  • 组织附属关系

    日本名古屋464-8603,Chikusa,名古屋大学同步辐射研究中心。


大分子
通过以下方法查找类似蛋白质:(通过身份截止)|3D结构
实体ID:1
分子链条序列长度有机体细节图像
二氢叶酸还原酶162大肠杆菌K-12突变: 0 
基因名称:folA(文件夹A)tmrA(tmrA)b0048号JW0047号
欧盟委员会:1.5.1.3
UniProt公司
寻找蛋白质P0ABQ4号机组 (大肠杆菌(K12菌株))
转到UniProtKB:P0ABQ4号机组
实体组 
序列簇30%身份50%身份70%身份90%身份95%身份100%身份
UniProt集团P0ABQ4号机组
序列注释
展开
  • 参考序列
小分子
配体2独特
身份证件链条姓名/配方/InChI密钥二维示意图3D交互
国家行动计划
NAP查询

下载理想坐标CCD文件
C[授权A]NADP烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸盐
C类21H(H)28N个7O(运行)17P(P)3
XJLXINKUBYWONI-NNYOXOHSSA-N
FOL公司
FOL查询

下载理想坐标CCD文件
B[认证A]叶酸
C类19H(H)19N个7O(运行)6
OVBPIULPVIDEAO-LBPRGKRZSA-N公司
改性残留物 1独特
身份证件链条类型公式二维示意图家长
芝加哥商品交易所
CME查询
A类
L-肽连接C类5H(H)113S公司2CYS公司
实验数据和验证

实验数据

  • 方法:X射线衍射
  • 分辨率:1.80Å
  • R值自由:0.203 
  • R值工作:0.167
  • 观察到的R值:0.169 
  • 空间组:第2页12121
单位单元格:
长度(Ω)角度(˚)
a=34.132α = 90
b=44.926β = 90
c=98.438γ = 90
软件包:
软件名称目的
菲尼克斯精炼
XDS公司数据缩减
无目标的数据缩放
摩尔代表阶段划分

结构验证

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存款数据


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JSPS KAKENHI公司日本21657027
JSPS KAKENHI公司日本24657071

修订历史记录(完整的详细信息和数据文件)

  • 版本1.0:2018-09-19
    类型:首次发布